申请/专利权人：中国科学院水生生物研究所

申请日：2024-01-19

公开（公告）日：2024-04-19

公开（公告）号：CN117912548A

主分类号：G16B20/20

分类号：G16B20/20;G16B30/10

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.07#实质审查的生效;2024.04.19#公开

摘要：本发明属于动物遗传育种技术领域，尤其涉及一种筛选二倍体真核生物抗性关联SNP位点的方法及其应用，所述方法包括：S1、根据表型将所述实验群体划分为抗性组和易感组，统计每一个SNP位点在不同组内的基因型组合；S2、通过位点在抗性组和易感组之间基因型组合差异识别易感基因型，构建分析列表，按照预设规则，将分析列表中涉及易感组样本为易感纯合基因型的单元格赋值为“0”，否则为“1”，得到SNP位点在所述易感组样本中的关联列表；S3、寻找关联列表中易感基因型高度富集的最优位点组合。本发明有利于快速准确识别出与抗性表型显著相关联的SNP位点组合，将大大缩短育种年限，具有广阔的应用前景。

主权项：1.一种筛选二倍体真核生物抗性关联SNP位点的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、获取二倍体真核生物实验群体的SNP信息，分析每一个SNP位点的基因型，并根据表型将所述实验群体划分为抗性组和易感组，之后统计每一个所述SNP位点在不同组内的基因型组合；其中，当所述SNP位点为杂合基因型时，定义为“AB”基因型，当所述SNP位点为纯合基因型时，定义为“AA”基因型或“BB”基因型；S2、在所述易感组中选择三种基因型组合“AABBAB”的所述SNP位点为候选位点，通过所述候选位点在抗性组和易感组之间基因型组合差异识别易感基因型，并根据所述候选位点数量和所述易感组样本总数构建n行m列的分析列表；按照预设规则，将分析列表中涉及易感组样本含易感纯合基因型的单元格赋值为“0”，否则为“1”，从而得到所述SNP位点在所述易感组样本中的关联列表；S3、寻找所述关联列表中易感基因型高度富集的最优位点组合，所述最优位点组合包含最少的所述高度富集的SNP位点却能解释所有易感组样本非抗性的原因最优位点组合，得到与抗性表型相关的关联SNP位点。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国科学院水生生物研究所 筛选二倍体真核生物抗性关联SNP位点的方法及其应用

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