申请/专利权人：华南农业大学

申请日：2019-05-15

公开（公告）日：2020-10-16

公开（公告）号：CN110117665B

主分类号：C12Q1/6888(20180101)

分类号：C12Q1/6888(20180101);C12N15/11(20060101)

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2020.10.16#授权;2019.09.06#实质审查的生效;2019.08.13#公开

摘要：本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记及应用。所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的AC突变；该分子标记是通过全基因组关联分析得到，可显著影响猪100kg体重时眼肌面积和瘦肉率的性状。本发明还提供了一种用于鉴定该分子标记的引物对，利用该分子标记和引物对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于猪眼肌面积和瘦肉率性状遗传改良中，从而增加猪眼肌面积和提高猪瘦肉率，提高企业利润，增加核心竞争力。

主权项：1.一种位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的AC突变；所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的核苷酸序列为SEQIDNO.1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪眼肌面积和瘦肉率性状的不同；所述的猪为加系杜洛克及其合成系。

全文数据：位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记及应用技术领域本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记及应用。背景技术目前，全球育种目标已经从脂肪型猪向瘦肉型猪转变，提高瘦肉率是猪的主要育种目标。眼肌面积是衡量瘦肉率的一个重要指标之一，且这两个性状呈有利的正相关关系，因此育种工作者也通过增加猪的眼肌面积来提高瘦肉率。几十年来，人们通过传统的选育方法来增加眼肌面积和提高瘦肉率，使得这两个性状得到一定程度上的改良。但眼肌面积和瘦肉率是复杂的数量性状，受多基因调控。因此，通过传统的选育方法来改良这两个性状，耗时长且收效甚微。如若能利用分子标记辅助选择markerassistedselection，MAS技术同时改良猪的眼肌面积和瘦肉率，将进一步加快这两个性状的育种进程，能够显著提高生猪养殖的经济效益。杜长大杜洛克猪×长白猪×大白猪是全球最受欢迎的商业猪品种，杜洛克猪被广泛用作杜长大商品猪的终端父本。杜洛克作为终端父本直接影响杜长大的生产性能，而商品猪的生产性能直接影响到养殖场的经济效益。因此，对核心群杜洛克猪的眼肌面积和瘦肉率性状进行改良，能够较大程度的将改良得到的优势遗传给商品猪后代，增强商品猪的生产竞争力，从而提高养殖场的经济效益。发明内容为了克服现有技术的不足和缺点，本发明的首要目的在于提供一种位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记。本发明的另一目的在于提供上述位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的应用。本发明的再一目的在于提供一种鉴定上述位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的引物对。本发明的第四个目的在于提供上述引物对的应用。本发明的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。本发明的目的通过下述技术方案实现：一种位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，其SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的AC突变；所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的核苷酸序列为SEQIDNO.1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪眼肌面积和瘦肉率性状的不同；所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的SNP位点为SEQIDNO:1序列标注位置为26位的A26-C26的核苷酸突变位于该序列片段第26核酸单碱基突变，命名为：g.26AC；所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记在鉴定杜洛克猪眼肌面积和瘦肉率性状和遗传育种中应用；一种检测猪眼肌面积和瘦肉率性状的方法，包含如下步骤：检测猪16号染色体上上述位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的5’端第33757844位单核苷酸是A还是C；所述的猪优选为加系杜洛克及其合成系；一种用于鉴定上述位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的引物对，包含引物primer-F和primer-R，其核苷酸序列如下：上游引物primer-F：5’-AGGTCAGAGTGGGGCAGTAA-3’；下游引物primer-R：5’-AATGGGATTGGATGCGGGTT-3’；所述的引物对在鉴定影响种猪眼肌面积和瘦肉率性状中的应用；所述的引物对在猪分子标记辅助育种中的应用；所述的引物对在增加种猪眼肌面积和提高种猪瘦肉率中的应用；一种猪的遗传改良的方法，包含如下步骤：确定种猪核心群中种猪的上述位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，并根据所述分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的CC基因型和AC基因型的种猪个体，淘汰该点的AA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率，从而增加后代猪眼肌面积和提高后代猪的瘦肉率；所述的猪优选为加系杜洛克及其合成系；本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：1本发明研究并确定影响猪眼肌面积和瘦肉率相关的分子标记位于猪的16号染色体的核苷酸序列上，验证其对猪眼肌面积和瘦肉率性状的影响效应，最终建立对猪眼肌面积和瘦肉率性状进行快速改良的分子标记辅助选择育种技术，极大地改善了杜洛克及其合成系的选育进程，适应活猪市场的需求，提高了肉猪的价格，为企业增加了销售利润，提高核心竞争力。