申请/专利权人：深圳华大生命科学研究院

申请日：2018-10-17

公开（公告）日：2024-04-16

公开（公告）号：CN112823206B

主分类号：C12N7/00

分类号：C12N7/00;C12Q1/70

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.16#授权;2021.06.04#实质审查的生效;2021.05.18#公开

摘要：提供一种从细菌全基因组序列中挖掘温和型噬菌体的方法、装置和包含能执行所述方法的程序的存储介质，所述方法包括：获取细菌全基因组序列，将温和型噬菌体的功能元件聚类比对到细菌全基因组序列上，得到功能元件呈聚簇现象的区域作为噬菌体疑似区域，其中功能元件包括假定蛋白元件、侵染元件、组装元件和未知保守元件，在噬菌体疑似区域的两端寻找重复序列，得到温和型噬菌体整合位点，从而确定温和型噬菌体的序列区域，将温和型噬菌体的序列区域作为噬菌体基因组序列进行基因组学特征分析，输出功能性噬菌体的序列信息。

主权项：1.一种从细菌全基因组序列中挖掘温和型噬菌体的方法，其特征在于，所述方法包括：获取细菌全基因组序列；将温和型噬菌体的功能元件聚类比对到所述细菌全基因组序列上，得到所述功能元件呈聚簇现象的区域作为噬菌体疑似区域，其中所述功能元件包括假定蛋白元件、侵染元件、组装元件和未知保守元件；所述功能元件是基于噬菌体的马赛克结构从噬菌体基因组数据库中具有噬菌体注释信息的全基因组数据中提取的，其中所述马赛克结构是指噬菌体基因组上表达相似功能的基因趋向于在相邻的位置；在所述噬菌体疑似区域的两端寻找重复序列，得到温和型噬菌体整合位点，从而确定温和型噬菌体的序列区域；使用宿主菌属种相对保守序列与所述温和型噬菌体的序列区域进行比对，以判断所述序列区域中是否插入所述宿主菌属种相对保守序列；将所述温和型噬菌体的序列区域作为噬菌体基因组序列进行基因组学特征分析，输出功能性噬菌体的序列信息。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 深圳华大生命科学研究院 从细菌全基因组序列中挖掘温和型噬菌体的方法、装置和存储介质

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