申请/专利权人：广州市金域转化医学研究院有限公司;广州金域医学检验中心有限公司

申请日：2020-12-21

公开（公告）日：2021-10-12

公开（公告）号：CN112634990B

主分类号：G16B25/20(20190101)

分类号：G16B25/20(20190101);G16B30/10(20190101);G16B20/20(20190101);C12Q1/70(20060101);C12Q1/686(20180101);C12Q1/6811(20180101)

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2021.10.12#授权;2021.04.27#实质审查的生效;2021.04.09#公开

摘要：本发明提供一种PCR引物设计模板筛选的方法及应用，涉及分子生物学检测技术领域。本发明的方法包括：从数据库获取目标种属的基因组，所述基因组中包括已知的变异株的基因组序列，进行多序列全局对比并分析基因组变异；根据目标种属基因组比对文件，确定基因组中的高度保守序列；计算高度保守序列的GC％与碱基随机性；以高度保守序列的GC％与碱基随机性作为筛选参数，对高度保守序列的引物设计模板进行筛选。该方法可系统高效地筛选PCR引物设计模板，采用该模板设计得到的PCR引物具有高特异性和高效率的特点。

主权项：1.一种PCR引物设计模板筛选的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、从数据库获取目标种属的基因组，所述基因组中包括已知的变异株的基因组序列，进行多序列全局对比并分析基因组变异；S2、根据目标种属基因组比对文件，确定基因组中的高度保守序列；S3、计算高度保守序列的GC％与碱基随机性；GC％的计算公式为：碱基随机性的计算方式如下：设定该段高度保守序列的长度为L，序列中的碱基数量为n；设定第1位碱基的随机性k1设为1，若i+1位碱基与第i位碱基相同，则赋予第i+1位碱基的随机性ki+1是1；反之，若i+1位碱基与第i位碱基不同，则赋予第i+1位碱基的随机性ki+1是-1；该段序列的随机性归一化的随机性S4、以GC％与碱基随机性作为筛选参数，对高度保守序列的引物设计模板进行筛选。

全文数据：

权利要求：

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