申请/专利权人：豪夫迈·罗氏有限公司

申请日：2017-09-05

公开（公告）日：2024-03-15

公开（公告）号：CN109963584B

主分类号：A61K39/00

分类号：A61K39/00

优先权：["20160906 US 62/384088"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.15#授权;2019.07.26#实质审查的生效;2019.07.02#公开

摘要：本发明提供了组合物，其包含至少一个含有肽和主要组织相容性复合物MHC的组件，其中所述肽是所述MHC的组成组分，其中所述肽在它的C‑端处通过接头附接于表面，且其中所述肽在所述表面上合成。在某些实施方案中，所述组合物包含在空间上有序的阵列中的多种组件。本发明提供了制备和使用这些组合物的方法。

主权项：1.包含多种肽的肽微阵列，其中所述肽形成多种组件，每种组件包含微阵列肽和主要组织相容性复合物MHC，其中：所述肽是所述MHC的组成组分，并且在它的C-端处通过接头附接于所述肽微阵列的表面；所述MHC是包含α-链和β-链的I类MHC，其中所述MHC的α-链由源自人白细胞抗原HLA基因的序列编码，并且其中所述MHC的α-链被截短以除去在C-端末端的铰链区域、跨膜区域或细胞质区域；其中所述多种肽在所述表面上合成，所述多种肽是空间上有序的且它们的序列是预先确定的；其中所述MHC包含载体分子，并且其中所述载体分子是牛血清白蛋白。

全文数据：结合MHC的肽阵列及其使用方法技术领域本发明涉及分子生物学、合成生物学、蛋白阵列和免疫学、以及医疗和研究工具。背景在本领域中存在长期觉察到的、但是未得到满足的对由适当地组装的主要组织相容性复合物MHC呈递的表面结合肽的需要，所述MHC可以在准确生物学背景下在原位合成用于所述肽的体外分析。本发明提供了这种长期觉察到的、但是未得到满足的需要的解决方案。发明概述本发明提供了体外系统，其用于测定由组装的主要组织相容性复合物MHC呈递的肽和免疫细胞例如T-细胞之间的相互作用以鉴别在体内生物学相关的那些肽和细胞。通过给表面提供每种肽，本发明的组合物提供了鉴别在体内免疫优势的单一肽的独特能力，所述每种肽附接于空间上排序的阵列中的表面。通过在表面上原位合成每种肽，使得所述肽的空间排序成为可能。本发明的组合物不仅在其他人已经做出尝试并失败的地方取得成功，而且不同于现有技术的主流意见。例如，对于包含I类MHC的那些组合物，主流观点认为，所述肽的氨基端N-端和羧基端C-端必须是自由的、未结合的或未连接的以在MHC中适当地组装。使用本发明的组合物，可以为任何条件鉴别免疫优势肽。此外，尽管现有技术依赖于计算机算法以预测在体内可能相关或无关的免疫优势肽。相反，本发明的组合物具有同时分析至少106种独特肽以特异性地鉴别活化免疫细胞的那些肽的能力。因为所述阵列上的MHC如同出现在体内细胞的表面上的肽-MHC组件，精确地重现了阵列表面上的肽-MHC组件，本发明的组合物会鉴别在体内相关的肽，并且因此不需要进一步经验验证，从而消除了现有技术需要的缓慢且昂贵的步骤。因为这些肽中的每一种是空间上有序的且它们的序列是预先确定的，所以会立即知道免疫优势肽的序列，从而消除了现有技术也需要的另一个缓慢且昂贵的步骤，即相关肽的测序。通过分析肽变体，本发明的组合物可以用于鉴别每种肽-MHC的成功组装的必需氨基酸也被称作“锚点”，不论类别例如MHCI或II类，也不论哪种白细胞抗原促成MHC例如HLA-A、HLA-B或HLA-C。具体地，本发明提供了包含至少一种组件的组合物，所述组件包含肽和主要组织相容性复合物MHC，其中所述肽是MHC的组成组分integralcomponent，其中所述肽在它的C-端处通过接头附接于表面，且其中所述肽在所述表面上合成。在某些实施方案中，所述至少一种组件是多种组件。所述MHC可以由来自任何哺乳动物物种的白细胞抗原基因编码，所述哺乳动物物种包括、但不限于人即，人白细胞抗原HLA基因、灵长类动物例如，猿、猴、黑猩猩和矮黑猩猩和小鼠即，小鼠白细胞抗原MLA基因。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述MHC是I类MHC。在本发明的组合物的某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链可以是截短的。例如，在某些实施方案中，所述MHC的α-链不包括跨膜区域或细胞质区域。在某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链不包括铰链区域。在某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链不包括跨膜区域、铰链区域或细胞质区域。在某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链包含α1结构域、α2结构域和α3结构域。在某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-A基因、HLA-B基因、HLA-C基因、HLA-E基因、HLA-F基因、HLA-G基因、HLA-K假基因和HLA-L假基因。可选地，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-A基因、HLA-B基因和HLA-C基因。可选地，其中所述MHC是I类MHC，所述MHC的α-链可以由源自HLA-A基因的序列编码。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述MHC是I类MHC。所述MHC的α-链可以由源自HLA-A基因、且具体地源自HLA-A*11:01的序列编码。所述HLA-A*11:01的氨基酸序列可以包含以下序列或由以下序列组成：在本发明的组合物的某些实施方案中，所述MHC是I类MHC。所述MHC的α-链可以由源自HLA-B基因、且具体地源自HLA-B*07:02的序列编码。HLA-B*07:02的氨基酸序列可以包含以下序列或由以下序列组成：在本发明的组合物的某些实施方案中，所述MHC是I类MHC。所述MHC的α-链可以由源自HLA-C基因、且具体地源自HLA-C*07:02的序列编码。HLA-C*07:02的氨基酸序列可以包含以下序列或由以下序列组成：在本发明的组合物的某些实施方案中，将来自UniProt数据库的HLA-A*11:01、HLA-B*07:02和HLA-C*07:02氨基酸序列截短以除去在C-端末端的铰链区域、跨膜区域和细胞质区域和在N-端末端的先导肽序列。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述MHC是II类MHC。在本发明的组合物的某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述MHC的α-链可以是截短的。例如，在某些实施方案中，所述MHC的α-链不包括跨膜区域或细胞质区域。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述MHC的α-链包含α1结构域和α2结构域。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述MHC的α-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-DM基因、HLA-DO基因和HLA-DP基因、HLA-DQ基因和HLA-DR基因。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述MHC的β-链是截短的。例如，在某些实施方案中，所述MHC的β-链不包括跨膜区域或细胞质区域。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述MHC的β-链包含β1结构域和β2结构域。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述MHC的β-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-DM基因、HLA-DO基因和HLA-DP基因、HLA-DQ基因和HLA-DR基因。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述MHC和或所述至少一种组件包含载体分子。本发明的载体分子会促进MHC组分与表面上的每种肽的整合以形成至少一种肽-MHC组件。尽管存在许多可以完成该促进的机制，但是在某些实施方案中，本发明的载体分子可以在一种或多种组分接触表面上的肽之前结合MHC的一种或多种组分。在一种或多种组分接触表面上的肽之前结合MHC的一种或多种组分的载体分子不会结合所述肽与MHC的一种或多种组分结合所必需的一种或多种组分的那些残基和或结合位点。载体分子可以保持结合表面上的完全组装的MHC，或一旦MHC的组分与表面上的肽组装它们就可以解离。本发明的载体分子不会改变T-细胞对由表面上的MHC呈递的肽的应答。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述载体分子可以包含牛血清白蛋白BSA、基本上由其组成或由其组成。在某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述载体分子可以包含牛血清白蛋白BSA、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述接头包含己酸。在某些实施方案中，所述接头可以包含1-5个单体单元。在某些实施方案中，所述接头可以包含3-5个单体单元。在某些实施方案中，所述接头可以包含至少一个带负电荷的单体单元。例如，所述至少一个带负电荷的单体单元可以包含带负电荷的氨基酸。所述带负电荷的氨基酸可以是天冬氨酸盐D或谷氨酸盐E。在某些实施方案中，所述接头可以包含己酸和至少一种具有5个单体长度的带负电荷的氨基酸。示例性的接头包括、但不限于表面-5HEX、表面-HEX-E-3HEX、表面-HEX-D-3HEX、表面-2HEX-E-HEX。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述接头包含聚乙二醇PEG。在某些实施方案中，所述接头可以包含1-5个单体单元。在某些实施方案中，所述接头可以包含3-5个单体单元。在某些实施方案中，所述接头可以包含至少一个带负电荷的单体单元。例如，所述至少一个带负电荷的单体单元可以包含带负电荷的氨基酸。所述带负电荷的氨基酸可以是天冬氨酸盐D或谷氨酸盐E。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述接头包含甘氨酸G和丝氨酸S氨基酸的混合物。例如，所述接头可以包含3:1比例的甘氨酸G:丝氨酸S氨基酸的混合物。在某些实施方案中，所述接头可以包含1-5个单体单元。在某些实施方案中，所述接头可以包含3-5个单体单元。在某些实施方案中，所述接头可以包含至少一个带负电荷的单体单元。