申请/专利权人：西藏自治区农牧科学院水产科学研究所

申请日：2020-05-12

公开（公告）日：2024-02-09

公开（公告）号：CN111564182B

主分类号：G16B30/20

分类号：G16B30/20;G16B30/10;G16B50/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.02.09#授权;2020.11.17#实质审查的生效;2020.08.21#公开

摘要：发明涉及一种高重复原鮡属鱼类的染色体级别组装的方法，其步骤为：1基于短片段的序列进行基因组调查；2大于200kb的高质量DNA提取；3DNA测序文库构建及其纳米孔测序；4对于测序结果进行组装获得染色体级别组装结果。本发明相对于以往方法测序深度只有五分之一，可以组装到染色体完成图，组装结果提高10倍以上。本发明在开发原鮡属鱼类的基因组上具有重要意义，进一步对于降低高原原鮡属的成本、获得高质量遗传资源、研究高原鱼类的适应性进而对养殖推广具有重要意义。

主权项：1.一种高重复原鮡属鱼类的染色体级别组装的方法，其特性在于，包括如下步骤：S1.基因组调查：从数据库查到原鮡属鱼基因大小范围，结合Kmer估计基因组大小的大小，然后综合评价获得基因组大小；S2.基因组DNA提取：使用DNA的试剂盒，提取DNA；S3.测序文库构建及测序获得长序列：用内切酶打断DNA，修复，洗脱，构建文库加入测序接头进行测序，获取长序列；S4.染色体级别的基因组组装：使用序列比对软件处理读长，选取20X最长的大于100kb的序列，计算其比对结果，构建重叠群后组装；步骤S4中使用graphmapowler模式计算其比对结果，然后构建重叠群，将重叠群的结果输入到组装软件Canu，使用Canu组装初始20倍覆盖率数据集，其参数为：canu-pasm-dasm=1ggridOptionsJobName=na12878nano”gridOptions=–时间72:00:00–partitionnorm”-nanopore-rawrel27*.fastq.gzcorMinCoverage=0corMaxEvidenceErate=0.22errorRate=0.045。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 西藏自治区农牧科学院水产科学研究所 一种高重复原鮡属鱼类的染色体级别组装的方法

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