申请/专利权人：中国农业大学

申请日：2020-07-29

公开（公告）日：2024-04-02

公开（公告）号：CN111798922B

主分类号：G16B20/20

分类号：G16B20/20;G16B20/30;G16B30/10;G06F18/214;G06N7/01

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.02#授权;2020.11.06#实质审查的生效;2020.10.20#公开

摘要：本发明公开了基于重测序数据中多态性位点密度鉴定小麦育种的基因组选择利用区间的方法。该方法包括提取待鉴定作物材料基因组DNA并进行全基因组重测序；质控重测序数据并将其比对到作物参考基因组上得到DNA序列比对文件；分别过滤鉴定待鉴定作物材料得到待鉴定作物材料与作物参考基因组相比的排除CNV变异区间的SNP变异位点；计算所述得到的待鉴定作物材料SNP变异位点之间的差异SNP变异位点的密度分布；根据密度分布拟合得到混合正态分布后根据分布边界确定阈值，得到待鉴定作物材料之间的SNP多态性热点区间和SNP低频变异区间。本发明可用于确定不同品种间的遗传差异，从基因组水平对种质资源的相似性进行评估。

主权项：1.一种鉴定作物育种材料间基因组选择利用区间和或SNP多态性热点区间的方法，包括如下步骤：A1提取待鉴定作物材料基因组DNA并进行全基因组重测序获得待鉴定作物重测序数据；A2分别过滤名称为材料A和材料B的两个待鉴定作物材料重测序数据以对其进行质量控制，并将其分别比对到作物参考基因组上，得到名称为文件A的材料A基因组与所述作物参考基因组的DNA序列比对文件，和名称为文件B的材料B基因组与所述作物参考基因组的DNA序列比对文件；A3对所述文件A进行过滤，得到材料A与所述作物参考基因组相比存在的SNP变异位点和CNV变异区间，然后将所述CNV变异区间中存在的SNP变异位点去除，得到材料A基因组与所述作物参考基因组相比存在的排除CNV变异区间的SNP变异位点，将该SNP变异位点称为A-参考SNP变异位点；和对所述文件B进行过滤，得到材料B与所述作物参考基因组相比存在的SNP变异位点和CNV变异区间，然后将所述CNV变异区间中存在的SNP变异位点去除，得到材料B基因组与所述作物参考基因组相比存在的排除CNV变异区间的SNP变异位点，将该SNP变异位点称为B-参考SNP变异位点；A4将所述A-参考SNP变异位点和B-参考SNP变异位点进行比较得到二者之间的差异SNP变异位点，计算所述差异SNP变异位点在待鉴定作物参考基因组上的密度分布；A5根据所述密度分布拟合得到正态分布后根据边界确定阈值，并使用所述阈值对正态分布进行分割，得到材料A和材料B之间的SNP多态性热点区间和SNP低频变异区间；所述材料A和材料B之间的SNP多态性热点区间即为材料A和材料B之间的基因组差异区间，所述材料A和材料B之间的SNP低频变异区间即为材料A和材料B之间的基因组相似区间或育种利用区间。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国农业大学 基于重测序数据中多态性位点密度鉴定小麦育种的基因组选择利用区间的方法

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