申请/专利权人：广东美格基因科技有限公司

申请日：2020-12-02

公开（公告）日：2024-04-02

公开（公告）号：CN113643757B

主分类号：G16B30/00

分类号：G16B30/00;G16B40/30

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.02#授权;2021.11.30#实质审查的生效;2021.11.12#公开

摘要：本发明公开了一种微生物组学数据交互分析系统，属于微生物测定和检验领域。该系统包括用户界面模块、数据分析模块、数据库模块，和分析时间预测模块，其中，所述分析时间预测模块可以根据从用户界面模块获得的微生物组学数据信息、参考数据库类型信息和分析参数信息，预测分析所需时间，并发送至所述用户界面模块。利用本发明的系统，通过预先提供分析所需时间，可以让技术人员充分掌握获取分析结果的时间，从而第一时间将分析结果进行公布或应用，具有重要的科研和工业价值。

主权项：1.一种微生物组学数据交互分析系统，包括用户界面模块、数据分析模块、数据库模块，其特征在于，还包括弹性伸缩计算模块，其中，所述用户界面模块用于获取用户输入信息，并将所述用户输入信息发送至所述数据分析模块，所述用户输入信息包括：项目信息、微生物组学数据信息、参考数据库类型信息和分析参数信息，还用于显示分析的中间过程和最终分析结果；所述数据分析模块，与所述用户界面模块连接，用于根据数据库类型信息和分析参数信息对所述微生物组学数据进行分析，并将分析中间过程和最终分析结果发送至用户界面模块；所述数据库模块，与所述数据分析模块连接，用于存储或下载参考数据库；所述弹性伸缩计算模块，分别与用户界面模块和数据分析模块连接，用于根据所述项目信息为所述数据分析模块配置计算资源，还包括分析时间预测模块，与所述用户界面模块连接，用于根据微生物组学数据信息、参考数据库类型信息和分析参数信息，预测分析所需时间，并发送至所述用户界面模块，所述用户界面模块还用于显示所述预测分析所需时间，所述项目信息包括项目编号、项目名称、样本数量；所述数据库类型信息包括选定的微生物组学分析参考数据库类型，所参考数据库选自包括gg_16s_13.5、silva_16s_v123、ltp_16s_v123、rdp_16s_v16、Rdp_16s_v16_sp、silva_18s_v123、rdp_its_v2和utax_reference的组中的一种；所述分析参数信息包括聚类方式、CPU数目和分组数，所述聚类方式选自uparse、unoise3和uclust中的一种，所述分析时间预测模块根据以下公式计算分析运行时间：T＝α×A+β1×B1+β2×B2+β3×B3+γ×C+δ1×D1+δ2×D2+ε×E+ζ其中，T表示分析运行时间，单位为min；A表示样本数量，取值为正整数；B1、B2、B3取值分别为0或1，取值为1时分别表示采用uparse、unoise3和uclust的聚类方式，取值为0时表示不采用相应的聚类方式；C表示CPU数目，取值为正整数；D1＝0且D2＝1，表示数据库类型为：gg_16s_13.5或silva_16s_v123，D1＝1且D2＝0时，表示数据库类型为：ltp_16s_v123、rdp_16s_v16、Rdp_16s_v16_sp、silva_18s_v123、rdp_its_v2或utax_reference；E表示分组数，取值为正整数，α、β1、β2、β3、γ、δ1、δ2、ε和ζ为相应的系数，其是根据多批量微生物组学数据分析，然后根据A、B1、B2、B3、C、D1、D2、E的数值和实际分析运行时间T统计得到的，所述统计基于多元线性回归分析。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 广东美格基因科技有限公司 一种微生物组学数据交互分析系统

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