申请/专利权人：迈杰转化医学研究(苏州)有限公司

申请日：2022-11-29

公开（公告）日：2023-12-05

公开（公告）号：CN115807056B

主分类号：C12Q1/6806

分类号：C12Q1/6806;G16B25/20;G16B40/10

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2023.12.05#授权;2023.04.04#实质审查的生效;2023.03.17#公开

摘要：本发明公开了一种BCR或TCR重排序列模板池及其应用。本发明设计分析多重引物组的扩增偏好性的方法，能够大规模地验证多重扩增体系对每种重排序列的检出能力及检测均一性，鉴定扩增较差或有明显扩增偏好的序列，从而锁定需要进行优化的引物对，有利于精准快速地构建均一性较高的多重扩增重排检测体系，成本低，可操作性强；同时，设计特定组成的重排序列模板池，能够有效应用于分析多重引物组的扩增偏好性，适用范围广，并依托高通量DNA合成技术构建模板池，可以同时合成大量的DNA分子，成本低，并且所有的DNA分子能够以寡核苷酸序列池的形式存在，无需人工逐个混合，操作简便。

主权项：1.一种分析多重引物组的扩增偏好性的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：（1）将待测多重引物组与模板池、管家基因及管家基因引物混合进行PCR扩增，得到测序文库1；用与模板池中模板的5’端及3’端分别互补的通用引物与模板池及管家基因混合进行PCR扩增，得到测序文库2；（2）对测序文库1进行测序，基于测序数据计算模板池中每种模板的读序数目以及管家基因的读序数目，将模板池中每种模板的读序数目分别除以管家基因的读序数目，得到测序文库1中每种模板的相对丰度；对测序文库2进行测序，基于测序数据计算模板池中每种模板的读序数目以及管家基因的读序数目，将模板池中每种模板的读序数目分别除以管家基因的读序数目，得到测序文库2中每种模板的相对丰度；（3）计算测序文库1中模板的相对丰度与测序文库2中同一模板的相对丰度的比值，即为该模板的引物的扩增偏好系数，将扩增偏好系数0.5或2的引物判定为具有扩增偏好性的引物；所述模板池中模板的结构从5’端到3’端依次包括5’端通用引物结合序列、BCR或TCR的V片段序列、酶切位点、BCR或TCR的D片段序列、条码序列、酶切位点、BCR或TCR的J片段序列和3’端通用引物结合序列；所述模板池中模板的长度为150bp~300bp，且每条模板长度相同；所述5’端通用引物结合序列和3’端通用引物结合序列为适配测序仪的接头部分序列；所述5’端通用引物结合序列和3’端通用引物结合序列的长度各自独立地为30~40bp；所述V片段序列包括公共数据库中V片段至少100bp参考序列，并一直延伸到3’末端，且含有特异性引物的结合位点；所述酶切位点为限制性内切酶识别序列，且不在模板序列的其他位置中出现；所述限制性内切酶选自BamHI、EcoRI、HindIII或SalI；所述条码序列为识别每条模板的标签序列，其长度为6~15bp；所述D片段序列为空序列或公共数据库中D片段的全部参考序列；所述J片段序列包括公共数据库中J片段的全部参考序列；模板池中V片段序列、D片段序列及J片段序列的种类包括公共数据库中的所有功能性片段；所述公共数据库选自IMGT数据库、UCSC数据库或NCBI数据库中任意一种或至少两种的组合。

全文数据：

权利要求：

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