申请/专利权人：南通大学;江苏泽瑞环境科技有限公司;巴基斯坦核农业与生物研究所

申请日：2024-01-23

公开（公告）日：2024-04-26

公开（公告）号：CN117935912A

主分类号：G16B20/30

分类号：G16B20/30;C12Q1/6895;G16B30/10;G16B50/10;G16B40/00

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.14#实质审查的生效;2024.04.26#公开

摘要：本发明公开了一种基于家族分析的棉花耐盐基因鉴定方法及其应用，属于基因鉴定技术领域；本发明进行ALDH基因家族全基因组鉴定与分析，在三个棉属，即陆地棉Gossypiumhirsutum、亚洲棉Gossypiumarboreum和雷蒙德棉Gossypiumraimondii中共鉴定到114个ALDH家族成员；本发明通过进化分析，ALDH基因家族被分为六个亚组，同一亚组中的ALDH基因表现出相似的基因结构和保守基序，但也有一些基因显示出显著差异，可能会导致功能差异；本发明通过染色体位置分析和选择性压力分析，ALDH基因家族经历了许多片段重复事件并且顺式作用元件分析表明，该基因家族可能参与各种生物和非生物胁迫响应。

主权项：1.一种基于家族分析的棉花耐盐基因鉴定方法，其特征在于：所述鉴定方法包括如下步骤：1棉花中ALDH基因家族成员的鉴定和进化分析：从PhytozomeV13数据库下载四倍体棉花陆地棉和二倍体祖先雷蒙德氏棉的基因组数据；亚洲棉的基因组和蛋白质序列从CottonFGD基因组数据库获取，使用Pfam数据库搜索ALDH基因家族的Pfam编号，并下载了ALDH基因家族的隐马尔可夫模型；在三个棉花物种的蛋白质文件中，使用HMMER3.0软件和比对程序搜索包含ALDH蛋白质结构域的序列；E值设置为e-20以筛选候选蛋白序列；候选蛋白序列被上传到SMART数据库、Pfam数据库和NCBI数据库的CDD搜索以进行再次鉴定；通过ExPASy软件分析三个棉花物种ALDH基因家族所有成员的氨基酸序列，并计算了氨基酸长度和等电点；使用MEGA7软件通过多序列比对获得的序列用邻接法构建系统发育树；2ALDH基因家族的进化选择压力分析：构建用于G.hirsutum基因组基因序列的本地索引，通过程序将整个CDS数据与Blastp进行比对，设置E值为e-20以获得G.hirsutum基因组比对结果；使用Calculator2.0计算棉花中ALDH基因的同义替代率和非同义替代率；3ALDH基因家族的染色体定位分析：从三种不同的棉花基因注释文件中获得ALDH基因在染色体上的位置信息，然后使用软件绘制了基因染色体位置图；4对三种棉种ALDH家族基因结构和保守基序的分析：使用网站分析ALDH家族成员的保守基序；分析ALDH基因的结构信息，提取ALDH基因在染色体上的外显子、CDS、3'UTR和5'UTR位置信息；然后，分析ALDH基因家族的结构信息，并使用在线网站GSDS绘制基因结构图；最后，使用TBtools软件将ALDH系统发育树、基因结构和保守基序的图片进行整合和可视化；5顺式作用元件分析：从G.hirsutum基因组文件中获取启动子上游的启动子序列，分析基因的顺式作用元件；使用PlantCARE数据库对这些基因的顺式作用元件进行鉴定和分析，然后使用GSDS在线网站绘制图片；6ALDH基因家族的共线性分析：比较所有ALDH蛋白质的序列，使用软件确定和分析棉花基因组中ALDH蛋白质的重复性和同源性。

全文数据：

权利要求：

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