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申请/专利权人：北京百奥智汇科技有限公司
申请日：2021-06-10
公开（公告）日：2024-05-17
公开（公告）号：CN113380341B
主分类号：G16C20/50
分类号：G16C20/50;G16C20/30;G16B25/10;G16B30/10;G16B5/00
优先权：
专利状态码：有效-授权
法律状态：2024.05.17#授权;2021.09.28#实质审查的生效;2021.09.10#公开
摘要：本发明提供了一种药物靶标毒性预测模型的构建方法及其应用。所述构建方法包括：收集整理细胞系的CRISPRCas9敲除实验数据，确定细胞和基因之间的依赖关系，获得基因依赖性数据；收集整理细胞系基因表达谱数据，模拟靶基因抑制后其下游基因的改变情况，并结合携带标签的基因依赖性数据得到任意基因扰动后改变的基因表达谱数据，所得数据输入分类器模型进行训练，交叉验证后得到所述药物靶标毒性预测模型。所述构建方法结合基因调控网络，能够模拟生成十万数量级的基因表达谱与细胞存活与否的数据，还能进一步结合单细胞数据对不同组织的不同细胞类型进行毒性预测，为药物靶标的开发和药物设计提供更有效的依据。
主权项：1.一种药物靶标毒性预测模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括如下步骤：收集整理细胞系的CRISPRCas9敲除实验数据，根据所述CRISPRCas9敲除实验数据确定细胞和基因之间为依赖关系或非依赖关系，并添加标签，获得基因依赖性数据；收集整理细胞系基因表达谱数据，模拟靶基因抑制后其下游基因的改变情况，并结合携带标签的基因依赖性数据得到任意基因扰动后改变的基因表达谱数据；所述基因表达谱数据涉及的基因和所述基因依赖性数据涉及的基因一致；所述构建方法中利用ARACNe算法和TCGA数据生成的R软件包获得ARACNe基因调控网络数据，所述ARACNe基因调控网络数据用于模拟靶基因抑制后其下游基因的改变情况，获取任意基因扰动后改变的基因表达谱数据；将所述任意基因扰动后改变的基因表达谱数据随机分为训练集和测试集，所述训练集输入分类器模型进行训练，所述测试集用于测试所得模型，交叉验证后得到所述药物靶标毒性预测模型。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 北京百奥智汇科技有限公司 一种药物靶标毒性预测模型的构建方法及其应用
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