例如，所述至少一个带负电荷的单体单元可以包含带负电荷的氨基酸。所述带负电荷的氨基酸可以是天冬氨酸盐D或谷氨酸盐E。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述接头包含至少一个带负电荷的单体单元，且所述组件包含由HLA2基因编码的MHC。在某些实施方案中，所述接头包含至少一个带负电荷的单体单元，所述接头由3-5个单体组成，且所述组件包含由HLA2基因编码的MHC。在某些实施方案中，所述接头包含至少一个带负电荷的单体单元，所述接头由3个单体组成，且所述组件包含由HLA2基因编码的MHC。在某些实施方案中，所述接头包含至少一个带负电荷的单体单元，所述接头由5个单体组成，且所述组件包含由HLA2基因编码的MHC。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含6-30个氨基酸（包括端点）、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含6-20个氨基酸（包括端点）、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含6-12个氨基酸（包括端点）、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含6-12个氨基酸（包括端点）、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含9个氨基酸、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，其中所述MHC是I类MHC，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含9个氨基酸、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含12-30个氨基酸（包括端点）、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述至少一种组件或所述多种组件的每种肽可以包含12-30个氨基酸（包括端点）、基本上由其组成或由其组成。在本发明的组合物的某些实施方案中，使用数字微镜装置DMD在原位合成所述至少一种组件的肽。在本发明的组合物的某些实施方案中，使用数字微镜装置DMD在原位合成所述多种组件的肽。在某些实施方案中，所述DMD包含至少一个微镜。在某些实施方案中，所述DMD包含多个微镜。在某些实施方案中，每个微镜对应于表面的微区域，其中所述微镜对应于指导所述微区域中的每种肽的合成的微区域。在某些实施方案中，所述表面包含多个微区域，其中所述微镜的数目等于微区域的数目。本文中使用的术语“微区域”意在描述虚拟边界而不是存在于表面本身上的物理边界。尽管微镜可以指导在表面的任何部分中的肽的合成，但是受微镜影响的微区域优选地位于表面上以与微镜垂直地对齐。因而，受微镜影响的微区域可以直接位于微镜下方或在离微镜的边缘的纵面线形几毫米或厘米内。在本发明的组合物的某些实施方案（和具体地，其中使用数字微镜装置DMD在原位合成肽的那些）中，每个微区域可以包含103-108个肽。在某些实施方案中，所述表面可以具有1.24x1013个胺cm2的密度，其中所述胺是附接于表面的第一官能团，随后接头和肽将在原位合成过程中与其偶联。当所述表面具有1.24x1013个胺cm2的密度时，所述表面可以包含至少106个肽，这对应于至少106个肽-MHC组件。当所述表面具有1.24x1013个胺cm2的密度时，所述表面可以包含103-108个“独特”肽微镜。当所述表面具有1.24x1013个胺cm2的密度时，当每个微区域对应于单个微镜时，所述表面可以包含103-108个“独特”肽微区域。术语“独特肽”意在描述独特肽序列。除了独特肽以外，每个微镜可以产生重复肽，或者换而言之，可以产生多个具有相同序列的肽，但是由指导微镜合成具有独特序列的肽（在相同表面的肽或相同表面的部分中）的独特程序或特征指令组产生。在本发明的组合物的某些实施方案（和具体地，其中使用数字微镜装置DMD在原位合成肽的那些）中，第一微区域至少包含第一肽，当与每个第二或后续微区域内的至少第二或后续肽的氨基酸序列相比时，所述第一肽具有独特氨基酸序列。在某些实施方案中，所述包含至少一种具有独特氨基酸序列的肽的第一微区域进一步至少包含具有独特氨基酸序列的肽的一个重复。例如，所述第二或后续微区域可以与所述第一微区域并列。并列是指，所述第一微区域和所述第二微区域的虚拟边界在物理上并列例如邻近微区域。在某些实施方案中，所述第一微区域至少包含第一肽，当与每个第二或后续微区域（其与所述第一微区域并列）内的至少第二或后续肽的氨基酸序列相比时，所述第一肽具有独特氨基酸序列。在某些实施方案中，所述第一微区域至少包含第一肽，当与表面上的每个第二或后续微区域内的至少第二或后续肽的氨基酸序列相比时，所述第一肽具有独特氨基酸序列。在本发明的组合物的某些实施方案（和具体地，其中使用数字微镜装置DMD在原位合成肽的那些）中，所述表面可以包含多达1.24x1013个肽平方厘米。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述表面包含2个或更多个部分。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述表面包含2-48个部分（包括端点）。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述组合物进一步包含至少一种T-细胞。在本发明的组合物的某些实施方案中，所述组合物进一步包含至少一种T-细胞部分。任选地，所述至少一种T-细胞可以结合至表面。在某些实施方案中，本发明的组合物可以进一步包含可检测试剂，在表面上的至少一种肽活化至少一种T-细胞后，所述可检测试剂识别从所述至少一种T-细胞释放的分子。所述可检测试剂可以是具有可检测标记的任何有机或无机分子，所述可检测标记能够特异性地结合在活化后从所述至少一种T-细胞释放的至少一种分子。在某些实施方案中，所述可检测试剂是抗体。尽管从所述至少一种T-细胞释放的分子可以是细胞的分泌蛋白质组的任何分子，但是在某些实施方案中，从所述至少一种T-细胞释放的分子是细胞因子。细胞因子的例子包括、但不限于：白介素2IL-2、白介素3IL-3、白介素4IL-4、白介素5IL-5、白介素6IL-6、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子GM-CSF和干扰素-γINFγ。在某些实施方案中，本发明的组合物可以包含至少2个表面。本发明的组合物的表面可以是平坦的。例如，本发明的组合物的表面可以是芯片、平板或载玻片。在某些实施方案中，本发明的组合物可以包含至少2个表面。本发明的组合物的表面可以是弯曲的、凸出的或凹陷的。在某些实施方案中，所述表面是珠子。在本发明的组合物的某些实施方案中，在表面上合成所述多种组件的每种肽以产生空间上有序的阵列。在使用DMD技术的合成背景下，每个微镜具有用于在表面上反射光或用于使光偏离开表面的独特程序。使用光保护的氨基酸可以合成在本发明的表面上的肽。当微镜在表面处引导光时，将向增长中的肽添加的最后一个氨基酸去保护且变成可用于结合另一个氨基酸。通过提供向每个微镜的移动的独特序列也被称作“工作”，DMD可以合成与每个微镜对应的至少一个独特肽序列。通过以预定模式将镜子预先程序化，在表面上合成的每种肽的序列通过它与用于合成它的微镜的相对位置而获知。在某些实施方案中，所述表面是芯片，并将三个芯片放在载玻片上用于同时制备和使用。在某些实施方案中，所述多个肽在这三个芯片中的每一个上的空间排列可以是相同的以提供实验性重复。在某些实施方案中，所述多个肽在这三个芯片中的每一个上的空间排列可以是不同的以提供较高处理量测定。本发明提供了一种制备本发明的组合物的方法，所述方法包括，在适合产生至少一种肽-MHC组件的条件下接触包含至少一种肽和一种MHC组合物的表面，其中所述肽是所述组件的组成组分，其中所述至少一种肽在它的C-端处通过接头附接于表面，且其中所述至少一种肽在所述表面上合成。在某些实施方案中，所述至少一种组件是多种组件。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，在接触步骤之前，可以用结合缓冲液处理所述表面。在某些实施方案中，所述结合缓冲液包含1%酪蛋白、10mMTrispH7.4和0.25%吐温。任选地，所述结合缓冲液可以进一步包含阻滞剂。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，所述表面和所述MHC组合物保持接触8-24小时（包括端点）之间的时间段。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，所述表面和所述MHC组合物保持接触约12小时的时间段。所述接触步骤可以发生在室温。可选地，所述接触步骤可以发生在4℃。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，所述MHC组合物包含BSA、溶解的β2-微球蛋白β2m和溶解的α-链。在某些实施方案中，所述MHC组合物包含在1:1和1:2（包括端点）之间的摩尔:摩尔比的溶解的α-链:溶解的β2m。所述溶解的α-链可以由HLA-A基因、HLA-B基因或HLA-C基因编码。在某些实施方案中，所述溶解的α-链通过包括下述步骤的方法产生：a将编码溶解的α-链的氨基酸序列反向翻译成密码子优化的脱氧核糖核酸DNA序列，b将所述密码子优化的脱氧核糖核酸DNA序列合成为双链DNA分子，c以包涵体的形式表达所述双链DNA分子以产生α-链，和d溶解所述α-链。在生产溶解的α-链的方法的某些实施方案中，为了在大肠杆菌中表达而优化密码子优化的脱氧核糖核酸DNA序列。在生产溶解的α-链的方法的某些实施方案中，所述表达步骤包括：将所述双链DNA分子克隆进表达载体中，其中，任选地，所述表达载体是质粒。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，所述MHC组合物包含载体分子、溶解的β-链和溶解的α-链。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述载体分子可以是不变链、CLIP、CD74肽或其功能片段。在某些实施方案中，其中所述MHC是II类MHC，所述载体分子可以是BSA。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，所述MHC组合物包含0.1%至10%BSA（包括端点）。所述MHC组合物可以包含1%至5%BSA（包括端点）。所述MHC组合物可以包含2%至3%BSA（包括端点）。任选地，在BSA缓冲液中配制BSA。在某些实施方案中，所述BSA缓冲液包含20mMTris-HCl（pH7.8）。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，所述MHC组合物可以进一步包含缓冲液。