申请/专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院

申请日：2024-02-07

公开（公告）日：2024-04-19

公开（公告）号：CN117904338A

主分类号：C12Q1/689

分类号：C12Q1/689;C12Q1/6869;C12N15/11;C12R1/01

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.07#实质审查的生效;2024.04.19#公开

摘要：本发明公开了一种基于特异性序列及SNP位点的猪种和犬种布鲁氏菌鉴定方法。本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种基于特异性序列及SNP位点的猪种和犬种布鲁氏菌鉴定方法。本发明提供了特异性序列及SNP位点在鉴定或辅助鉴定猪种和犬种布鲁氏菌中的应用。本发明提供了直接鉴定到猪种和犬种布鲁氏菌的特异序列，确定到菌种，为精准防控提供参考。本发明提供了多个可选择的特异序列，可以实现单菌多位点覆盖鉴定，结果更加稳定准确。本发明提供了多个可选择的特异序列，满足菌株突变体的鉴定，确保疑似菌株不被遗漏，方便专家进行菌种溯源分析。

主权项：1.鉴定或辅助鉴定猪布鲁氏菌或犬布鲁氏菌的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：S1、提取待测样品的基因组DNA；S2、对所述基因组DNA进行测序，得到测序结果；S3、将所述测序结果与鉴定猪布鲁氏菌的特异性探针进行序列比对，根据序列比对结果确定或辅助确定待测样品是否为猪布鲁氏菌或是否含有猪布鲁氏菌；所述特异性探针由A探针组和B探针组组成；S3所述序列比对包含如下步骤：1采用所述A探针组对待测样品进行第一次序列比对，如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述A探针组中任一种探针，该待测样品为猪布鲁氏菌或犬布鲁氏菌，或含有猪布鲁氏菌或犬布鲁氏菌；2采用所述B探针组对步骤1比对的待测样品进行第二次序列比对，如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中含有所述B探针组中任一种探针，该待测样品为猪布鲁氏菌或含有猪布鲁氏菌；如果第二次序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述B探针组中任一种探针，该待测样品为犬布鲁氏菌或含有犬布鲁氏菌；3如果序列比对结果表明待测样品的基因组DNA序列中不含有所述A探针组和B探针组中任一所述的探针，该待测样品为非猪布鲁氏菌和犬布鲁氏菌或不含有猪布鲁氏菌和犬布鲁氏菌；所述A探针组包含名称为探针1至探针14的14种单链DNA至少一种：探针1含有SNP位点1，所述SNP位点1为序列1的第51位核苷酸且该核苷酸为A；探针2含有SNP位点2，所述SNP位点2为序列2的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针3含有SNP位点3，所述SNP位点3为序列3的第51位核苷酸且该核苷酸为A；探针4含有SNP位点4，所述SNP位点4为序列4的第51位核苷酸且该核苷酸为A；探针5含有SNP位点5，所述SNP位点5为序列5的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针6含有SNP位点6，所述SNP位点6为序列6的第51位核苷酸且该核苷酸为T；探针7含有SNP位点7，所述SNP位点7为序列7的第51位核苷酸且该核苷酸为T；探针8含有SNP位点8，所述SNP位点8为序列8的第51位核苷酸且该核苷酸为A；探针9含有SNP位点9，所述SNP位点9为序列9的第51位核苷酸且该核苷酸为G；探针10含有SNP位点10，所述SNP位点10为序列10的第51位核苷酸且该核苷酸为A；探针11含有SNP位点11，所述SNP位点11为序列11的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针12含有SNP位点12，所述SNP位点12为序列12的第51位核苷酸且该核苷酸为T；探针13含有SNP位点13，所述SNP位点13为序列13的第51位核苷酸且该核苷酸为C，探针14含有SNP位点14，所述SNP位点14为序列14的第51位核苷酸且该核苷酸为T；所述B探针组包含名称为探针15至探针29的15种单链DNA至少一种：探针15含有SNP位点15，所述SNP位点15为序列15的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针16含有SNP位点16，所述SNP位点16为序列16的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针17含有SNP位点17，所述SNP位点17为序列17的第51位核苷酸且该核苷酸为A；探针18含有SNP位点18，所述SNP位点18为序列18的第51位核苷酸且该核苷酸为G；探针19含有SNP位点19，所述SNP位点19为序列19的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针20含有SNP位点20，所述SNP位点20为序列20的第51位核苷酸且该核苷酸为G；探针21含有SNP位点21，所述SNP位点21为序列21的第51位核苷酸且该核苷酸为G；探针22含有SNP位点22，所述SNP位点22为序列22的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针23含有SNP位点23，所述SNP位点23为序列23的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针24含有SNP位点24，所述SNP位点24为序列24的第51位核苷酸且该核苷酸为G；探针25含有SNP位点25，所述SNP位点25为序列25的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针26含有SNP位点26，所述SNP位点26为序列26的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针27含有SNP位点27，所述SNP位点27为序列27的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针28含有SNP位点28，所述SNP位点28为序列28的第51位核苷酸且该核苷酸为C；探针29含有SNP位点29，所述SNP位点29为序列29的第51位核苷酸且该核苷酸为C。

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