龙图腾网&IPTOP
- 微信扫码登录
- 账号密码登录
- 短信登录/注册
申请/专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日：2020-09-10
公开（公告）日：2024-05-17
公开（公告）号：CN114171121B
主分类号：G16B30/10
分类号：G16B30/10
优先权：
专利状态码：有效-授权
法律状态：2024.05.17#授权;2022.03.29#实质审查的生效;2022.03.11#公开
摘要：本发明公开了一种mRNA5’3’末端差异的快速检测方法。所述方法先利用HISAT2将对照组与实验组测得的read比对到GRCh38参考序列上，通过序列注释信息，选取基因间区的片段进行后续分析，然后利用read间的重叠序列，将read逐一组装在一起，形成基因的5’或3’延长序列，之后根据基因的mRNA5’或3’延长序列，形成同种型转录本，比较实验组与对照组，如果满足实验组的长度长于对照组的长度200nt以上且FPKM实验组FPKM对照组的比值大于等于2的条件，则提取实验组相对于对照组特有的转录本，作为下游分析数据。本发明有效解决了现有mRNA片段组装的错误问题，提高了差异分析的可信性，实现了对实验组特定转录本的快速查找，使转录组数据进一步反应了研究对象的客观真实性。
主权项：1.一种mRNA5’3’末端差异的快速检测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，利用HISAT2将对照组与实验组测得的read比对到GRCh38参考序列上，通过序列注释信息，选取基因间区的片段进行后续分析；步骤2，设置FPKMbin与FPKMext两个参数，FPKMbin代表每个bin单元read表达量，FPKMext代表延伸总长的read表达量，FPKMbin与FPKMext均大于1，利用read间的重叠序列，将read逐一组装在一起，形成基因的5’或3’延长序列；步骤3，根据基因的mRNA5’或3’延长序列，形成同种型转录本，比较实验组与对照组，如果满足实验组的长度长于对照组的长度200nt以上且FPKM实验组FPKM对照组的比值大于等于2的条件，说明实验组与对照组末端差异显著，则提取实验组相对于对照组特有的转录本，作为下游分析数据；如果不满足实验组的长度长于对照组的长度200nt以上且FPKM实验组FPKM对照组的比值大于等于2的条件，说明实验组与对照组末端差异不显著，则不进行后续分析。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 深圳华大生命科学研究院 一种mRNA 5’3’末端差异的快速检测方法
免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。
主营中国专利交易买卖与专利转让许可,高校科技成果推广与科技成果转化,知识产权运营管理与平台开发,科技人才专家库与科技猎头等科技服务
开放平台
担保交易
惠及多方
会员特惠
专属平台
适合多方
数据共享
功能齐全
皖公网安备 34010402703815号