龙图腾网&IPTOP
- 微信扫码登录
- 账号密码登录
- 短信登录/注册
申请/专利权人：武汉贝纳科技有限公司
申请日：2022-11-14
公开（公告）日：2024-04-26
公开（公告）号：CN115678967B
主分类号：C12Q1/6811
分类号：C12Q1/6811;G16B25/20;G16B30/10;G16B30/20
优先权：
专利状态码：有效-授权
法律状态：2024.04.26#授权;2023.07.04#实质审查的生效;2023.02.03#公开
摘要：本发明公开了一种微生物多重PCR靶向扩增引物池的设计方法，针对于大量微生物的靶向PCR扩增，寻找对应物种在种水平的特异性片段，并设计一定数量的特异性引物对，再基于二元罚分矩阵与碱基相互吉布斯自由能计算的二聚体评分机制方法，设计多重PCR靶向扩增引物池。解决了单重靶向病原微生物扩增假阳性较高，速度较慢的问题。可以高效的设计出多重PCR引物池，提高在复杂的样品中大量微生物同时靶向扩增的效率。
主权项：1.一种微生物多重PCR靶向扩增引物池的设计方法，其特征在于，包括如下步骤：筛选微生物物种的特异性序列集；针对每个物种特异性序列分别设计引物对；各物种引物对进行自我二聚体测试筛选出若干引物对；对物种自定义排序，按排序先后向引物池添加单个物种至少一对引物，在后添加的每一对引物均与在先添加的引物对进行异源二聚体测试，至引物池中每个物种均有两对以上的引物，得到多重PCR靶向扩增引物池；所述自我二聚体测试筛选方法为：将上游引物的一端的碱基与下游引物一端的碱基进行相向重叠，上游引物和下游引物之间以一个碱基步长进行相对位移，得到碱基重叠区域群；对每段碱基重叠区域，按以下原则进行打分：重叠区域中比对上的碱基数目为c，重叠区域中从第一个比对上的碱基开始到最后一个比对上的碱基结束，该碱基数目记为d，碱基重叠区域最终得分S=mc-2d，碱基重叠区域群中最高得分S作为Smax，若Smax≤p，则自我二聚体测试通过；反之，则自我二聚体测试未通过；m为1~10，p为1-50；所述异源二聚体测试筛选方法为：将一条引物的一端的碱基与另一条引物一端的碱基进行相向重叠，两条引物之间以一个碱基步长进行相对位移，得到碱基重叠区域群；对每段碱基重叠区域作为G值计算区，根据相邻核苷酸热力学表打分求和，取低于G值阈值的序列；所述微生物包括人葡萄球菌、屎肠球菌、脑膜炎奈瑟氏菌、沃氏葡萄球菌与光滑念珠菌；所述引物池包括如SEQIDNO：1-30所示的核苷酸序列。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 武汉贝纳科技有限公司 一种微生物多重PCR靶向扩增引物池的设计方法
免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。
主营中国专利交易买卖与专利转让许可,高校科技成果推广与科技成果转化,知识产权运营管理与平台开发,科技人才专家库与科技猎头等科技服务
开放平台
担保交易
惠及多方
会员特惠
专属平台
适合多方
数据共享
功能齐全
皖公网安备 34010402703815号