申请/专利权人：浙江理工大学绍兴生物医药研究院有限公司;浙江理工大学

申请日：2023-12-08

公开（公告）日：2024-03-05

公开（公告）号：CN117646078A

主分类号：C12Q1/689

分类号：C12Q1/689;C12Q1/686;C12Q1/10;C12N15/11;C12R1/19

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.03.22#实质审查的生效;2024.03.05#公开

摘要：本发明公开的是本发明公开了一种通过PCR快速鉴定无隐秘质粒大肠杆菌EcN的方法，比较无隐秘质粒大肠杆菌EcN和常用实验室菌株的基因组蛋白注释，得到EcN中特有的蛋白，通过blast挑选相似序列少的蛋白，根据这些蛋白的编码基因设计引物，EcN隐秘质粒敲除后常用作合成生物学的底盘细胞，隐秘质粒敲除后的EcN菌株是一株无抗性的大肠杆菌，容易污染杂菌，需要定期鉴定，但特异性快速鉴定的方法尚缺少，本发明的创新之处在于具有能够方便、快速、准确的鉴定EcNc菌株，便于合成生物学底盘细胞Nissle1917的快速鉴定和实验室中菌株的管理等技术特点。

主权项：1.一种通过PCR快速鉴定无隐秘质粒大肠杆菌EcN的方法，其特征在于该方法包括如下步骤：步骤1：根据无隐秘质粒大肠杆菌EcN基因组序列设计三对引物：比较无隐秘质粒大肠杆菌EcN和实验室菌株BL21、DH5α的基因组蛋白注释，得到EcN中特有的蛋白，比对基因选择无隐秘质粒大肠杆菌EcN中长度500到1000bp基因的特有的蛋白；步骤2：筛选蛋白，设计引物：以比对基因选择出的特有蛋白为基准，通过blast挑选中两个相似序列少蛋白，从而根据这两个蛋白设计两对特异引物，具体为：选择ipuB和tcpC这两个基因分别设计一对引物，产物大小分别是293bp、464bp；引物的序列如下：tcpC-FACTCGTCTACCAGTGGTCTG；tcpC-RATTCCTCGCATGGAAACAGC；ipuB-FTGCCTAAGCATGTGAGGATG；ipuB-RAGGGTAAGCGAGCTTATTGC；并根据大肠杆菌中的管家基因GapA设计一对大小629bp质控引物：gapA-FTAGCATCGAACACGGAAGTG；gapA-RCGAAGTTGGTGTTGACGTTG；步骤3：引物鉴定：使用通过ipuB和tcpC两个基因设计的引物通过PCR鉴定EcN菌株与EcNc菌株，最终得出通过EcN菌株扩增出了361bp、429bp两个条带，EcNc菌株无法扩增出条带，以此最终实现能够快速鉴定区分EcN菌株与EcNc菌株。

全文数据：

权利要求：

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