所述MHC缓冲液可以包含10mMTris-HCl（pH8.5）。在制备本发明的组合物的方法的某些实施方案中，在接触表面之前，通过包括下述步骤的方法生产所述MHC组合物：a将所述MHC组合物在4℃温育过夜，b将沉淀物与所述MHC组合物分离，和c收集不含沉淀物的MHC组合物用于接触所述表面。在某些实施方案中，所述分离步骤可以包括离心步骤，其中所述不含沉淀物的MHC组合物是从所述离心产生的上清液。在分离步骤的某些实施方案中，所述收集步骤进一步包括浓缩所述不含沉淀物的MHC组合物。在某些实施方案中，所述收集步骤进一步包括过滤所述不含沉淀物的MHC组合物。本发明提供了本发明的组合物用于鉴别一种或多种肽抗原的用途，所述肽抗原当在体内由MHC呈递时具有免疫优势。例如，本发明提供了本发明的组合物用于鉴别一种或多种肽抗原的用途，所述肽抗原当在体内由MHC呈递时具有免疫优势，所述用途包括：a使至少一种T-细胞和所述组合物接触，和b检测在T-细胞活化后从所述至少一种T-细胞分泌的至少一种分子，由此鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原。在该用途的某些实施方案中，所述免疫优势肽抗原是免疫原性的。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述MHC是I类MHC。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述MHC是II类MHC。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是新抗原。在某些实施方案中，所述新抗原可以包含结合所述MHC所必需的一个或多个氨基酸。在某些实施方案中，与所述肽的野生型序列相比，新抗原的并非结合所述MHC所必需的一个或多个氨基酸“非必需”氨基酸可以包含所述氨基酸序列的一个或多个置换。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是自身抗原。在某些实施方案中，所述自身抗原刺激T-细胞并诱导自身免疫应答。本发明提供了本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的自身抗原、与所述自身抗原互补的序列、特异性地结合所述自身抗原的抗体或特异性地结合所述自身抗原的嵌合抗原受体用于制备药物的用途，所述药物用于减少或预防自身免疫应答。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是癌症抗原。在某些实施方案中，所述癌症抗原刺激T-细胞并诱导免疫应答。所述T-细胞可以是遗传上修饰的。例如，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述癌症抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。在某些实施方案中，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述癌症抗原的嵌合抗原受体。本发明提供了一种疫苗，其包含本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的癌症抗原。本发明提供了本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的癌症抗原、与所述癌症抗原互补的序列、特异性地结合所述癌症抗原的抗体或特异性地结合所述癌症抗原的嵌合抗原受体用于制备药物的用途，所述药物用于增强或诱导免疫应答。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是细菌、病毒或微生物抗原。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是病毒抗原，其中所述病毒抗原刺激T-细胞并诱导免疫应答。在某些实施方案中，所述病毒抗原源自巨细胞病毒CMV。所述T-细胞可以是遗传上修饰的。例如，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述病毒抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。在某些实施方案中，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述病毒抗原的嵌合抗原受体。本发明提供了一种疫苗，其包含本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的病毒抗原。在某些实施方案中，所述病毒抗原源自巨细胞病毒CMV。本发明提供了本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的病毒抗原、与所述病毒抗原互补的序列、特异性地结合所述病毒抗原的抗体或特异性地结合所述病毒抗原的嵌合抗原受体用于制备药物的用途，所述药物用于增强或诱导免疫应答。在某些实施方案中，所述病毒抗原源自巨细胞病毒CMV。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是细菌抗原，其中所述细菌抗原刺激T-细胞并诱导免疫应答。所述T-细胞可以是遗传上修饰的。例如，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述细菌抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。在某些实施方案中，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述细菌抗原的嵌合抗原受体。本发明提供了一种疫苗，其包含本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的细菌抗原。本发明提供了本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的细菌抗原、与所述细菌抗原互补的序列、特异性地结合所述细菌抗原的抗体或特异性地结合所述细菌抗原的嵌合抗原受体用于制备药物的用途，所述药物用于增强或诱导免疫应答。在本发明的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途的某些实施方案中，所述肽抗原是微生物抗原，其中所述微生物抗原刺激T-细胞并诱导免疫应答。所述T-细胞可以是遗传上修饰的。例如，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述微生物抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。在某些实施方案中，所述T-细胞可以包含特异性地结合所述微生物抗原的嵌合抗原受体。本发明提供了一种疫苗，其包含本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的微生物抗原。本发明提供了本发明的被鉴别为当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的微生物抗原、与所述微生物抗原互补的序列、特异性地结合所述微生物抗原的抗体、或特异性地结合所述微生物抗原的嵌合抗原受体用于制备药物的用途，所述药物用于增强或诱导免疫应答。本发明提供了本发明的组合物用于鉴别由至少一种肽刺激的至少一种T-细胞的用途，所述用途包括a使所述至少一种T-细胞和所述组合物接触，b检测在活化后从所述至少一种T-细胞分泌的至少一种分子，和c将所述至少一种T-细胞成像。在本发明的组合物用于鉴别由至少一种肽刺激的至少一种T-细胞的某些实施方案中，所述至少一种T-细胞不是遗传上修饰的。在本发明的组合物用于鉴别由至少一种肽刺激的至少一种T-细胞的某些实施方案中，所述至少一种T-细胞是遗传上修饰的。例如，在某些实施方案中，所述至少一种T-细胞可以包含特异性地结合所述至少一种肽的经修饰的T-细胞受体。在某些实施方案中，所述至少一种T-细胞包含特异性地结合所述至少一种肽的嵌合抗原受体CAR。在本发明的组合物用于鉴别由至少一种肽刺激的至少一种T-细胞的某些实施方案中，所述成像步骤包括：使所述至少一种T-细胞与一种或多种可检测试剂接触，所述可检测试剂识别一种或多种细胞表面标志物。所述可检测试剂可以是具有可检测标记的任何有机或无机分子，所述可检测标记能够特异性地结合在活化后从所述至少一种T-细胞释放的至少一种分子。在某些实施方案中，所述可检测试剂是抗体。细胞表面标志物的例子包括、但不限于CD34、CD45、CD15、CD14、CD3、CD19、CD61、CD4、CD8和CD25。例如，通过CD34的表达可以鉴别干细胞。通过CD45和CD15的表达可以鉴别粒细胞。通过CD45和CD14的表达可以鉴别单核细胞。通过CD45和CD3的表达可以鉴别T-细胞也被称作T-淋巴细胞。通过CD45和CD19的表达可以鉴别B-细胞也被称作B-淋巴细胞。通过CD45和CD61的表达可以鉴别凝血细胞。在T-细胞中，通过CD45、CD3和CD4的表达可以鉴别辅助性T-细胞。在T-细胞中，通过CD45、CD3和CD8的表达可以鉴别细胞毒性T-细胞。在T-细胞中，通过CD45、CD3和CD25的表达可以鉴别活化的T-细胞。在本发明的组合物用于鉴别由至少一种肽刺激的至少一种T-细胞的某些实施方案中，所述至少一种T-细胞可以被包含在细胞群体中。所述细胞群体可以分离自任何生物流体，包括、但不限于，全血、血清、血浆、外周血、脐带血、淋巴液、脑脊液CSF和羊水。所述细胞群体可以分离自任何生物组织，包括、但不限于，淋巴组织、骨髓、肿瘤组织和活组织检查组织。所述细胞群体可以是同质的或异质的。所述细胞群体可以包含免疫细胞或T-细胞、基本上由其组成或由其组成。在接触本发明的组合物之前，所述细胞群体可以包含辅助T-细胞和细胞毒性T-细胞的混合物、基本上由其组成或由其组成。在某些实施方案中，在接触本发明的组合物之前，所述细胞群体不包含任何活化的T-细胞。因而，本发明提供了一种组合物，其包含包含肽和主要组织相容性复合物MHC的至少一种组件或多种组件，其中所述肽是所述MHC的组成组分，其中所述肽在它的C-端处通过接头附接于表面，且其中所述肽在所述表面上合成。所述MHC可以是I类或II类MHC。它可以包含载体分子，其可以是牛血清白蛋白BSA。所述接头可以包含己酸、聚乙二醇PEG或甘氨酸G和丝氨酸S氨基酸的混合物，它们可以具有3:1的比率。所述接头可以包含1-5个单体单元，优选3-5个单体单元。所述接头还可以包含至少一个带负电荷的单体单元，其可以是带负电荷的氨基酸诸如天冬氨酸盐D或谷氨酸盐E。在一个实施方案中，所述接头包含己酸以及天冬氨酸盐D或谷氨酸盐E中的至少一种，优选地在5个单体单元内。所述MHC可以由人白细胞抗原2HLA2基因编码，由另一种人白细胞抗原HLA基因编码，由哺乳动物白细胞抗原基因编码，由灵长类动物白细胞抗原基因编码，由小鼠白细胞抗原MLA基因编码，或由人白细胞抗原HLA基因编码，且其中所述MHC的α-链是截短的。在后一种情况下，所述α-链不包括跨膜区域或细胞质区域。