申请/专利权人：香港中文大学(深圳);香港中文大学(深圳)福田生物医药创新研发中心

申请日：2022-12-08

公开（公告）日：2023-03-14

公开（公告）号：CN115579050B

主分类号：G16B5/00

分类号：G16B5/00;G16B15/20

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2023.03.14#授权;2023.01.24#实质审查的生效;2023.01.06#公开

摘要：本发明提供了一种生物分子功能性动力学中关键原子集的搜索方法、系统，方法包括基于初始态和目标态优化得到转变路径，并记录M个转变结构；基于起始态和目标态的差异提取Cα原子以及其中可能形成氢键、盐桥或π‑π堆积作用的原子，构建参考原子集；从M个转变结构中筛选出能够与参考原子集的原子形成氢键、盐桥或π‑π堆积作用的原子，构建补充原子集；通过评估参考原子集和补充原子集间相互作用的稳定性，从补充原子集中筛选去除不稳定的原子，整合得到关键原子集。本发明基于多重筛选方法快速、准确地获取生物分子功能性动力学转变路径主导的关键原子集，极大减少了需经验支持的操作部分，大幅降低时间成本。

主权项：1.一种生物分子功能性动力学中关键原子集的搜索方法，其特征在于，包括如下：基于生物分子功能性动力学的初始态和目标态优化得到相应的转变路径，并记录优化过程中产生的包括初始态和目标态在内的M个转变结构；其中，M为大于10的自然数；通过比较初始态与目标态在结构上的差异，筛选出差异显著的残基，并从中提取Cα原子以及其中可形成氢键作用、盐桥作用或π-π堆积作用的原子，以构建参考原子集；从M个转变结构中筛选出能够与参考原子集的原子形成氢键作用、盐桥作用或π-π堆积作用的原子，以构建补充原子集；基于M个转变结构，通过评估参考原子集和补充原子集间相互作用的稳定性，得到稳定性评估结果；基于稳定性评估结果，从补充原子集中筛选去除不符合预设稳定性标准的原子，并整合参考原子集与筛选后的补充原子集得到关键原子集；其中，氢键作用的判断标准为：在两个带负电原子中间存在一个带正电的氢原子，将其中一个带负电原子作为氢键受体，另一个带负电原子作为氢键供体，当氢键受体与氢键供体之间的截断距离不超过3.5Å，且氢键供体与氢原子间的连线以及氢键受体与氢键供体间的连线所形成的角度不超过30°时，则认定原子之间可形成氢键作用；盐桥作用的判断标准为：当存在一个带强正电原子与一个带强负电原子，且带强正电原子与带强负电原子之间的截断距离不超过4.5Å，则认定原子之间可形成盐桥作用；π-π堆积作用的判断标准为：当存在相邻结构的两个互相平行的芳香环，两个芳香环环质心之间的距离不超过4Å，则认定原子之间可形成π-π堆积作用，芳香环包括五元环或六元环。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 香港中文大学(深圳);香港中文大学(深圳)福田生物医药创新研发中心 生物分子功能性动力学中关键原子集的搜索方法、系统

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