2本发明提供一种用于位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的引物对，通过该引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确的对性状进行选育，加快育种进程，将其应用于种猪眼肌面积和瘦肉率性状遗传改良中，从而增加猪的眼肌面积和提高猪的瘦肉率，进而提高企业利润，增加核心竞争力。3本发明通过优选该分子标记的优势等位基因，提供了一种猪选育的方法，能够加快杜洛克猪的遗传进展，缩短了杜洛克改良的时间，从而有效提高种猪育种的经济效益，其中，若本发明将影响猪眼肌面积和瘦肉率性状的分子标记的AA型个体全部选育成CC型个体，则每头猪在100kg体重时，瘦肉率可以提高0.39％，在一个规模化万头猪场则可以增加3.9吨瘦肉；而每头猪在100kg体重时眼肌面积可以增加0.89cm2，由此可见增加眼肌面积和提高瘦肉率为养猪产业提供收益的潜力是巨大的，可最终实现提高商品猪的经济效益，从而增加企业的收益。附图说明图1是加系杜洛克在16号染色体上关于100kg体重时种猪眼肌面积的全基因组关联GWAS分析图；其中：横坐标表示猪的染色体编号；纵坐标表示-logP值。图2是加系杜洛克在16号染色体上关于100kg体重时种猪瘦肉率性状的全基因组关联GWAS分析图。图3是不同基因型猪在100kg体重时的眼肌面积结果分析图。图4是不同基因型猪在100kg体重时的瘦肉率结果分析图。具体实施方式下面结合实施例及附图对本发明作进一步详细的描述，但本发明的实施方式不限于此。实验猪群：本实验一共使用了2127头加系杜洛克。实施例1具体解释得到本发明中影响瘦肉率的测定过程通过新西兰HGSHennessyGradingSystem胴体分级系统测定活体猪体重达100kg时瘦肉率。利用AlokaSSD500V型活体B超测定仪测定所有试验猪只100kg时的眼肌面积，测定部位为第10～11肋间处。测量结果利用软件进行100kg眼肌面积的校正。利用标配测量软件包计算眼肌面积，直接打印出影像及测量值。本发明所使用的实验猪群群体为广东温氏食品集团股份有限公司种猪分公司的纯种加系杜洛克2127头，为种猪分公司核心群，群体系谱记录详细。本实验共选取该资源群体中加系杜洛克种猪，猪群在统一的饲养标准下，自由采食、饮水，饲养至100±5kg体重。实施例2具体解释得到本发明中基因标记的发明过程1加系杜洛克猪耳样组织DNA的提取方法参照标注苯酚-氯仿法提取全基因组DNA。用Nanodrop-ND1000分光光度计对纯种加系杜洛克群体的DNA进行质量检测和浓度测定。A260280比值在1.8～2.0，A260230比值在1.7～1.9判定为合格。最后将合格的DNA样品统一稀释成50纳克微升。2猪全基因组50KSNP基因型检测：GeneSeekGenomicProfilerPorcine50KSNP分型平台，采用IlluminaInfinium的使用说明和标准流程进行芯片杂交与结果扫描。最后通过GenomeStudio软件读取基因型数据。用PLINKv1.07对获得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率CP＝5.75×10-6；P＝4.25×10-6SEQNO.1中第26位核苷酸，即对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的AC突变。4不同基因型与种猪100kg体重时的眼肌面积和瘦肉率表型的关联性分析：根据表1可知，分子标记的SNP位点g.26AC与眼肌面积和瘦肉率性状极显著相关PC与性状的相关性实施例3具体解释发明检测SNP标记的发明过程1含有与加系杜洛克100kg体重眼肌面积和100kg体重瘦肉率性能显著相关SNP位点的目的片段为16号染色体中的一段239bp的核苷酸序列，序列扩增的上下游引物为primer-F和primer-R，其核苷酸序列如下：上游引物primer-F：5’-AGGTCAGAGTGGGGCAGTAA-3’；下游引物primer-R：5’-AATGGGATTGGATGCGGGTT-3’。2PCR扩增的体系与条件设置配置10μL体系，其中DNA样品1μL，上游引物0.3μL，下游引物0.3μL，PCRmix5μL，ddH2O3.4μL，PCR条件为95℃预变性5min，95℃变性30s，64℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环，最后延伸为72℃5min。3DNA序列测序鉴定：序列测序在深圳华大基因科技有限公司进行，基因片段测正反两个反应。将所测得的序列与NCBI基因组序列对比，得出对应SNP位点的突变，测序结果如下所示：注：序列中标注的M为突变位点，用标有下划线显示括号中为突变碱基，为等位基因突变，在该序列的首尾加粗显示为引物序列结合位置。实施例4分子标记的SNP位点g.26AC效应分析本发明提供一个能显著增加杜洛克种猪眼肌面积和提高杜洛克种猪瘦肉率SNP分子标记，使用该SNP分子标记进行标记辅助选择，能够极大地加快杜洛克种猪的眼肌面积和瘦肉率育种进程。若本发明将影响猪眼肌面积和瘦肉率性状的分子标记的AA型个体全部选育成CC型个体，则每头猪在100kg体重时，瘦肉率可以提高0.39％，在一个规模化万头猪场则可以增加3.9吨瘦肉；而每头猪在100kg体重时眼肌面积可以增加0.89cm2，由于眼肌面积和瘦肉率呈有利的正相关关系，育种工作者可以通过增加猪的眼肌面积来提高瘦肉率。由此可见增加眼肌面积和提高瘦肉率为养猪产业提供收益的潜力是巨大的。本SNP分子标记个体中，通过优选加系杜洛克该SNP的优势等位基因C，可最终实现提高商品猪的经济效益，从而增加企业的收益。上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本发明的保护范围之内。SEQUENCELISTING华南农业大学位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记及应用13PatentInversion3.31239DNAArtificial位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的核苷酸序列1aggtcagagtggggcagtaaactggmcagagaagtacagaaatggctgagtgaaaattca60acactgagctttgatttgatttgatttttattttttggctacccctcgggatatggagtt120cccagaccagggatcagatcccaatcatagttgtgacttaagccgcaggtgcagcaacac180caggttggatccttaacccactgtgccagccagggatcgaacccgcatccaatcccatt239220DNAArtificial引物primer-F2aggtcagagtggggcagtaa20320DNAArtificial引物primer-R3aatgggattggatgcgggtt20