所述α-链可以不包括铰链区域。所述α-链可以包含α1结构域、α2结构域和α3结构域。所述α-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-A基因、HLA-B基因、HLA-C基因、HLA-E基因、HLA-F基因、HLA-G基因、HLA-K假基因和HLA-L假基因。所述α-链也可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-A基因、HLA-B基因和HLA-C基因。α-链也可以包含α1结构域和α2结构域。在一个实施方案中，所述α-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-DM基因、HLA-DO基因和HLA-DP基因、HLA-DQ基因和HLA-DR基因。所述MHC的β-链也可以是截短的，例如它可以不包括跨膜区域或细胞质区域。所述β-链可以包含β1结构域和β2结构域。所述β-链可以由源自HLA基因的序列编码，所述HLA基因选自HLA-DM基因、HLA-DO基因和HLA-DP基因、HLA-DQ基因和HLA-DR基因。所述多种组件的每种肽可以由6-30个、优选6-20个、更优选6-12个和最优选9个氨基酸（包括端点）组成。使用数字微镜装置DMD可以在原位合成至少一种组件的肽，其中每个微镜对应于表面的微区域，且其中与微区域对应的微镜指导所述微区域中的每种肽的合成。在该背景下，本发明也提供了制备上面公开的组合物的方法，所述方法包括在适合产生至少一种肽-MHC组件的条件下接触包含至少一种肽和一种MHC组合物的表面，其中所述肽是所述MHC的组成组分，其中所述肽在它的C-端处通过接头附接于表面，且其中所述肽在所述表面上合成。在所述接触步骤之前，可以用结合缓冲液处理所述表面，例如包含1%酪蛋白、10mMTrispH7.4和0.25%吐温20和任选的封闭试剂的缓冲液。所述表面和所述MHC组合物可以保持接触8-24小时（包括端点）之间的时间段，例如约12小时，例如在室温或4℃。所述MHC组合物可以包含BSA、溶解的β2-微球蛋白β2m和溶解的α-链。所述组合物也可以包含载体分子、溶解的β-链和溶解的α-链。所述载体分子可以是不变链、CLIP、CD74肽或其功能片段或牛血清白蛋白BSA，优选0.1%至10%BSA，更优选1%至5%BSA和最优选2%至3%BSA（包括端点）。可以将所述BSA配制在BSA缓冲液中，其例如包含20mMTris-HCl（在pH7.8）。并且，所述MHC组合物进一步包含缓冲液，例如10mMTris-HCl（在pH8.5）。在接触表面之前，通过包括下述步骤的方法生产所述MHC组合物：a将所述MHC组合物在4℃温育过夜，b将沉淀物与所述MHC组合物分离，和c收集不含沉淀物的MHC组合物用于接触所述表面。所述分离步骤可以进一步包括离心步骤，其中所述不含沉淀物的MHC组合物是从所述离心产生的上清液。所述收集步骤可以进一步包括浓缩所述不含沉淀物的MHC组合物。所述收集步骤可以进一步包括过滤所述不含沉淀物的MHC组合物。所述MHC组合物可以包含在1:1和1:2（包括端点）之间的摩尔:摩尔比的溶解的α-链:溶解的β2m。所述溶解的α-链可以由HLA-A基因、HLA-B基因或HLA-C基因编码。所述溶解的α-链通过包括下述步骤的方法产生：a将编码溶解的α-链的氨基酸序列反向翻译成密码子优化的脱氧核糖核酸DNA序列，b将所述密码子优化的脱氧核糖核酸DNA序列合成为双链DNA分子，c以包涵体的形式表达所述双链DNA分子以产生α-链，和d溶解所述α-链。任选地，为了在大肠杆菌中表达而优化所述密码子优化的脱氧核糖核酸DNA序列。上面公开的组合物可以用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势且任选地具有免疫原性的一种或多种肽抗原。所述MHC可以是I或II类MHC，所述肽抗原可以是新抗原，其可以包含结合所述MHC所必需的一个或多个氨基酸。与所述肽的野生型序列相比，所述新抗原的并非结合所述MHC所必需的一个或多个氨基酸可以包含所述氨基酸序列的一个或多个置换。所述肽抗原也可以是自身抗原，其可以刺激T-细胞和诱导自身免疫应答。所述自身抗原、与所述自身抗原互补的序列、特异性地结合所述自身抗原的抗体、或特异性地结合所述自身抗原的嵌合抗原受体可以用于制备药物以减轻或预防自身免疫应答。所述肽抗原可以是癌症抗原，其可以刺激T-细胞和诱导免疫应答且可以被包括在疫苗中。所述癌症抗原、与所述癌症抗原互补的序列、特异性地结合所述癌症抗原的抗体或特异性地结合所述癌症抗原的嵌合抗原受体也可以用于制备药物以增强或诱导免疫应答。所述T-细胞可以是遗传上修饰的，且可以包含特异性地结合所述癌症抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。所述T-细胞也可以包含特异性地结合所述癌症抗原的嵌合抗原受体。所述肽抗原也可以是细菌、病毒或微生物抗原。病毒抗原可以刺激T-细胞和诱导免疫应答。所述病毒抗原可以源自巨细胞病毒CMV和或可以充当疫苗或疫苗的部分。所述病毒抗原、与所述病毒抗原互补的序列、特异性地结合所述病毒抗原的抗体或特异性地结合所述病毒抗原的嵌合抗原受体可以用于制备药物以增强或诱导免疫应答。所述T-细胞可以是遗传上修饰的且可以包含特异性地结合所述病毒抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。所述T-细胞可以包含特异性地结合所述病毒抗原的嵌合抗原受体。并且，细菌抗原和其中所述细菌抗原刺激T-细胞和诱导免疫应答，使得它可以充当疫苗或疫苗的部分。与细菌抗原互补的序列、特异性地结合所述细菌抗原的抗体、或特异性地结合所述细菌抗原的嵌合抗原受体可以用于制备药物以增强或诱导免疫应答。所述T-细胞可以是遗传上修饰的且可以包含特异性地结合所述细菌抗原的遗传上修饰的T-细胞受体。它还可以包含特异性地结合所述细菌抗原的嵌合抗原受体。上面公开的组合物也可以用于鉴别由所述组合物的至少一种肽刺激的至少一种T-细胞，包括a使所述至少一种T-细胞和所述组合物接触，b检测在活化后从所述至少一种T-细胞分泌的至少一种分子，和c将所述至少一种T-细胞成像。至少一种T-细胞可以是遗传上修饰的，且至少一种T-细胞可以包含特异性地结合所述组合物的至少一种肽的经修饰的T-细胞受体。它还可以包含特异性地结合所述组合物的至少一种肽的嵌合抗原受体CAR。所述成像步骤可以包括使所述至少一种T-细胞与一种或多种可检测试剂接触，所述可检测试剂识别一种或多种细胞表面标志物。附图说明图1的一对图描绘了pCy5-抗体W632标记的9聚体肽SEQIDNO:7-MHCI组件随着位置而变化的荧光强度，其具有b2m亚基顶图或没有b2m亚基底图，阴性对照。实施例1,SET1提供了从其得到该数据的组合物的实验方案。更多关于所述抗体的信息，参见Dao等人ScienceTranslationalMedicine2013年3月13日:第5卷,第176期,第176ra33页。图2的图描绘了多个WT1肽，每个具有9个氨基酸的长度，且每个具有沿着WT1蛋白的野生型序列的独特序列，组构成象限，这基于当结合本发明的表面上的MHCI并用标记的抗体检测时它们的信号强度，或基于它们的预测的结合亲和力，如通过NetMHC3.4一种被广泛用在鉴别肽抗原领域中的算法估计的。特异性地识别完全组装的MHCI复合物的任何抗体可以用于鉴别被体内MHCI呈递的那些肽。执行该分析，并将结果与通过NetMHC3.4鉴别出的预测肽对比和与通过NetMHC3.4预测的肽对比，以与MHCI形成复合物。在描绘的440种肽中，NetMHC3.4将433种肽鉴别为具有过低的亲和力而不结合MHCI，且相反，将仅7种肽鉴别为具有结合MHCI的理论能力。明显不同的是，本发明的组合物和方法鉴别出18种实际上结合MHCI的肽，包括13种已经被NetMHC3.4算法抛弃的肽右上象限。图3是与图2所示相同的图，特别强调左上象限。该象限代表根据本发明的组合物和方法具有经证实的结合MHCI的能力的那些肽，其当使用鉴别免疫优势肽的当前工业标准方法NetMHC分析时，已经被所述算法预测以足够的亲和力结合MHCI。特别重要的是突出显示的肽，在本文中被称作WT1肽126具有氨基酸序列RMFPNAPYLSEQIDNO:7。图4是与图2所示相同的图，特别强调右上象限。该象限代表根据本发明的组合物和方法具有经证实的结合MHCI的能力的那些肽，其当使用鉴别免疫优势肽的当前工业标准方法NetMHC分析时，已经被所示算法抛弃，因为在理论上不能以足够的亲和力结合MHCI。换而言之，本发明的组合物和方法经验地验证了13种肽，其当使用单独的NetMHC程序分析时，已经成为假阴性。图5是与图2所示相同的图，特别强调左下象限。该象限代表当使用鉴别免疫优势肽的当前工业标准方法NetMHC分析时，已经被预测以足够的亲和力结合MHCI的那些肽，但是当使用本发明的组合物和方法试验时，被经验地证实不会形成完全组装的肽-MHCI复合物。换而言之，本发明的组合物和方法经验地鉴别出2种肽，其当使用单独的NetMHC程序分析时，已经成为假阳性。图6的图描绘了与HLA-A2组装的充分研究的痘苗病毒肽LMYDIINSVSEQIDNO:8的HLA-A2负载特异性。在置换图上可以看到关键残基的相互作用的特异性。将9氨基酸肽的每个氨基酸置换成20种可能氨基酸中的每一种以鉴别在该肽内形成适当肽-MHCI复合物所必需的那些位置。该图用它们的单氨基酸字母代码在一行中显示了所有20种氨基酸，通过特征分组：AFILMVWPGSYCQTNRKHDE。氨基酸A、F、I、L、M、V、W和P是非极性氨基酸。氨基酸G、S、Y、C、Q、T、N是极性氨基酸。氨基酸R、K和H是碱性氨基酸。氨基酸D和E是酸性氨基酸。图7的图描绘了ESK1抗体对WT19聚体肽的肽-MHC组件的结合特异性。数据显示了特定靶标RMFPNAPYLSEQIDNO:7和交叉反应性靶标RVPGVAPTLSEQIDNO:9的相对荧光强度。图8的图描绘了ESK1抗体对“RMFPNAPYL”SEQIDNO:7变体的结合特异性。将9氨基酸肽的每个氨基酸置换成20种可能氨基酸中的每一种以鉴别在该肽内形成适当肽-MHCI复合物所必需的那些位置。该图用它们的单氨基酸字母代码在一行中显示了所有20种氨基酸，通过特征分组：AFILMVWPGSYCQTNRKHDE。氨基酸A、F、I、L、M、V、W和P是非极性氨基酸。氨基酸G、S、Y、C、Q、T、N是极性氨基酸。氨基酸R、K和H是碱性氨基酸。氨基酸D和E是酸性氨基酸。图9的一系列示意图证实了如何使用数字微镜装置DMD通过在表面上原位合成每种肽来制备本发明的组合物。左图描绘了一种包含多个微镜的示例性DMD，所示微镜直接定位在一系列三个表面（被包含在载玻片上）的一个表面上方。随着将光照在所述多个微镜上，所述多个微镜中的每个微镜被独立地程序化以倾斜（tilting），要么向所述微镜下方的表面区域反射所述光，要么使光从所述微镜下方的表面区域偏离开。在中心图中描绘了各个微镜的倾斜。右手图证实了通过每个微镜的倾斜调节的光的脉冲如何在表面上在原位积累肽。本发明的组合物的肽通过在它们的C-端末端处的接头结合所述表面。