申请/专利权人：缪延栋

申请日：2023-10-30

公开（公告）日：2024-01-30

公开（公告）号：CN117476103A

主分类号：G16B20/30

分类号：G16B20/30;G16B25/10;G16B15/30;G16B50/00

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.01.30#公开

摘要：本发明公开了一种结直肠癌中基于靶基因构建ceRNA调控网络的方法，涉及结直肠癌技术领域，包括以下步骤：S1：从TCGA数据库获取TCGA‑CRC的RNASeq数据；该结直肠癌中基于靶基因构建ceRNA调控网络的方法，基于高通量测序数据通过生物信息学整合分析筛选得到，从结直肠癌预后层面研究circRNA‑miRNA‑mRNA调控网络在人类结直肠癌中的作用，并深入探索其在结直肠癌中具体的调控机制和具体的靶基因，为结直肠癌的早期诊断、基因靶点治疗和预后提供新的思路和研究方向，本方法为探究结直肠癌中SPHK1高表达的具体分子机制，构建了hsa_circ_0001642hsa‑miR‑193a‑5pSPHK1的ceRNA调控网络，从而为进一步的结直肠癌的调控机制研究奠定了基础，以便后续进行结直肠癌的调控机制的研究。

主权项：1.一种结直肠癌中基于靶基因构建ceRNA调控网络的方法，其特征在于：包括以下步骤：S1：从TCGA数据库获取TCGA-CRC的RNASeq数据；S2：数据矫正：S21：数据经背景校正、样本间标准化以及log2转化预处理得到SeriesMatrixFile，利用perl脚本进行数据探针矩阵-circRNA矩阵-circBase矩阵数据注释；S22：miRNA数据集TCGA-CRC为高通量测序数据，下载其表达原始Count数据，经过质控和标准化进行后续分析；S3：差异表达分析：芯片表达数据通过limma包进行对照组和试验组之间的差异表达分析；S4：构建差异miRNA-mRNA互作网络；获得正常组织和CRC组织中显著差异表达的circRNA、miRNA和mRNA后，利用miRDB、TargetScan、miRMap、miRanda以及miTarBase这5个数据库中miRNA靶向mRNA的互作信息，进行构建差异miRNA-mRNA互作网络；S5：建立差异表达的miRNA和circRNA互作网络：利用starbase数据库中miRNA靶向circRNA的相互作用信息，建立差异表达的miRNA和circRNA互作网络；S6：综合两个互作网络，并筛选出符合ceRNA网络表达调控趋势的互作信息，最终构建SPHK1基因的ceRNA调控网络；S7：最后利用cytoscape对该调控网络进行可视化。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 缪延栋 一种结直肠癌中基于靶基因构建ceRNA调控网络的方法

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