申请/专利权人：中国科学院东北地理与农业生态研究所

申请日：2021-04-12

公开（公告）日：2021-07-16

公开（公告）号：CN113130005A

主分类号：G16B20/30(20190101)

分类号：G16B20/30(20190101);G16B20/50(20190101);G16B20/20(20190101);C12Q1/6895(20180101)

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2022.11.22#授权;2021.08.03#实质审查的生效;2021.07.16#公开

摘要：本发明属于生物信息学及生物技术领域，具体涉及一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法。本发明提供的方法通过仅研究M2代来加快候选因果突变位点的定位，在M2‑seq中，在不知道突变植株的野生型变异信息的情况下，通过M2群体之间的相互比较，背景变异可以被有效地去除。此外，使用ΔSNPindex的绝对值可以有效去除相邻突变等位基因的排斥连锁引起的信号干扰，从而有助于鉴定靶基因中的因果突变。

主权项：1.一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法，其特征在于，包括如下步骤：S1、通过EMS处理目标植物的未成熟胚，获得M1代植物，M1代自花授粉获得M2群体，从中筛选出隐性突变M2群体；S2、从步骤S1筛选出的隐性突变M2群体中，分别收集同等数量的突变株、野生植株的叶片，各提取全基因组DNA，并将提取的DNA等量混合，混合成突变基因池及野生基因池；S3、将步骤S2混合成的突变基因池与野生基因池进行测序，获得原始测序数据；S4、对步骤S3获得的原始测序数据分别进行过滤获取高质量cleanreads，reads比对和变异检测，并通过变异过滤及滑动窗口分析，获得候选因果突变区域；S5、在步骤S4获得的候选因果突变区域经因果突变位点筛选，获得相应因果突变位点以及相关基因。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国科学院东北地理与农业生态研究所 一种基于M2群体的候选因果突变位点基因定位的方法

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