向所述肽添加的每种氨基酸包含光不稳定的保护基，其在没有光存在下阻止另一种氨基酸向所述肽的添加。但是，当光接触所述保护基时，所述氨基酸变得去保护且可以添加氨基酸。随着氨基酸流动经过表面，当肽序列中的预期的下一个氨基酸流动经过表面时，每个微镜在预先程序化的时间反射光以去保护氨基酸。由任何给定的微镜控制的表面区域在本文中被称作“微区域”。本发明的微区域具有虚拟边界而不是物理边界。如在该图的右侧图中所示，在本发明的表面的优选实施方案中，不存在在肽合成过程中阻碍氨基酸在表面上的流动的物理边界。图10A的图描绘了使用标准的5HEX接头形成HLA-A2RLYDYFTRV肽-MHC组件“RLYDYFTRV”被公开为SEQIDNO:10。在pH6.5在4℃执行结合过夜。图10B的图描绘了使用带负电荷的HEX-asp-3HEX接头形成HLA-A2RLYDYFTRV肽-MHC组件“RLYDYFTRV”被公开为SEQIDNO:10。在pH6.5在4℃执行结合过夜。短划线表明当使用带负电荷的接头而不是标准的5HEX接头时原始肽序列的肽-MHC组件信号的增加。发明详述T-细胞也被称作胸腺细胞或T淋巴细胞是在细胞介导的免疫中起重要作用的一类淋巴细胞一类白血细胞，其参与吞噬细胞、抗原特异性的细胞毒性的T-淋巴细胞的活化、和响应于抗原的各种细胞因子的释放。不同于B细胞的抗原识别，抗原的T-细胞识别不涉及直接结合攻击的抗原，而是T-细胞受体与病原体衍生的肽表位和将所述表位携带至细胞表面的主要组织相容性复合物MHC分子的组合表面的相互作用。据估测，人免疫系统具有约2500万个具有独特特异性的T-细胞克隆，它们限定了演化中的、广范围的针对自身抗原和外来抗原的细胞免疫应答。因此，检测和测量这些T-细胞群体具有根本的和治疗的重要性。不幸的是，当前建立的用于免疫监测和T-细胞表位发现的方法难以匹配人T-细胞文库（repertoire）的广识别潜力。经常用于分析抗原特异性T-细胞应答的方法包括细胞内细胞因子染色、CD107细胞毒性测定、ELISpot、杀伤测定等。这些测定在阐明某些T-细胞功能方面都是非常有用的，但是它们经常是劳动密集的，需要大量临床外周血单核细胞PBMC样本，且具有差空间分辨率和或对分泌的应答的低灵敏度。最近，用荧光地标记的多聚体肽-MHC复合物pMHC对抗原特异性的T-细胞染色，已经被广泛地用于分析针对一小组抗原的T-细胞应答。但是，pMHC四聚体的合成是费时的和不容易扩展的。所以，仅可以测量有限数目的pMHC复合物，且因此难以为不同的功能事件跟踪多种T-细胞特异性。为了克服前述限制，本发明提供了基于阵列的方案，其基于它们对pMHC复合物的粘附而捕获和表征TCR、TCR-样抗体和抗原特异性的T-细胞。可扩展的肽微阵列是蛋白科学中的打破范式的进步。通过使用例如数字微镜装置DMD来在单个表面上合成多达290万个独特的和空间上有序的肽，可能同时试验数千种靶标。另外，本发明的组合物和方法可以掺入具有修饰（诸如磷酸化）的肽、非天然的氨基酸（诸如瓜氨酸）、以及受约束的肽例如环肽。本发明的组合物的另一个独特特征是pMHC复合物在表明上的直接形成。传统上，当以高通量形式研究pMHC复合物时，首先构建每个单独的pMHC复合物。由于空的MHC分子不存在适当的肽是不稳定的，所述肽和所述MHC组分需要存在于折叠反应中。然后形成多聚体并印迹在经处理的和或衍生化的表面上。当需要研究多种pMHC时，该制备方法可以变成容易使人畏惧的任务。此外，通过将pMHC印迹在经处理的和或衍生化的表面上，现有的技术遭受表面诱导的效应，包括蛋白变性和以无活性取向的蛋白吸附。制备本发明的组合物的方法通过将载体分子引入MHCα和β亚基混合物的制备方法中克服了现有技术的技术障碍，其甚至在没有适当的MHC-结合肽存在下有效地挽救蛋白免于变性。然后将所述混合物直接应用于阵列表面，在此处结合的肽的存在将导致MHC重折叠。以此方式，同时组装成千上万的pMHC。可以将T-细胞、T-细胞受体TCR例如天然的和或嵌合的抗原受体或TCR-样抗体应用于表面。温育以后，肽靶向特定T-细胞，例如，附接至对应的pMHC分子，从而导致不同的抗原特异性的T-细胞TCR群体的空间分离。因为测定的读出依赖于位置而不是总荧光信号，本发明的组合物和方法独特地能够执行高度多路化的反应。原位肽合成使用模式方法在表面上在原位快速地和有效地进行本发明的肽或多个肽的合成。所述方法可以是自动化的和计算机控制的，以允许制造肽的一维或二维阵列。不需要光刻掩模，因而消除了重大成本和与光刻掩模的生产相关的时间延迟，并避免了在肽阵列的制造过程中多个掩模的费时操作和对齐。已经向其应用肽合成接头的活性表面可以用于支持要制造的肽。为了启动活性表面以提供第一氨基酸水平，将高精确度二维光图像投射在所述表面上，从而照亮在活性表面上的阵列中的那些微区域也被称作像素或瓦，在例如US6,375,903和US8,030,477中，其内容各自通过引用并入本文，其要被活化以偶联第一个氨基酸。向其应用光的阵列中的微区域上的入射光会将结合的氨基酸去保护并使它们可用于偶联另外的氨基酸。在该发展步骤以后，将含有适当氨基酸的流体提供给所述活性表面并使选择的氨基酸偶联暴露的位点。然后重复所述过程以将另一个氨基酸偶联至不同组的微区域位置，直到表面上的二维阵列的所有元件具有与其偶联的适当氨基酸参见，例如，图9。将结合在衬底上的氨基酸用能够结合氨基酸的化学试剂或用覆盖所有结合的氨基酸的光致抗蚀剂层保护，并然后投射新的阵列图案并成像在表面上以活化要向其添加第一个新氨基酸的那些微区域中的保护材料。然后暴露这些微区域，并将含有选择的氨基酸的溶液应用于阵列，使得所述氨基酸偶联至暴露的微区域位置。然后在第二氨基酸水平为所有其它微区域位置重复该过程。然后可以为每个期望的氨基酸水平重复所述的过程，直到已经完成肽序列的整个选择的二维阵列。利用具有适当光源的图像形成仪将图像投射在表面上，所述光源给包含电子地可寻址的微镜的二维阵列的微镜装置提供光，每个微镜可以选择性地在至少两个单独位置之一之间倾斜。在每个微镜的位置之一，来自在微镜上的入射光源的光偏离光轴并离开表面，且在每个微镜的至少两个位置中的第二个，光沿着光轴和朝向表面反射。投射光学器件接受从微镜反射的光并将微镜精确地成像在活性表面上。可以使用准直光学器件将来自光源的光准直成为直接提供给微镜阵列或分束器的光束，其中所述分束器将光束的一部分反射至微镜阵列并穿过所述分束器透射来自所述微镜阵列的反射光。从微镜直接反射或穿过分束器透射的光被导向投射光学透镜，其将微镜阵列成像在活性表面上。因为在微镜阵列中的选择性地可寻址的微镜可能完全反射或完全偏转提供给它们的光，所以微镜阵列的图像表现出在“开”和“关”微区域之间的非常高的对比度。微镜也可以能够指向超过两个位置，在该情况下可能提供另外的光学器件以允许使用单个微镜阵列装置暴露超过一个表面。另外，微镜能够在不损伤它们的情况下反射任何波长的光，从而允许利用来自光源的短波长光，包括在紫外至近紫外线范围内的光。微镜阵列在计算机的控制下运行，所述计算机将适当的微区域地址信号提供给微镜阵列以造成适当的微镜处于它们的“反射”或“偏转”位置。将要添加至肽的氨基酸的每个水平的每个活化步骤的适当微镜阵列图案编程进计算机控制器中。计算机控制器因而与提供给表面的试剂协调地控制由微镜阵列呈现的图像的排序。所述表面可以是透明的，从而允许穿过所述表面投射微镜阵列的图像。所述表面可以固定在流动池内，用外壳密封阵列的活性表面，从而允许适当的试剂以适当的顺序流动穿过流动池和经过阵列的活性表面从而在所述阵列中积累肽。主要组织相容性复合物MHCI类或II类MHC在人类的每个有核细胞的表面上表达。尽管MHCI类MHCI复合物存在于每个有核细胞上，但是MHCII类MHCII复合物仅存在于免疫系统的细胞即，巨噬细胞和淋巴细胞中。MHC复合物呈递细胞内内容物的肽片段，从而允许免疫系统针对外来侵入物的存在而审视身体，如通过非自身肽序列的呈递所确定的。在自身免疫病症的情况下，当MHC呈递自身肽时，以与免疫系统将与非自身肽反应相同的方式刺激免疫系统。编码MHC的组分的白细胞抗原基因（包括人白细胞抗原HLA基因）是非常不同的，从而导致MHC（MHCI和MHCII）的许多可能的排列。白细胞抗原基因序列（包括人白细胞抗原HLA基因序列）可以在许多公众可得到的数据库中找到，包括IPD-IMGTHLA数据库www.ebu.ac.ukipdimgthla和UNIPROTwww.uniprot.org。可以修饰本发明的MHCI复合物的α-链以除去跨膜区域、铰链区域和或细胞质区域。为了实现该修饰，可以从公开数据库得到MHCI复合物的α-链的全长核酸序列，经过编辑以除去编码跨膜区域、铰链区域和或细胞质区域的那些序列，并任选地使用针对将在其中表达所述核酸的宿主T-细胞例如大肠杆菌优化的密码子表进行反向翻译。可以修饰本发明的MHCII复合物的α-链以除去跨膜区域和或细胞质区域。为了实现该修饰，可以从公开数据库得到MHCII复合物的α-链的全长核酸序列，经过编辑以除去编码跨膜区域和或细胞质区域的那些序列，并任选地使用针对将在其中表达所述核酸的宿主T-细胞例如大肠杆菌优化的密码子表进行反向翻译。可以修饰本发明的MHCII复合物的β-链以除去跨膜区域和或细胞质区域。为了实现该修饰，可以从公开数据库得到MHCII复合物的β-链的全长核酸序列，经过编辑以除去编码跨膜区域和或细胞质区域的那些序列，并任选地使用针对将在其中表达所述核酸的宿主T-细胞例如大肠杆菌优化的密码子表进行反向翻译。肽和MHC组分在它们展示在细胞表面上之前在每个细胞的内质网ER中组装。在体内，与MHC形成复合物的肽是蛋白酶体对细胞溶质蛋白的降解的副产物。本发明的肽可以包含任何序列或由任何序列组成，且该序列可以源自任何多肽。例如，可以如下设计本发明的肽：从多肽序列的N-端至C-端系统性地每个步骤或2、3、4、5、6、7、8、9、10个等移动一个氨基酸，例如，以6-30个氨基酸之间的间隔即，意图在本发明的组合物的表面上合成的肽的长度，直到已经遍历多肽的长度。此外，使用沿着序列逐步移动所产生的肽序列集合，可以形成另一组肽，例如，通过将那些肽中的每一种的序列中所存在的氨基酸置换为可能的20种氨基酸中的每一种以提供所有可能的序列变异。在该实施例中，如在实施例1中，如果将WT1蛋白分成具有9个氨基酸的肽（在每个步骤移动一个氨基酸），将产生在图1中提供的肽的集合。如果然后如在实施例1中所示置换那些肽，可以产生另一组肽，即置换组。可以将该过程应用于任何多肽以产生本发明的组合物的至少一个肽或多个肽。鉴别干预点以抑制免疫系统或刺激免疫系统的挑战是定义允许一些肽被加载进MHC中而其它肽不被允许的规则。通过使用高度多路化的形式，本发明的组合物和方法提供的实验证据表明经证实的肽与MHCI和或MHCII组装的能力或不能。一旦肽作为稳定的MHC复合物的部分展示在细胞表面上，免疫系统例如T-细胞就将肽-MHC复合物取样以发现这样的序列：其为外来的或非自身的抗原。在自身免疫病症中，免疫系统不能区分自身和非自身抗原，最终将展示自身抗原的细胞作为外来侵入者对待并攻击健康的组织。在用于鉴别免疫优势肽的相同的高度多路化的反应中，本发明的组合物和方法可以用于鉴别刺激免疫系统的那些肽，包括合成的肽、经修饰的肽，和或可以用于转变受试者免疫系统对抗癌细胞或刺激免疫系统更好地抵抗感染的新抗原。