申请/专利权人：NOUSCOM股份公司

申请日：2019-11-15

公开（公告）日：2024-04-12

公开（公告）号：CN113424264B

主分类号：G16B20/50

分类号：G16B20/50;G16B35/10

优先权：["20181115 EP 18206599.5"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.12#授权;2021.12.28#实质审查的生效;2021.09.21#公开

摘要：本发明涉及选择用于个性化疫苗的癌症新生抗原的方法。本发明还涉及构建携带用于个性化疫苗的新生抗原的载体或载体集合的方法。本发明还涉及包含个性化基因疫苗的载体或载体集合及所述载体在癌症治疗中的应用。

主权项：1.一种选择用于个性化疫苗的癌症新生抗原的方法，其包括以下步骤：a在从个体获得的癌细胞样本中确定新生抗原，其中每种新生抗原-包含在编码序列中，-在编码序列中包含至少一种突变，所述突变导致经编码的氨基酸序列的改变并且不存在于所述个体的非癌细胞样本中，和-由癌细胞样本中的编码序列的9个至40个连续氨基酸组成，b在编码序列内确定每种新生抗原的步骤a的每个所述突变的突变等位基因频率，ci在所述癌细胞样本中，或ii在与所述癌细胞样本的癌症类型相同的表达数据库中，确定含有至少一种所述突变的每种编码序列的表达水平，d预测新生抗原的MHCI类结合亲和力，其中I从所述个体的非癌细胞样本确定HLAI类等位基因，II对于I中确定的每个HLAI类等位基因，预测新生抗原的由8个至15个连续氨基酸组成的每个片段的MHCI类结合亲和力，其中每个片段包含由步骤a的突变引起的至少一种氨基酸改变，和III具有最高MHCI类结合亲和力的片段决定了新生抗原的MHCI类结合亲和力，以及附加于或替换步骤d的，d'：·在所述个体的非癌细胞样本中确定HLAII类等位基因，·预测新生抗原的MHCII类结合亲和力，其中-对每个确定的HLAII类等位基因，预测针对新生抗原的11个至30个连续氨基酸的每个片段的MHCII类结合亲和力，其中每个片段包含由步骤a中的突变产生的至少一种经突变的氨基酸，和-具有最高MHCII类结合亲和力的片段决定了新生抗原的MHCII类结合亲和力；e根据步骤b、c、d和或d'中确定的值，对每种新生抗原从最高值到最低值进行排序，产生第一排位列表、第二排位列表、第三排位列表和或第四排位列表，f根据所述第一排位列表、第二排位列表、第三排位列表和或第四排位列表计算排位总和，并通过排位总和升序来对新生抗原进行排序，得到新生抗原的排位列表，其中排位总和是加权排位总和，其中-将步骤a中确定的新生抗原的数量加至：·第三排位列表中每个新生抗原的排位值上，其中步骤d的MHCI类结合亲和力的预测结果为IC50值高于1000nM，和或·在第四排位列表中每个新生抗原的排位值上，其中步骤d'的MHCII类结合亲和力的预测结果为IC50值高于1000nM；和或-其中当步骤ci采用大规模并行转录组测序时，步骤f中的排位总和乘以加权因子WF，其中WF是：·1，条件是突变的映射转录组读段的数量0，·2，条件是突变的映射转录组读段的数量是0，且未突变序列的映射读段的数量是0，且每千碱基百万转录本值TPM是至少0.5，·3，条件是突变的映射转录组读段的数量是0，且未突变序列的映射读段的数量0，且每千碱基百万转录本值TPM是至少0.5，·4，条件是突变的映射转录组读段的数量是0，且未突变序列的映射读段的数量是0，且每千碱基百万转录本值TPM0.5，或·5，条件是突变的映射转录组读段的数量是0，且未突变序列的映射读段的数量0，且每千碱基百万转录本值TPM0.5；g从f中获得的新生抗原排位列表中，从最低的排位开始，选择一组30个至240个新生抗原。

全文数据：

权利要求：

百度查询： NOUSCOM股份公司 用于生成个性化癌症疫苗的癌症突变选择

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