权利要求：1.一种位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，其特征在于其SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的AC突变；所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的核苷酸序列为SEQIDNO.1所示，其中序列中的M是A或C，导致猪眼肌面积和瘦肉率性状的不同。2.权利要求1所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记在鉴定杜洛克猪眼肌面积和瘦肉率性状和遗传育种中的应用。3.一种检测猪眼肌面积和瘦肉率性状的方法，其特征在于包含如下步骤：检测猪16号染色体上权利要求1所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记的5’端第33757844位单核苷酸是A还是C。4.根据权利要求3所述的检测猪眼肌面积和瘦肉率性状的方法，其特征在于：所述的猪为加系杜洛克及其合成系。5.一种用于鉴定权利要求1所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记的引物对，其特征在于包含引物primer-F和primer-R，其核苷酸序列如下：上游引物primer-F：5’-AGGTCAGAGTGGGGCAGTAA-3’；下游引物primer-R：5’-AATGGGATTGGATGCGGGTT-3’。6.权利要求5所述的引物对在鉴定影响种猪眼肌面积和瘦肉率性状中的应用。7.权利要求5所述的引物对在猪分子标记辅助育种中的应用。8.权利要求5所述的引物对在增加种猪眼肌面积和提高种猪瘦肉率中的应用。9.一种猪的遗传改良的方法，其特征在于包含如下步骤：确定种猪核心群中种猪的权利要求1所述的位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记，并根据所述分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第33757844bp处的CC基因型和AC基因型的种猪个体，淘汰该点的AA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率，从而增加后代猪眼肌面积和提高后代猪的瘦肉率。10.根据权利要求9所述的猪的遗传改良的方法，其特征在于：所述的猪为加系杜洛克及其合成系。

百度查询： 华南农业大学 位于猪16号染色体上与猪瘦肉率和眼肌面积相关的SNP分子标记及应用

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。

阅读全文 双屏查看 官方信息 专利公告 收藏专利 下载PDF 下载WORD