申请/专利权人：中国医学科学院北京协和医院;北京阅微基因技术股份有限公司

申请日：2022-02-22

公开（公告）日：2022-09-23

公开（公告）号：CN115101126A

主分类号：G16B25/20

分类号：G16B25/20;G16B30/10;G16B40/00;G16B50/00;G06N20/10

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2023.04.18#授权;2022.10.14#实质审查的生效;2022.09.23#公开

摘要：本发明涉及生物信息学分析领域，具体公开一种基于CE平台的针对呼吸道病毒和或细菌亚型的引物设计方法和流程，该方法能够有效对选定的病毒和或细菌进行引物设计，可识别大多数亚型，相较于传统方法具有显著的特异性和准确性优势。

主权项：1.一种基于CE平台的针对病毒和或细菌亚型的引物设计方法，其特征在于，所述方法包括：1数据集下载：分别对病毒和或细菌的数据集进行下载；2多重序列比对：分别对病毒和或细菌序列进行多重比对；3候选引物集设计：通过多重比对选取平均保守分值高的区域作为候选区域进行引物设计，分别从正、负链中挑选引物；4引物过滤初筛：通过引物长度、TM值和或二聚体进行过滤；优选的，并使用支持向量机方式筛选扩增效率高的引物，获得初筛引物；5引物特异性复筛：将所有初筛引物在NR数据库中进行特异性复筛；6CE引物终筛：CE平台同一通道内所有引物的扩增长度不相近或不重叠。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国医学科学院北京协和医院;北京阅微基因技术股份有限公司 基于CE平台的呼吸道病毒和/或细菌亚型引物设计方法及系统

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