本发明的组合物和方法可以用于验证包含嵌合抗原受体的T-细胞的鉴别天然免疫系统不会识别的细胞上的肽-MHC复合物（包括、例如，在癌细胞上的肽-MHC复合物）的能力。定义如在本发明中使用的，单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数指示物，除非上下文另外清楚地指明。因而，例如，对“一种方法”的提及包括多个这样的方法，对“一个剂量”的提及包括对一个或多个剂量和本领域技术人员已知的其等同剂量的提及，诸如此类。术语“约”或“大约”是指，在本领域普通技术人员所确定的特定值的可接受的误差范围内，其部分地取决于如何测量或确定所述值，例如，测量系统的限制。例如，“约”可以是指在1个或多个标准差内。可选地，“约”可以是指在给定值的多达20%或多达10%或多达5%或多达1%的范围内。可选地，特别是关于生物系统或过程，所述术语可以是指在特定值的特定数量级内，优选地在5倍内，更优选地在2倍内。在本申请和权利要求描述特定值的情况下，除非另有说明，否则应当假定术语“约”是指在特定值的可接受的误差范围内。本发明提供了分离的或基本上纯化的多核苷酸或蛋白组合物。“分离的”或“纯化的”多核苷酸或蛋白或其生物活性部分实质上或基本上不含有在它的天然存在的环境中发现的通常伴随所述多核苷酸或蛋白或与所述多核苷酸或蛋白相互作用的组分。因而，分离的或纯化的多核苷酸或蛋白当通过重组技术来生产时基本上不含有其它细胞物质或培养基，或当化学合成时基本上不含有化学前体或其它化学物质。最佳地，“分离的”多核苷酸不含有在所述多核苷酸的来源生物的基因组DNA中天然地侧接所述多核苷酸的序列最佳地蛋白编码序列即，位于所述多核苷酸的5'和3'末端的序列。例如，在不同的实施方案中，所述分离的多核苷酸可以含有小于约5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb或0.1kb的核苷酸序列，该序列在所述多核苷酸的来源细胞的基因组DNA中天然地侧接所述多核苷酸。基本上不含有细胞物质的蛋白包括具有小于约30%、20%、10%、5%或1%按干重计污染蛋白的蛋白制品。当重组地生产本发明的蛋白或其生物活性部分时，最佳地培养基代表小于约30%、20%、10%、5%或1%按干重计的化学前体或非目标蛋白化学物质。本发明提供了公开的DNA序列的片段和变体以及由这些DNA序列编码的蛋白。如在本发明中使用的，术语“片段”表示DNA序列的部分或氨基酸序列的部分和因而由其编码的蛋白。包含编码序列的DNA序列的片段可以编码保留天然蛋白的生物活性和因此保留对本文所述的靶DNA序列的DNA识别或结合活性的蛋白片段。可选地，可用作杂交探针的DNA序列的片段通常不会编码保留生物活性或不保留启动子活性的蛋白。因而，DNA序列的片段可以在至少约20个核苷酸、约50个核苷酸、约100个核苷酸和多达本发明的全长多核苷酸的范围内。通过模块方案可以构建本发明的核酸或蛋白，所述模块方案包括在靶载体中预组装单体单元和或重复单元，随后可以将所述靶载体组装进最终的目标载体。本发明的多肽可以包含本发明的重复单体，且可以通过模块方案来构建，所述模块方案包括在靶载体中预组装重复单元，随后可以将所述靶载体组装进最终的目标载体。本发明提供了通过该方法生产的多肽以及编码这些多肽的核酸序列。本发明提供了宿主生物和细胞，其包含通过该模块方案生产的编码多肽的核酸序列。本文中使用的“表达”表示将多核苷酸转录成mRNA的过程和或随后将转录的mRNA翻译成肽、多肽或蛋白的过程。如果多核苷酸源自基因组DNA，表达可以包括在真核细胞中的mRNA的剪接。“结合”表示在大分子之间例如，在蛋白和核酸之间的序列特异性的非共价相互作用。不需要结合相互作用的所有组分都是序列特异性的例如，与DNA主链中的磷酸酯残基接触，只要所述相互作用作为整体是序列特异性的即可。“结合蛋白”是能够非共价地结合另一种分子的蛋白。结合蛋白可以结合，例如，DNA分子DNA-结合蛋白、RNA分子RNA-结合蛋白和或蛋白分子蛋白-结合蛋白。在蛋白-结合蛋白的情况下，它可以结合自身以形成同源二聚体、同源三聚体等，和或它可以结合一种或多种不同蛋白的一个或多个分子。结合蛋白可以具有多于一类结合活性。例如，锌指蛋白具有DNA结合活性、RNA结合活性和蛋白结合活性。术语“包括包含”意指组合物和方法包括所列举的要素，但是并不排除其它要素。“基本上由……组成”当用于定义组合物和方法时，应当意在排除当用于预期目的时对于所述组合具有任何基本重要性的其它要素。因而，基本上由如本文中定义的要素组成的组合物不会排除痕量污染物或惰性载体。“由……组成”应当意在排除超过痕量的其它成分的要素和实质方法步骤。由这些过渡术语中的每一个限定的实施方案是在本发明的范围内。术语“连接”或“可操作地连接”或它的等同词语例如，“可操作地连接的”是指两个或更多个分子相对于彼此定位，使得它们能够相互作用以实现可归因于一种或两种分子或它们的组合的功能。可以可操作地连接肽和它的对应接头。本发明的肽可以包含用于检测肽或肽-MHC复合物的抗体的表位。此外，可以使抗体与本发明的组合物接触以确定所述抗体（包括天然存在的抗体）的表位。术语“表位”表示多肽的抗原决定簇。表位包含在空间构象中的3个氨基酸，所述空间构象是所述表位独有的。通常，表位由至少4、5、6或7个这样的氨基酸组成，且更通常，由至少8、9或10个这样的氨基酸组成。确定氨基酸的空间构象的方法是本领域已知的，且包括例如x-射线晶体学和二维核磁共振。术语“抗体”以最宽的含义使用，且具体地涵盖单一单克隆抗体包括激动剂和拮抗剂抗体和具有多表位特异性的抗体组合物。也在其范围内的是，使用如本文中定义的其抗体的天然的或合成的类似物、突变体、变体、等位基因、同系物和直系同源物在本文中被统称为“类似物”。因而，根据其一个实施方案，术语“其抗体”在它的最宽含义上也涵盖这样的类似物。通常，在这样的类似物中，与本文中定义的其抗体相比，已经替换、删除和或添加了一个或多个氨基酸残基。用于检测本发明的肽和或肽-MHC复合物的抗体可以从任何物种产生。在某些实施方案中，这些抗体具有人CDR序列，尽管框架区可以来自非人物种。在某些实施方案中，这些抗体是全人的，但是可以含有一个或多个修饰，使得它们是非天然存在的。在某些实施方案中，这些抗体是全人的以在体外模仿人免疫系统的识别与本发明的组合物的表面结合的本发明的肽和或肽-MHC复合物的能力。可以将抗体片段掺入可检测试剂中，所述可检测试剂用于识别与本发明的组合物的表面结合的本发明的肽和或肽-MHC复合物。本文中使用的“抗体片段”及其所有语法变体被定义为完整抗体的部分，其包含所述完整抗体的抗原结合位点或可变区，其中所述部分不含完整抗体的Fc区的恒定重链结构域即CH2、CH3和CH4，取决于抗体同种型。抗体片段的例子包括Fab、Fab'、Fab'-SH、Fab'2和Fv片段；双体；作为多肽的任何抗体片段，所述多肽具有由邻近氨基酸残基的一个不间断序列组成的一级结构在本文中被称作“单链抗体片段”或“单链多肽”，包括但不限于1单链FvscFv分子，2仅含有一个轻链可变结构域的单链多肽、或其片段，所述片段含有所述轻链可变结构域的3个CDR，而没有相关的重链部分，和3仅含有一个重链可变区的单链多肽、或其片段，所述片段含有重链可变区的3个CDR，而没有相关的轻链部分；和从抗体片段形成的多特异性的或多价的结构。在包含一个或多个重链的抗体片段中，所述重链可以含有在完整抗体的非-Fc区中发现的任何恒定结构域序列例如在IgG同种型中的CH1，和或可以含有在完整抗体中发现的任何铰链区域序列，和或可以含有与重链的铰链区域序列或恒定结构域序列融合或位于其中的亮氨酸拉链序列。该术语还包括单结构域抗体“sdAB”，其通常表示具有单个单体可变抗体结构域例如，来自骆驼科的抗体片段。本领域普通技术人员会容易地理解这样的抗体片段类型。术语“scFv”表示单链可变片段。scFv是通过接头肽连接的免疫球蛋白的重链可变区VH和轻链可变区VL的融合蛋白。所述接头肽可以是约5-40个氨基酸或约10-30个氨基酸或约5、10、15、20、25、30、35或40个氨基酸长度。单链可变片段缺乏在完整抗体分子中发现的恒定Fc区，且因而缺乏用于纯化抗体的常见结合位点例如，蛋白G。该术语还包括scFv，其为细胞内抗体，在细胞的细胞质中稳定的抗体，且其可以结合细胞内蛋白。术语“单结构域抗体”是指具有能够选择性地结合特定抗原的单个单体可变抗体结构域的抗体片段。单结构域抗体通常是约110个氨基酸长的肽链，包含重链抗体或常见IgG的一个可变结构域VH，其通常具有与完整抗体类似的对抗原的亲和力，但是更耐热且对去污剂和高浓度的尿素稳定。实例是从骆驼科或鱼抗体衍生出的那些。可选地，单结构域抗体可以从具有四条链的常见鼠或人IgG制备。本文中使用的术语“特异性地结合”和“特异性结合”表示抗体、抗体片段或纳米抗体优先结合存在于不同抗原的同质混合物中的特定抗原的能力。在某些实施方案中，特异性结合相互作用将在样品中合乎需要的抗原和不希望的抗原之间区分，在某些实施方案中，超过约10-100倍或更多例如，超过约1000或10,000倍。“特异性”表示免疫球蛋白或免疫球蛋白片段（诸如纳米抗体）相对于不同抗原靶标优先结合一种抗原靶标的能力，且不一定暗示高亲和力。术语“核酸”或“寡核苷酸”或“多核苷酸”表示共价地连接在一起的至少两个核苷酸。单链的描述也定义了互补链的序列。因而，核酸也可以包括描述的单链的互补链。本发明的核酸也包括保留相同结构或编码相同蛋白的基本上相同的核酸及其补体。本发明的核酸可以是单链的或双链的。本发明的核酸可以含有双链序列，甚至当大多数分子是单链时。本发明的核酸可以含有单链序列，甚至当大多数分子是双链时。本发明的核酸可以包括基因组DNA、cDNA、RNA或其杂合物。本发明的核酸可以含有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的组合。本发明的核酸可以含有碱基的组合，所述碱基包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、肌苷、黄嘌呤、次黄嘌呤、异胞嘧啶和异鸟嘌呤。可以合成本发明的核酸以包含非天然的氨基酸修饰。通过化学合成方法或通过重组方法，可以得到本发明的核酸。本发明的核酸（它们的整个序列或其任何部分）可以是非天然存在的。本发明的核酸可以含有一个或多个天然地不存在的突变、置换、删除或插入，使得整个核酸序列是非天然存在的。本发明的核酸可以含有一个或多个复制的、倒置的或重复的序列，得到的其序列天然地不存在，使得整个核酸序列是非天然存在的。本发明的核酸可以含有天然地不存在的经修饰的、人工的或合成的核苷酸，使得整个核酸序列是非天然存在的。鉴于遗传密码中的冗余，多个核苷酸序列可以编码任何特定蛋白。本文涵盖所有这样的核苷酸序列。如在本发明中使用的，术语“变体”当用于描述核酸时，表示i提及的核苷酸序列的部分或片段；ii提及的核苷酸序列或其部分的补体；iii与提及的核酸或其补体基本上相同的核酸；或iv在严格条件下与所述核酸、其补体或与其基本上相同的序列杂交的核酸。如在本发明中使用的，术语“载体”表示含有复制起点的核酸序列。载体可以是DNA或RNA载体。载体可以是自我复制的染色体外载体，且优选地，是DNA质粒。