申请/专利权人：江苏省农业科学院

申请日：2023-06-28

公开（公告）日：2023-09-29

公开（公告）号：CN116814807A

主分类号：C12Q1/6888

分类号：C12Q1/6888;G16B20/20;G16B30/00;G16B40/00;G16B40/10;G16B45/00;G16B50/10;C12Q1/6837;C12N15/11

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2023.10.24#实质审查的生效;2023.09.29#公开

摘要：本发明提供一种苏紫猪产仔性状相关全基因组SNPs筛选方法，组织样采集后提取DNA，DNA质控检测合格后，进行Illumina全基因组猪50KSNPs芯片检测，质控后得到有效数据用于后期的变异检测；然后进行全基因组关联分析：进行猪产仔表型性状与全基因组SNPs之间的GWAS分析；建立GWAS分析模型：y＝μ+Xb+u+e；对苏紫猪GWAS分析结果中的差异显著性水平P值采用Bonferroni校正，并使用R软件中的qqman绘制曼哈顿图和Q‑Q图。本发明利用Illumina全基因组猪50KSNPs芯片检测了苏紫猪的基因组，并与这些猪的总产仔数、产活仔数性状进行了关联分析。解决试验猪高产仔数关键位点和基因的筛选，研究结果将进一步揭示猪高产仔性状的遗传基础，提高猪育种效率和经济效益有较大的借鉴意义。

主权项：1.一种苏紫猪产仔性状相关全基因组SNPs筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：S1、确定试验样品：苏紫猪能繁母猪；S2、组织样采集：对试验样品统一采集耳组织样得到猪组织样，置于-20℃冰箱保存、备用；S3、DNA提取：将步骤S2采集的猪组织样剪碎，加入组织裂解液中，上下颠倒至混匀，然后加入蛋白酶K至浓度200μgmL，50℃-55℃水浴锅内消化过夜，得到消化好的耳组织样溶液；S4、在消化好的耳组织样溶液中加入与之等体积苯酚抽提，12000rpm离心10min，第一次取上清；在第一次取得上清液中加入与之等体积苯酚和氯仿抽提，苯酚和氯仿的体积比为1:1，12000rpm离心10min，第二次取上清；在第二次取得上清液中加入与之等体积氯仿抽提，12000rpm离心10min，第三次取上清；在第三次取得上清液中加入其两倍体积的无水乙醇沉淀DNA，12000rpm离心10min，弃上清，留沉淀物；S5、用70％乙醇快速洗涤步骤S4得到的沉淀物后常温晾干，然后用30μl灭菌双蒸水溶解DNA；0.7％的琼脂糖电泳初步检测DNA的浓度和纯度，紫外分光光度仪测定DNA含量，至此，DNA提取完成；S6、DNA质控检测合格后，进行Illumina全基因组猪50KSNPs芯片检测，删除没有检测结果的SNP位点后得到的有效数据用于后期的全基因组SNPs基因型质控检测；S7、SNPs基因型质控：SNPs基因型质控过程删除达到以下标准的个体或位点：分型缺失数10％的位点、最小等位基因频率低于0.01的位点、哈代-温伯格检验P值0.000001的位点，符合以上三条件中的任何一个，数据均会被删除；S8、猪产仔性状表型统计：记录每头苏紫猪能繁母猪的耳号、样品号、出生日期、出生体重、乳头数、配种日期、产仔日期、胎次、总产仔数、产活仔数、产健仔数、活仔公猪数、活仔母猪数、弱仔数、死胎数、出生窝重、出生个体均重、断乳窝重和断乳头数；S9、全基因组关联分析：进行猪全基因组SNPs基因型与产仔性状表型之间的GWAS分析；建立GWAS分析模型：y＝μ+Xb+u+e；其中，y表示苏紫猪产仔性状表型值；μ表示产羔数平均值；X表示固定效应矩阵，b为固定效应向量；u表示剩余多基因效应；e表示产仔表型值的随机残差，u和e均服从正态分布；S10、显著SNPs鉴定：对苏紫猪GWAS分析结果中的差异显著性水平P值采用Bonferroni校正，并使用R软件中的qqman绘制曼哈顿图和Q-Q图，曼哈顿图上高于阈值线的SNPs即为苏紫猪产仔性状显著关联SNPs；S11、候选基因注释：利用Ensembl网站的猪基因组序列Sscrofa11.1，对苏紫猪产仔性状显著关联SNPs前后40kb范围内定位的候选基因进行筛选，再利用Ensembl网站基因注释工具和Pubmed文献数据库进行基因的功能注释，完成苏紫猪产仔性状相关全基因组SNPs筛选。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 江苏省农业科学院 一种苏紫猪产仔性状相关全基因组SNPs筛选方法

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