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检测蛋白质DNA结合位点的方法 

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申请/专利权人:深圳华大生命科学研究院

摘要:本发明提出了检测蛋白质DNA结合位点的方法。包括:将DNA片段库进行测序;去除测序后的DNA片段库中的新生链;以DNA片段库的DNA片段为模板,将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在测序接头的3’端,将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位;记录聚合反应后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度;将目标蛋白与所述聚合反应后的DNA片段库进行杂交,所述目标蛋白具有荧光修饰;记录杂交后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度;基于杂交后的DNA片段库中的荧光点与聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度或荧光种类的差异,确定目标蛋白质DNA结合位点。

主权项:1.一种检测蛋白质DNA结合位点的方法,其特征在于,包括:将DNA片段库进行测序,以便获得DNA片段库的DNA序列,所述DNA片段库的DNA片段在测序接头互补位后的序列是随机的,所述DNA片段库中的DNA片段预先与所述测序接头互补配对结合;去除测序后的DNA片段库中的新生链;以DNA片段库的DNA片段为模板,再将测序接头与所述模板进行第二互补配对结合,将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在测序接头的3’端,将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位;记录聚合反应后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度;将目标蛋白与所述聚合反应后的DNA片段库进行杂交,所述目标蛋白具有荧光修饰;记录杂交后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度;基于杂交后的DNA片段库中的荧光点与聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度或荧光种类的差异,确定目标蛋白质DNA结合位点;其中,当所述带有荧光标记的dNTP的荧光与带有荧光修饰的目标蛋白的荧光相同,所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光强度强于聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度,是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示;当所述带有荧光标记的dNTP的荧光与带有荧光修饰的目标蛋白的荧光不同,所述杂交后的DNA片段库中的荧光点的荧光不同于聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光,是杂交后的DNA片段库中的荧光点为目标蛋白质DNA结合位点的指示;将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在测序接头的3’端是通过35~45个循环的DNA聚合反应实现的;将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位是通过一个循环的DNA聚合反应实现的。

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权利要求:

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