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申请/专利权人：西南大学
申请日：2023-03-24
公开（公告）日：2024-04-30
公开（公告）号：CN116463445B
主分类号：C12Q1/6895
分类号：C12Q1/6895;C12Q1/6837;C12Q1/6869;C40B40/06;C12N15/11
优先权：
专利状态码：有效-授权
法律状态：2024.04.30#授权;2023.08.08#实质审查的生效;2023.07.21#公开
摘要：本发明公开了一种柑橘全基因组40K液相芯片及应用，包括柑橘40K位点探针混合液和杂交捕获试剂，所述柑橘40K位点探针混合液包括40323个柑橘SNP背景位点探针和5355个柑橘SNP关联位点探针，每个位点至少2根捕获探针；可以应用于柑橘遗传多样性分析、分子遗传图谱构建、全基因组关联分析、品种真实性鉴定、分子标记辅助选择育种以及全基因组选择育种中。
主权项：1.一种柑橘全基因组40K液相芯片，其特征在于，包括柑橘40K位点探针混合液和杂交捕获试剂，所述柑橘40K位点探针混合液由柑橘SNP背景位点探针和柑橘SNP关联位点探针组成，每个位点至少2根捕获探针；柑橘参考基因组的基因组版本为SWO.v3.0.genome.fa；所述柑橘SNP背景位点中核心位点的信息如下表所示； 所述柑橘SNP关联位点信息如下表所示； 表中下划线前面的数值为染色体的编号，下划线后面的数值为该染色体上的位点；柑橘全基因组40K位点探针的设计过程为：1探针长度110bp、探针GC含量在30％～70％之间、同源性区域个数≤5，选取区域最大限度地不包含SSR和GAP区域；2根据筛选获得的SNP位点设计两条有60％～70％重叠且覆盖SNP位点的核苷酸序列；3根据设计的核苷酸序列进行单链核苷酸合成，合成的两条单链核苷酸的长度均为110bp，两条单链核苷酸的5’端均带有生物素基团修饰的DNA核苷酸序列称为柑橘全基因组40K位点探针；4将上述两条合成后的柑橘全基因组40K位点探针进行等摩尔质量混合，利用EDTA和TrisHCl混合液定容为3pmolmL的柑橘全基因组40K位点探针混合液。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 西南大学 一种柑橘全基因组40K液相芯片及应用
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