申请/专利权人：杭州柏熠科技有限公司

申请日：2022-02-18

公开（公告）日：2024-04-05

公开（公告）号：CN114438182B

主分类号：C12Q1/6869

分类号：C12Q1/6869;C12Q1/70;C12N15/11;G16B20/30;G16B30/10;G16B40/00;G16B50/30

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.05#授权;2022.05.24#实质审查的生效;2022.05.06#公开

摘要：本发明提供一种基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法及应用，首先构建进境植物检疫性病毒基因组数据库，再利用纳米孔测序技术检测待测样品并前处理得到分析数据，基于进境植物检疫性病毒基因组数据库对分析数据进行病毒种类鉴定，并得到针对待测样品的检测报告，可更加快速、精准以及全面的检测技术来满足植物病毒检疫需求。

主权项：1.一种基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：构建进境植物检疫性病毒基因组数据库，所述进境植物检疫性病毒基因组数据库包括进境植物检疫性病毒的病毒基因组序列，进境植物检疫性病毒包括小麦线条花叶病毒、S甘蔗线条病毒、马铃薯V病毒、马铃薯A病毒、烟草环斑病毒、南方菜豆花叶病毒、马铃薯帚顶病毒、燕麦花叶病毒、玉米褪绿斑驳毒、玉米褪绿矮缩病毒、可可肿枝病毒、香石竹环斑病毒、菜豆荚斑驳病毒、南芥菜花叶病毒、马铃薯黄矮病毒，其中在“构建进境植物检疫性病毒基因组数据库”步骤中，获取各个进境植物检疫性病毒的基因组测序信息和参考基因组序列，所述基因组测序信息和所述参考基因组序列组成所述病毒基因组序列；利用纳米孔测序技术获取待测样品的纳米孔测序数据，并前处理所述纳米孔测序数据得到分析数据，在“前处理所述纳米孔测序数据得到分析数据”步骤中，将所述纳米孔测序数据转换为Fasta碱基序列文件，过滤低质量测序数据得到所述分析数据；初步分类鉴定所述分析数据得到初步鉴定结果，使用Minimap2软件将所述分析数据与所述初步鉴定结果比对得到比对值，筛选比对值低于比对阈值的比对信息，剩余的比对信息组成一致性比对序列，将所述一致性序列片段通过Blast软件与进境植物检疫性病毒基因组数据库比对得到比对值，筛选比对值低于识别阈值的比对信息，剩余的比对信息组成目标序列，比对所述目标序列和所述一致性比对序列并过滤得到有效鉴定结果，在“初步分类鉴定所述分析数据得到初步鉴定结果”步骤中，使用Centrifuge软件及本地数据库对所述分析数据进行分类鉴定，并过滤低鉴定值的分类结果得到所述初步鉴定结果，其中本地数据库指的是收集的以及构建的植物检疫性病毒基因组数据库，在“比对所述目标序列和所述一致性比对序列并过滤得到有效鉴定结果”步骤中，根据Blast鉴定结果再次使用Minimap2软件将所述分析数据与所述目标序列进行比对得到比对值，筛选比对值低于设定阈值以及碱基长度低于设定阈值的分析数据，得到最终的有效鉴定结果。

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