申请/专利权人：基诺创物(武汉市)科技有限公司

申请日：2023-08-21

公开（公告）日：2024-03-19

公开（公告）号：CN117095752B

主分类号：G16B35/00

分类号：G16B35/00;G16B20/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.19#授权;2023.12.08#实质审查的生效;2023.11.21#公开

摘要：本发明公开了一种保持密码子偏好性的DNA蛋白质编码区域流式数据存储方法，本发明中借鉴了熵编码和算术编码方法，使用密码编码学技术拟合输出符号的概率分布，并使用重整化技术将编码、解码均构造为流式算法。本发明可以突破已有技术手段在考虑密码子偏好性、信息空间利用率低、计算复杂度高等方面的不足，能够在编码结果符合密码子偏好性、高效计算的同时充分利用DNA蛋白质编码区域的信息空间。

主权项：1.一种保持密码子偏好性的DNA蛋白质编码区域流式数据存储方法，包括编码方法；其特征在于，具体包括以下步骤：步骤A1：针对输入定进制数据流[u0,u1,...,uZ-1]，其进制数为b≥2，长度为Z，Z≥2，0≤uj≤b-1，0≤j≤Z-1；确定用于存储的氨基酸序列，其长度为W，W≥1，确定正整数参数B；步骤A2：根据确定的氨基酸序列，确定各氨基酸分别对应密码子的期望密码子偏好性其中，Ki表示第i个位置上的可选符号数量，Di中的各个元素表达了这一位置上各个符号的期望出现概率之比；0≤k≤Ki-1；步骤A3：赋值i:＝0，j:＝0，N:＝0；N表示内部预设变量；步骤A4：判断iW是否成立；若是，则从步骤A5开始执行；若否，则从步骤A8开始执行；步骤A5：判断jZ且NB是否成立；若是，则从步骤A6开始执行；若否，则从步骤A7开始执行；步骤A6：赋值N:＝N*b+uj，赋值j:＝j+1；并回转执行步骤A4；步骤A7：计算N,ri:＝Int2BMRN,Di，赋值i:＝i+1，其中ri为第i个氨基酸选定的密码子；并回转执行步骤A4；所述计算N,ri:＝Int2BMRN,Di，具体实现包括以下子步骤：步骤A7.1：对于输入计算步骤A7.2：计算具体实现包括以下子步骤：步骤A7.2.1：对于输入令满足0≤j≤Ki-1的每个整数值j对应di,j个坐标点j,0,j,1,...,j,di,j-1，得到个坐标点；步骤A7.2.2：将这些坐标点进行重新排序得到步骤A7.2.3：返回作为结果；步骤A7.3：对于输入N，赋值nr:＝NmodLi，步骤A7.4：赋值步骤A7.5：赋值N′:＝nq*di,r+q；赋值ri为第i个氨基酸对应的第r种密码子；步骤A7.6：返回N′,ri作为结果，并赋值给N,ri；步骤A8：判断N0是否成立；若是，则赋值Result:＝None；若否，则赋值Result:＝rW-1...r1r0；步骤A9：输出Result作为编码结果。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 基诺创物(武汉市)科技有限公司 保持密码子偏好性的DNA蛋白质编码区域流式数据存储方法

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