申请/专利权人：上海欧易生物医学科技有限公司

申请日：2024-01-12

公开（公告）日：2024-04-16

公开（公告）号：CN117894381A

主分类号：G16B50/00

分类号：G16B50/00;G16B30/00;G06F16/28;G06F9/50;H04L67/06;H04L43/04;H04L43/08;H04L43/00

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.03#实质审查的生效;2024.04.16#公开

摘要：本发明公开了一种快速批量可自动下载高通量测序数据的方法，所述方法基于snakemake语言和MySQL数据库，具体包括如下步骤：流程触发；抓取流程中的样本信息；上传样本信息至MySQL数据库；自动下载数据库中标记为wait的样本；修改数据库中下载开始后的样本状态；下载完毕后将样本信息同步至MySQL数据库；修改下载完成的样本在数据库状态；发送下载的汇总邮件；删除已完工项目的样本数据。本发明所述方法能够对样本进行批量信息同步以及下载，整个过程无需人为介入，能够自动触发中间的各个环节。处理过程中会自动将样本数据的下载汇总信息及时发送给监控人，保证所有操作步骤可溯源，并且借助MySQL数据库方便各类信息查询。本发明还公开了实现上述方法的系统以及应用。

主权项：1.一种基于snakemake语言和MySQL数据库快速批量可自动下载高通量测序数据的方法，其特征在于，所述方法具体包括如下步骤：步骤一、第一次启动python脚本立即检索第一次启动开始时间至前4个小时内流程中录入样本下机数据库中的下机样本信息，同时记录第一次启动开始时间t0；步骤二、使用python脚本抓取步骤一中获得的下机样本信息，将所述下机样本信息实例化为项目，以项目为单位，获取对应的项目类型，多个节点实时的cpu及mem信息，判断后续进行下载分析的节点路径；步骤三、将步骤二中抓取的样本信息整理成固定表格的形式，使用python连接MySQL数据库，并将整理好的样本信息以表格的形式上传到MySQL数据库中，并标记下载状态为等待下载wait；步骤四、预设的自动下载任务以固定时间间隔扫描一次数据库，当扫描到MySQL数据库中的样本信息为wait时，则自动触发该样本的自动下载；步骤五、在触发样本下载的同时python脚本将数据库中已触发下载的样本的下载状态修改为run；步骤六、样本的高通量测序数据下载任务完成后python脚本连接MySQL数据库并将该样本的下载状态改为done，并等待触发后续的分析；步骤七、当流程中的所有样本都下载完成后，python脚本自动的将本次样本下载的状态汇总邮件发给任务监控人；步骤八、一次步骤二至步骤七的循环结束后，暂停30秒启动下一次循环，下一循环的起始时间为tn，读取上一次的启动开始时间tn-1，查询tn-1至tn时间内录入样本下机数据库中的下机样本信息，若该时间段无新录入信息，则不记录tn，若该时间段内有新录入数据，则更新tn-1为tn，以此类推。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 上海欧易生物医学科技有限公司 一种快速批量可自动下载高通量测序数据的方法、数据下载系统及应用

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