申请/专利权人：广州微远基因科技有限公司;广州微远医疗器械有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;北京微远医学检验实验室有限公司;广州微远智造科技有限公司;广州微远医学科技有限公司

申请日：2023-08-30

公开（公告）日：2024-01-05

公开（公告）号：CN117352055A

主分类号：G16B25/20

分类号：G16B25/20;C12Q1/6869;G16B15/30;G16B40/00;G06N7/01

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.01.23#实质审查的生效;2024.01.05#公开

摘要：本发明涉及一种tNGS检测污染判断模型及其建立方法和应用，属于宏基因组检测技术领域。该方法基于tNGS检测特点，以引物扩增频谱特点建立判断样品是否被强阳样品污染的tNGS检测污染判断模型，不仅无需额外的特殊引物试剂要求，成本较低，通用性高。且由于综合考虑了历史强阳样品，批次强阳样品，株系差异等特征，具有判断更加精准，区分度更高的优势。

主权项：1.一种tNGS检测污染判断模型的建立方法，其特征在于，包括以下步骤：样品准备：取批量tNGS检测中检出预定病原的若干样品，对所述样品进行复核检验，复核检验结果为阳性的样品定义为真阳样品，复核检验结果为阴性的样品定义为污染样品；特征获取：统计上述样品tNGS检测中使用芯片及该实验室前溯预定时间内检测的每个样品中针对预定病原检测的每种引物扩增得到的无测序错误的可靠片段的分布特征，所述分布特征包括smrn和quant；所述smrn为该样品检出比对至预定病原的总特异性序列数，所述quant为以固定量投入的内参核酸作为参考，对所述smrn进行校正获得的该样品中检出预定病原的定量拷贝数；模型建立：将所述分布特征作为特征矩阵X，所述复核检验结果作为模型结果Y，建立随机森林模型进行训练，即得用于区分真阳样品和污染样品的tNGS检测污染判断模型。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 广州微远基因科技有限公司;广州微远医疗器械有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;北京微远医学检验实验室有限公司;广州微远智造科技有限公司;广州微远医学科技有限公司 tNGS检测污染判断模型及其建立方法和应用

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