恭喜湘湖实验室(农业浙江省实验室)苏冰倩获国家专利权
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龙图腾网恭喜湘湖实验室(农业浙江省实验室)申请的专利一种高效抗菌肽批量设计与评估方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119479776B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-09发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510058547.5,技术领域涉及:G16B5/00;该发明授权一种高效抗菌肽批量设计与评估方法及系统是由苏冰倩;邵国青;唐小春;阚兴池设计研发完成,并于2025-01-15向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种高效抗菌肽批量设计与评估方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种高效抗菌肽批量设计与评估方法及系统,属于生物信息学技术领域,包括:模型训练模块,其采集抗菌肽相关数据并构建抗菌肽向量数据库、常规语料库和模型训练数据集,利用数据集训练抗菌肽模型;模型部署与应用模块,其调用抗菌肽模型依次执行序列生成、结构模拟、以及模拟评估任务,批量筛选出候选抗菌肽序列,对候选抗菌肽序列进行抗菌肽检测和评估,依据评估结果更新抗菌肽向量数据库和构建试验向量数据库以用于抗菌肽模型的增强微调;人工智能代理,根据需求动态调用模抗菌肽模型实现任务调度和对数据库进行批量处理,这样实现抗菌肽的高效批量设计、筛选、评估和试验,提升抗菌肽筛选精度,大幅度缩短抗菌肽批量研发周期。
本发明授权一种高效抗菌肽批量设计与评估方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种高效抗菌肽批量设计与评估系统,其特征在于,包括人工智能代理、模型训练模块、以及模型部署与应用模块,所述模型训练模块用于抗菌肽相关数据采集以及预处理后,构建抗菌肽向量数据库和常规语料库并构建模型训练数据集,利用数据集训练抗菌肽模型,其中预处理包括清洗去除缺失值、异常值和重复值,标注抗菌肽序列、物理化学特性、多级结构、以及关键功能属性,其中关键功能属性包括抗菌活性和毒性,对标注数据进行向量化;所述模型部署与应用模块用于基于人工智能代理的需求,调用抗菌肽模型依次执行序列生成、结构模拟、以及模拟评估任务,批量筛选出同时满足符合抗菌活性标准、满足特定结构特性、以及满足抗菌肽内联特性的候选抗菌肽序列,所述抗菌肽模型包含序列生成模型、结构模拟模型、以及模拟评估模型,其中序列生成模型用于筛选满足符合抗菌活性标准的候选抗菌肽序列,结构模拟模型用于对序列生成模型输出的候选抗菌肽序列做进一步筛选,筛选满足特定结构特性的候选抗菌肽序列,模拟评估模型用于对结构模拟模型输出的候选抗菌肽序列做进一步筛选,筛选满足抗菌肽内联特性的候选抗菌肽序列;其中,序列生成模型采用基于Transformer的大语言模型,结构模拟模型采用基于Transformer和StableDiffusion的组合,其中,Transformer用于序列结构信息的嵌入作为引导信息,StableDiffusion用于结构模拟生成,模拟评估模型采用基于Transformer的混合专家模型进行模型训练;抗菌活性标准包括序列基本信息,序列基本信息包括抗菌肽序列、物理化学特性,物理化学特性包括氨基酸序列长度、净电荷、疏水性算术平均值、平均分子量、以及理论等电点;特定结构特性包括序列结构信息,序列结构信息包括抗菌肽的二级结构、三级结构信息,以及在模拟条件下的结构稳定性;抗菌肽内联特性包括抗菌肽的核心功能性评估指标,核心功能性评估指标包括最小抑菌浓度、毒性,其中毒性包括细胞毒性和溶血性;然后对候选抗菌肽序列进行抗菌肽检测和评估,依据评估结果更新抗菌肽向量数据库和构建试验向量数据库,更新后的抗菌肽向量数据库和试验向量数据库用于抗菌肽模型的增强微调,其中,对候选抗菌肽序列进行抗菌肽检测和评估时,定向实验测试抗菌肽的抗菌活性、细胞毒性和溶血性,根据结果筛选出高抗菌活性、低细胞毒性和阴性溶血性的抗菌肽补入到抗菌肽向量数据库,同时将其他的抗菌肽记录到试验向量数据库;科研人员与系统通过所述人工智能代理交互,根据需求动态调用抗菌肽模型实现任务调度,同时还根据需求动态对数据库进行批量处理。
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