申请/专利权人：北京林业大学

申请日：2023-08-29

公开（公告）日：2024-04-23

公开（公告）号：CN117095748B

主分类号：G16B25/10

分类号：G16B25/10;G16B20/20

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.23#授权;2023.12.08#实质审查的生效;2023.11.21#公开

摘要：本发明提供了一种构建植物miRNA遗传调控通路的方法，涉及分子遗传学领域。本发明了一种构建植物miRNA遗传调控通路的方法，可准确、快速、高效地鉴定miRNA上游调控转录因子与下游调控靶基因，是对先前仅开展miRNA下游靶基因研究的有效补充，对解析植物复杂性状的遗传调控通路提供了重要的技术参考。采用本发明提供的方法，得出毛白杨miR393a的上游转录因子与下游靶基因，构建了miR393a影响木材组织相关性状的遗传调控通路。

主权项：1.一种构建植物miRNA遗传调控通路的方法，其特征在于，包括以下步骤：1获得特定植物物种miRNA的初级转录本序列，并划分其所包含的miRNA前体序列与成熟miRNA序列；2预测miRNA的潜在靶基因，其中，利用psRNATarget在线网站预测miRNA的潜在靶基因，设置Expectation值为3，其它参数设定为默认参数3获得待测miRNA及其预测的潜在靶基因在特定植物物种种质资源群体的表达量数据；4计算步骤3中miRNA群体表达量与预测的潜在靶基因群体表达量间的皮尔森相关性系数r，鉴定与miRNA表达水平高度负相关的候选靶基因；鉴定候选靶基因的条件包括：相关性系数r＜-0.6；5基于miRNA初级转录本序列，定义其前2000bp为miRNA启动子区域，预测与miRNA启动子顺式作用元件结合的潜在上游转录因子；6获得步骤5中潜在上游转录因子在特定植物物种种质资源群体的表达量数据，计算上游潜在转录因子与miRNA在群体中的表达相关性，鉴定与miRNA表达水平高度相关的上游候选转录因子；所述鉴定的条件包括：相关性系数r＜-0.6或r＞0.6；所述步骤3与6中获取待测miRNA、潜在靶基因与潜在转录因子表达量在同一植物组织或器官；7获取miRNA前体、候选转录因子与候选靶基因在特定植物种质资源群体中的SNP基因型数据；8基于数量性状表达定位策略，将所述步骤7中的候选转录因子的群体SNP基因型数据与待测miRNA的群体表达量数据进行关联分析，确定与miRNA表达量显著关联的转录因子内SNP，认定该转录因子为miRNA上游调控转录因子；所述确定的条件包括：候选转录因子内任一SNP与miRNA的表达水平显著关联；9将所述步骤S7中的miRNA前体序列的SNP数据与候选靶基因的群体表达水平开展关联分析，确定与候选靶基因群体表达水平显著关联的miRNA前体序列内的SNP，认定该靶基因为miRNA下游调控靶基因；所述确定的条件包括：待测miRNA前提序列内任一SNP与候选靶基因的表达水平显著关联；10综合步骤8与9，确定特定植物待测miRNA的上游转录因子与下游靶基因，确定待测miRNA的遗传调控通路；所述步骤5中预测上游潜在转录因子的方法包括PlantRegMap在线预测工具，参数与筛选标准依软件而定；所述步骤3～6中所述基因表达量数据为与该miRNA遗传调控通路发挥功能相关的植物组织或器官的表达量。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 北京林业大学 一种构建植物miRNA遗传调控通路的方法

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