如在本发明中使用的，术语“变体”当用于描述肽或多肽时，表示在氨基酸序列中相差氨基酸的插入、缺失或保守置换、但是保留至少一种生物活性的肽或多肽。变体还可以是指这样的蛋白：其氨基酸序列与提及的具有保留至少一种生物活性的氨基酸序列的蛋白基本上相同。氨基酸的保守置换，即，用具有类似性能例如，亲水性、带电荷区域的程度和分布的不同氨基酸替换一个氨基酸，在本领域中被公认为通常涉及微小变化。如本领域所理解的，可以部分地通过考虑氨基酸的亲水指数而鉴定这些微小变化。Kyte等人,J.Mol.Biol.157:105-1321982。氨基酸的亲水指数是基于对其疏水性和电荷的考虑。可以置换具有类似亲水指数的氨基酸且仍然保留蛋白功能。在一个方面，具有±2的亲水指数的氨基酸被置换。氨基酸的亲水性还可以用于揭示会产生保留生物学功能的蛋白的置换。在肽的上下文中，对氨基酸的亲水性的考虑允许对该肽的最大局部平均亲水性的计算，这是据报道与抗原性和免疫原性良好关联的有用的量度。美国专利号4,554,101，通过引用完整地并入本文。具有类似亲水性值的氨基酸的置换可以产生保留生物活性（例如免疫原性）的肽。用具有在彼此的±2内的亲水性值的氨基酸可以执行置换。氨基酸的疏水性指数和亲水性值都受该氨基酸的具体侧链影响。与该观察一致，将与生物学功能相容的氨基酸置换理解为取决于氨基酸（尤其是那些氨基酸的侧链）的相对相似性，如通过疏水性、亲水性、电荷、大小和其它特性所揭示的。本文中使用的“保守的”氨基酸置换可以如下面表A、B或C中所示来定义。在某些实施方案中，融合多肽和或编码这样的融合多肽的核酸包括通过编码本发明的多肽的多核苷酸的修饰已经引入的保守置换。根据物理性能以及对二级和三级蛋白结构的贡献，可以将氨基酸分类。保守置换是将一个氨基酸置换为另一个具有类似性能的氨基酸。在表A中展示了示例性的保守置换。表A--保守置换I可替代地，可以如在LehningerBiochemistry,第2版;WorthPublishers,Inc.NY,N.Y.1975,第71-77页中所述将保守氨基酸分组，如在表B中所示。表B--保守置换II可替代地，在表C中展示了示例性的保守置换。表C--保守置换III应当理解，本发明的多肽意图包括带有一个或多个氨基酸残基的插入、缺失或置换或它们的任意组合以及除了氨基酸残基的插入、缺失或置换以外的修饰的多肽。本发明的多肽或核酸可以含有一个或多个保守置换。如在本发明中使用的，术语“超过一个”前述氨基酸置换表示2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个或更多个列举的氨基酸置换。术语“超过一个”可以表示2、3、4或5个列举的氨基酸置换。本发明的多肽和蛋白（它们的整个序列或其任何部分）可以是非天然存在的。本发明的多肽和蛋白可以含有一个或多个天然地不存在的突变、置换、删除或插入，使得整个氨基酸序列是非天然存在的。本发明的多肽和蛋白可以含有一个或多个复制的、倒置的或重复的序列，得到的其序列天然地不存在，使得整个氨基酸序列是非天然存在的。本发明的多肽和蛋白可以含有天然地不存在的经修饰的、人工的或合成的氨基酸，使得整个氨基酸序列是非天然存在的。如在本发明中使用的，通过使用独立的可执行的用于对2个序列测序的BLAST引擎程序bl2seq使用默认参数Tatusova和Madden,FEMSMicrobiolLett.,1999,174,247-250；其通过引用整体并入本文可以确定“序列同一性”，所述程序可从国家生物技术信息中心NCBIftp网站得到。术语“相同的”或“同一性”当在两个或更多个核酸或多肽序列的背景下使用时，表示在每个序列的指定区域中指定百分比的相同残基。所述百分比可以如下计算：将2个序列进行最佳比对，在指定区域上对比所述2个序列，确定在2个序列中出现同一残基的位置的数目以产生匹配位置的数目，将匹配位置的数目除以指定区域中的位置的总数，并将结果乘以100以产生序列同一性的百分比。在2个序列具有不同长度或者所述比对产生一个或多个交错末端且指定的对比区域仅包括单个序列的情况下，单个序列的残基被包括在分母中，但不是计算的分子。当对比DNA和RNA时，可以认为胸腺嘧啶T和尿嘧啶U相同。可以手工地或通过使用计算机序列算法诸如BLAST或BLAST2.0确定同一性。除非另外指出，否则按重量计算所有百分比和比率。除非另外指出，否则基于总组合物计算所有百分比和比率。在本发明中给出的每个最大数字限制包括每个更低的数字限制，如同这样的更低数字限制明确地写在本文中。在本发明中给出的每个最小数字限制将包括每个更高的数字限制，如同这样的更高数字限制明确地写在本文中。在本发明中给出的每个数字范围将包括落在这样的更宽数字范围内的每个更狭窄的数字范围，如同这样的更狭窄的数字范围都明确地写在本文中。本文中公开的值不应当理解为严格限于列举的确切数值。相反，除非另外指出，否则每个这样的值意图指列举的值和围绕该值的在功能上等同的范围。例如，公开为“20μm”的值意图指“约20μm”。实施例实施例1:HLAI类制备和阵列组件人白细胞抗原HLA和β2微球蛋白b2m蛋白的起源：在大肠杆菌中克隆和表达HLA-A*02:01和b2m由RocheGlycartAGSchlieren,瑞士和RocheDiagnosticsGmbHPenzberg,德国提供。将来自UniProt数据库的HLA-A*11:01、HLA-B*07:02和HLA-C*07:02氨基酸序列截短以除去在C-端末端的铰链区域、跨膜区域和细胞质区域以及从N-端末端除去先导肽序列。使用大肠杆菌最佳密码子表将HLA-A*11:01、HLA-B*07:02和HLA-C*07:02蛋白的氨基酸序列反向翻译成DNA序列，合成为双链DNA，并通过DNA2.0www.dna20.com克隆进质粒DNA中。通过DNA2.0HLA-A*11:01或通过PenzbergHLA-B*07:02和HLA-C*07:02将蛋白以包涵体的形式在大肠杆菌中表达。在溶解之前将具有表达的蛋白的包涵体在-80℃储存。包涵体的溶解将100mg包涵体转移进2.0mlEppendorf试管中，重新悬浮在1ml50mMTris-HCl（pH7.8）、5mMEDTA、1%吐温20、2mMDTT中，并在2,000xg离心2min。将上清液除去，并通过涡旋使沉淀物松散。将沉淀物与1ml25mMTris-HCl（pH7.8）、2MNaCl、2M尿素、2mMDTT混合，并在4,000xg离心2min。将上清液除去，并通过涡旋使沉淀物松散。将沉淀物与1ml1XPBS、0.5mMPMSF混合，并在2,000xg离心2min。将上清液除去，并通过涡旋使沉淀物松散。将沉淀物溶解在1ml20mMTris-HCl（pH7.8）、8M尿素、100µMβ-巯基乙醇中，并在4℃储存过夜以完全溶解。假定1个A280单位=1mgml，通过在280nm的吸光度确定蛋白浓度。用12%NuPAGEBis-Tris凝胶和MES运行缓冲液Novex（用EZblueStainingReagentSigma染色）试验蛋白的纯度。HLAI类复合物制备和在阵列上的组件HLAb2m复合物制备.通常，在室温RT按指定的次序在20mMTris-HCl（pH7.8）、300µg的30mgml溶解的b2m和600µg的15-40mgml溶解的α-链中将630µl的10mMTris-HClpH8.5与20µl的10%BSA混合。对照样品不含有b2m蛋白。将混合的样品在4℃温育过夜并在12,000xg离心4min以除去沉淀物。使用2个大约400µl的样品负载将上清液用AmiconUltra10K过滤器Millipore浓缩，并在12,000xg离心各2min。如下将样品缓冲液用10mMTrispH8.5替换：将350µl10mMTris-HClpH8.8加入过滤器保留体积中，并通过在12,000xg离心4min进行浓缩。将缓冲液替换操作重复另外2次，每次使用350µl10mMTris-HClpH8.5。在最终的浓缩步骤以后，通过在1,000xg离心2min将保留体积大约100µl收集在新鲜试管中，穿过5.0µmUltrafree过滤器Millipore过滤，并在4℃储存。HLAI类在阵列上（on-array）复合物组件和检测.将合成和去保护以后的肽阵列载玻片在密闭容器中在-20℃储存或立即使用。在样品应用之前，将载玻片在1X结合缓冲液1%酪蛋白,10mMTrispH7.4,0.25%吐温20（含有0.7µgmlCy-5标记的抗生蛋白链菌素Amersham，应用阵列封闭和基准（fiducials）染色）中在室温温育1h，在水中冲洗，并使用配有载玻片支架的台式离心机通过30秒离心进行干燥。将制备的HLAI类样品不经任何额外处理或稀释加载进附接至肽阵列表面的温育室。在室温温育过夜以后，除去温育室，将阵列在水中冲洗，并将HLA复合物用抗-HLA-A,B,C构象抗体Alexa647-MEM123Novus，在1X结合缓冲液中稀释300倍在室温染色1h。染色以后，将阵列在水中冲洗，干燥，并在635nm扫描。影响在阵列上肽HLA复合物组件的参数：成功的肽HLAb2m组件的影响参数：关于本实施例，发现BSA的最佳浓度是加入HLAb2m混合物中的2-3%。在没有BSA的情况下，没有观察到复合物形成。关于本实施例，发现用于复合物制备的最佳HLA与b2m摩尔摩尔比是在1:1和1:2之间。在HLAb2m混合物制备的过程中，在从8M尿素原液稀释过程中，HLA-B*07:02和HLA-C*07:02蛋白形成沉淀物。该效应是pH依赖性的，且可以使用10mMTris-HCl（pH8.5）缓冲液最小化。复合物组装强度信号与HLAb2m浓度成比例。对于最佳浓度，应当考虑2个因素：首先，增加HLAb2m浓度会增加特异性的和非特异性的信号背景；和，其次，HLA等位基因具有信号对HLAb2m浓度的不同依赖性。这意味着，应当为每种等位基因独立地发现最佳浓度。在“HLAb2m复合物制备”部分中描述的条件可以用作模板进行优化。为两个步骤推荐至少过夜温育：HLAb2m复合物制备和在阵列上的肽HLAb2m复合物组件。为了优化用于将肽附接于载玻片表面的接头，在1-5的5种不同长度试验了3种不同的接头己酸、PEG和3:1比例的GS氨基酸混合物。使用信号背景比率作为度量，发现由3个己酸分子组成的接头是最佳的。此外，具体地，如果表面具有净正电荷，可以将接头优化以包括至少一个负单体。例如，接头可以包括至少一个带负电荷的氨基酸。检测HLAb2m复合物的构象抗体Cy5-标记的W632NBP2-00439或Alexa647-标记的MEM123NB500-505AF647（二者来自NovusBiological）可以用于检测在肽阵列上组装的HLAb2m，分别在1:100和1:300的最佳抗体稀释倍数。对肽HLAb2m组件具有最小或负面效应的参数：在文献中报告了几种试剂对于有效的肽HLAb2m复合物组件而言是重要的。它们包括0.4ML-精氨酸、0.25%吡喃葡萄糖苷、5mM还原的L-谷胱甘肽0.5mM氧化的L-谷胱甘肽、辅助肽诸如L-GL二肽和低亲和力肽。发现这些试剂对在肽阵列上的HLAb2m复合物组件具有最小作用或具有抑制作用。试验了其它参数，包括在5.5-8.5范围内的pH、20mM至1MNaCl或KCl、1mMMgCl2或CaCl2、0.1%酪蛋白、60mM尿素，并发现对在肽阵列上的HLAb2m复合物组件具有最小作用或具有抑制作用。