渊慧科技有限公司J.江珀获国家专利权
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龙图腾网获悉渊慧科技有限公司申请的专利使用自注意力神经网络的由氨基酸序列的蛋白质结构预测获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN114503203B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-06发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202080069683.X，技术领域涉及：G16B15/20；该发明授权使用自注意力神经网络的由氨基酸序列的蛋白质结构预测是由J.江珀;A.W.西尼尔;R.A.埃文斯;R.J.贝茨;M.菲古尔诺夫;A.普里策尔;T.F.G.格林设计研发完成，并于2020-12-02向国家知识产权局提交的专利申请。
本使用自注意力神经网络的由氨基酸序列的蛋白质结构预测在说明书摘要公布了：包括编码在计算机储存介质上的计算机程序的方法、系统和装置，其用于确定由氨基酸序列指定的蛋白质的预测的结构。一方面，方法包括：获得对于蛋白质的多序列比对；从多序列比对中且对于蛋白质的氨基酸序列中的各氨基酸对，确定氨基酸对的相应的初始嵌入；使用包括多个自注意力神经网络层的成对嵌入神经网络处理氨基酸对的初始嵌入，以生成各氨基酸对的最终嵌入；以及基于各氨基酸对的最终嵌入来确定蛋白质的预测的结构。
本发明授权使用自注意力神经网络的由氨基酸序列的蛋白质结构预测在权利要求书中公布了：1.由一个或多个数据处理装置进行的用于确定由氨基酸序列指定的蛋白质的预测的结构的方法，该方法包括：获得对于蛋白质的多序列比对；使用多序列比对嵌入系统从多序列比对确定多序列比对嵌入；将多序列比对嵌入转换成N×N的成对嵌入的阵列，其中每个成对嵌入对应于蛋白质的氨基酸序列中的N个氨基酸中的一对氨基酸；使用包括多个自注意力神经网络层的成对嵌入神经网络处理成对嵌入的阵列中的每个成对嵌入，以生成更新的成对嵌入，所述多个自注意力神经网络层包括一个或多个行式自注意力神经网络层，所述处理包括：对于每个行式自注意力神经网络层，在位于所述阵列的相同的行中的氨基酸对的成对嵌入上使用注意力来更新成对嵌入；以及使用包括一个或多个神经网络层的折叠神经网络处理更新的成对嵌入，以基于更新的成对嵌入确定蛋白质的预测的结构，其中，多序列比对嵌入系统、成对嵌入神经网络和折叠神经网络是结构预测系统的一部分，所述结构预测系统已经被端到端地训练以优化结构损失，所述结构损失表征由结构预测系统产生的预测的蛋白质结构与应该由结构预测系统产生的相应目标蛋白质结构之间的相似性。
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