针对组装的HLAb2m复合物的检测试验了几种其它抗体：抗-b2m、抗-HLAMEM81、MEM147和BB7.2。除了BB7.2以外，所有这些抗体表现出与w632和MEM123抗体相比的低信号或高背景，所述BB7.2表现出好信号背景比率，但是因为它的HLA-A限制和不能检测HLA-B和HLA-C等位基因而没有用在该研究中。实施例2:MHCI表面阵列设计集合112-丛布局分批的9聚体肽123,675种肽:以1个氨基酸步长瓦式重叠以代表5种对照蛋白的9-聚体肽;NY-ES01,WT1,MAGE3,MAGE4,FOXP3;3种不同的接头类型PEG8,6-氨基己酸,Gly:SER4:1混合物,和5种不同的接头长度。表1:UNIPROTID蛋白长度名称接头类型接头长度重复总计P78358180NY-ES0135513555P19544449WT135533675P43358317MAGE435523775P43357314MAGE335523550Q9BZS1431FOXP335532325优化pMHC形式和检测的初步实验设计涉及5种已知的癌症蛋白、3种不同的肽接头类型和5种不同的接头长度1-5个重复单体。集合212-丛布局：2种来自威尔曼瘤的肽和1种其它肽。也被称作肾母细胞瘤，威尔曼瘤是罕见的肾癌。单氨基酸置换分析40,500种肽:合成了3种充分研究的对照肽，可得到其对应的抗体，且其可以识别结合MHCI的肽。所述抗体具有纳摩尔结合亲合力，且因此预见到，所述抗体将特异性地结合肽-MHCI复合物。对于9-聚体肽中的每个位置，通过置换所有20种氨基酸来合成20种肽。对于9聚体，需要20*9=180种肽来执行完整的单氨基酸置换分析。还包括3种不同的肽接头类型PEG8,6-氨基己酸,Gly:SER4:1混合物和5种不同的接头长度将接头长度定义为每种接头单体的合成循环的数目，12345。用每种接头类型和长度以5个重复试验每种肽。集合1和2的在优化下的变量对于集合1和2，在表面上的pMHC复合物形成是成功的。关于集合1，将用pCy5标记的抗体W632NovusBiosciences加给表面以结合任何适当地组装的pMHC复合物。在图1的顶图上，每个峰是一种单独的pMHC复合物。一些复合物已经在文献中报道，而其它尚未报道。大多数复合物具有在第二个位置处的亮氨酸位置2和8被视作锚位置。图1底图是仅HLAα亚基无“b2m”或β亚基阴性对照。实施例3:免疫优势肽的鉴别和与NetMHC3.4的对比本发明的组合物和方法可以用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的那些肽。因为本发明的组合物可以同时包含至少106种针对表面的独特肽，任何目标抗原可以呈现例如与表面上的MHCI复合物结合的9氨基酸序列的每种排列。在单个高多路化的实验中，使用特异性地识别完整地且适当地组装的肽-MHCI复合物的任何抗体，容易地鉴别在体内呈递的那些肽。在相同实验中，可以将一种或多种T-细胞引入至表面以确定在适当地组装的肽-MHCI复合物中所含的哪种肽刺激所述T-细胞中的一种或多种。基于这2个单独的标准肽形成适当的肽-MHC复合物和刺激T-细胞（可以在单个实验中为至少106种独特肽确定它们二者），本发明的组合物和方法提供了用于在体外鉴别如果它们被体内MHC呈递的话将具有免疫优势的那些肽的优良方式。将本发明的组合物和方法的效力与用于预测免疫优势肽的计算机算法NetMHC3.4（它是当前工业标准方法）的效力进行了对比。图2提供的图描绘了多个WT1肽，每个具有9个氨基酸长度，且每个具有沿着WT1蛋白的野生型序列的独特序列，组构成象限，这基于当结合本发明的表面上的MHCI并用标记的抗体检测时它们的信号强度，或基于它们的预测的结合亲和力，如通过NetMHC3.4估计的。特异性地识别完全组装的MHCI复合物的任何抗体可以用于鉴别被体内MHCI呈递的那些肽。在绘图的440种肽中，NetMHC3.4将433种肽鉴别为具有因为太低而不能结合MHCI的亲和力，且相反，将仅7种肽鉴别为具有结合MHCI的理论能力。明显不同的是，本发明的组合物和方法鉴别出18种实际上结合MHCI的肽，包括13种已经被NetMHC3.4算法抛弃的肽右上象限。图3强调了左上象限。左上象限代表根据本发明的组合物和方法具有经证实的结合MHCI的能力的那些肽，其当使用鉴别免疫优势肽的当前工业标准方法NetMHC分析时，已经被所示算法预测以足够的亲和力结合MHCI。特别重要的是突出显示的肽，在本文中被称作WT1肽126。图4强调了右上象限。右上象限代表根据本发明的组合物和方法具有经证实的结合MHCI的能力的那些肽，其当使用鉴别免疫优势肽的当前工业标准方法NetMHC分析时，已经被所示算法抛弃，因为在理论上不能以足够的亲和力结合MHCI。换而言之，本发明的组合物和方法经验地验证了13种肽，其当使用单独的NetMHC程序分析时，已经成为假阴性。图5强调了左下象限。左下象限代表当使用鉴别免疫优势肽的当前工业标准方法NetMHC分析时，已经被预测以足够的亲和力结合MHCI的那些肽，但是当使用本发明的组合物和方法试验时，被经验地证实不会形成完全组装的肽-MHCI复合物。换而言之，本发明的组合物和方法经验地鉴别出2种肽，其当使用单独的NetMHC程序分析时，已经成为假阳性。因为MHC组分的多样性和与MHC形成复合物的肽的几乎无限可能序列，对高度多路化的系统存在长期感觉到的且未得到满足的需要，所述系统可以重演ER的环境并且经验地和快速地确定哪些MHC组分可以与可利用的肽的庞大阵列形成复合物，且随后确定那些肽-MHC复合物中的哪些刺激免疫系统例如T-细胞。该复杂系统的计算机建模已经是不够的，因为如在本发明中所示，使用现有的算法没有预测许多实际上形成的肽-MHC复合物会组装。相反，一些预测会组装的肽-MHC复合物已经被在本发明中呈现的研究证实形成不稳定的复合物。为了进一步证实本发明的高度多路化的和基于经验的方法的效力，图7和8提供了“RMFPNAPYL”SEQIDNO:7变体的序列分析，ESK1可以以变化的亲和力结合所述变体。因为在表面上的肽阵列是空间上有序的，立即获知每种肽的序列。将9氨基酸肽的每个氨基酸置换成20种可能氨基酸中的每一种以鉴别在该肽内形成适当肽-MHCI复合物所必需的那些位置。图8用它们的单氨基酸字母代码在一行中显示了所有20种氨基酸，通过特征分组：AFILMVWPGSYCQTNRKHDE。氨基酸A、F、I、L、M、V、W和P是非极性氨基酸。氨基酸G、S、Y、C、Q、T、N是极性氨基酸。氨基酸R、K和H是碱性氨基酸。氨基酸D和E是酸性氨基酸。实施例4:具有带负电荷的单体的接头以前针对与阵列表面的肽连接评价了许多接头以优化组件的表面上的肽-MHC组件。从该研究，在用HLA特异性抗体检测pMHC复合物以后，基于最高信号和低背景的标准选择由3-5个HEX部分每个部分包含6-氨基己酸组成的接头作为优选的接头。继续研究已经涉及使用充分表征的HLA2-特异性肽的阵列实验，所述肽不仅作为强HLA2结合剂，而且作为具有强免疫原性效应的生物学相关肽。使用这些肽中的15种作为阳性‘黄金标准’对照，使用优选的HEX接头发现这些肽中仅7种表现出在本发明的表面上的pMHC复合物形成。描绘所有20种氨基酸和在对照肽的每个位置处的缺失对pMHC形成的影响的置换图的分析揭示了带负电荷的氨基酸天冬氨酸盐D和谷氨酸盐E在7种HLA2结合肽中的一些的多个位置处的偏好。尽管不希望受理论约束，所述表面可能具有多余的正电荷，且在所述肽上的优选负电荷可能起电荷补偿作用。为了研究电荷的作用，将具有下列负电荷和正电荷的不同接头引入本发明的组合物：1.表面-5HEX-肽2.表面-HEX-E-3HEX-肽3.表面-HEX-D-3HEX-肽4.表面-HEX-K-3HEX-肽5.表面-2HEX-E-HEX-肽6.表面-3HEX-GluB-肽GluB=通过侧链连接的叔丁基保护的谷氨酸。接头1含有5个己酸（hexanoic）HEX部分。接头2-4分别具有带负电荷的部分谷氨酸盐E或天冬氨酸盐D或带正电荷的赖氨酸K，被3个HEX部分从所述肽分离。接头5类似于接头2，但是仅具有一个在E和所述肽之间的HEX。接头6是另一种带负电荷的接头，其具有3个与氨基酸类似物GluB的侧链连接的HEX部分，所述氨基酸类似物GluB具有携带负电荷的游离羧基。15种对照肽的肽-MHC组件形成的分析表明附接负电荷接头的肽的改进结合，所述肽允许检测11种肽，与此相比，单独HEX接头会检测7种肽。所述改进对于具有GluB氨基酸的接头6是不太显著的。相反，带正电荷的接头4的应用将可检测肽的数目从7减小至5。图10A和10B证实了当使用掺入至少一个带负电荷的单体（在该情况下其为天冬氨酸盐D）的接头时从肽-MHC组件观察到的增加的信号强度。在图10B中试验的接头对应于上面的接头3。

权利要求：1.一种组合物，其包含至少一种含有肽和主要组织相容性复合物MHC的组件，其中所述肽是所述MHC的组成组分，其中所述肽在它的C-端处通过接头附接于表面，且其中所述肽在所述表面上合成。2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述至少一种组件是多种组件。3.根据权利要求1-2中的任一项所述的组合物，其中所述MHC包含载体分子，所述载体分子优选地是牛血清白蛋白BSA。4.根据权利要求1-3中的任一项所述的组合物，其中所述MHC由人白细胞抗原HLA基因编码，且其中所述MHC的α-链被截短。5.根据权利要求3所述的组合物，其中所述α-链不包括跨膜区域或细胞质区域。6.根据权利要求4-5所述的组合物，其中所述α-链不包括铰链区域。7.根据权利要求4-5所述的组合物，其中所述α-链包含α1结构域、α2结构域和α3结构域。8.制备根据权利要求1-7中的任一项所述的组合物的方法，所述方法包括在适合产生至少一种肽-MHC组件的条件下接触包含至少一种肽和一种MHC组合物的表面，其中所述肽是所述MHC的组成组分，其中所述肽在它的C-端处通过接头附接于表面，且其中所述肽在所述表面上合成。9.根据权利要求8所述的方法，其中，在接触表面之前，通过包括下述步骤的方法生产所述MHC组合物：a将所述MHC组合物在4℃温育过夜，b将沉淀物与所述MHC组合物分离，和c收集不含沉淀物的MHC组合物用于接触所述表面。10.根据权利要求1-7中的任一项所述的组合物用于鉴别当在体内由MHC呈递时具有免疫优势的一种或多种肽抗原的用途。11.根据权利要求10所述的用途，其中所述肽抗原是癌症抗原。12.一种疫苗，其包含根据权利要求10或11所述的癌症抗原。13.根据权利要求10或11所述的癌症抗原、与所述癌症抗原互补的序列、特异性地结合所述癌症抗原的抗体或特异性地结合所述癌症抗原的嵌合抗原受体用于制备药物的用途，所述药物用于增强或诱导免疫应答。14.根据权利要求1-7中的任一项所述的组合物用于鉴别由所述组合物的至少一种肽刺激的至少一种T-细胞的用途，其包括a使所述至少一种T-细胞和所述组合物接触，b检测在活化后从所述至少一种T-细胞分泌的至少一种分子，和c将所述至少一种T-细胞成像。

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