申请/专利权人：苏州卫生职业技术学院

申请日：2023-10-25

公开（公告）日：2024-04-26

公开（公告）号：CN117409855B

主分类号：G16B20/00

分类号：G16B20/00;G16B40/00;G06F18/241;G06F18/214;G06F18/232

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.26#授权;2024.02.02#实质审查的生效;2024.01.16#公开

摘要：本发明属于生物医学技术领域，具体涉及一种肝细胞癌患者错配修复相关预后模型及其构建、验证方法和应用。肝细胞癌患者错配修复相关预后模型基于八种错配修复相关基因进行构建，所述八种错配修复相关基因为YBX1、PSMD14、NOP58、RUVBL1、HMMR、KPNA2、BSG和IRAK1。本发明通过全面的基因组数据分析来提高对肝癌预后的预测，构建的错配修复相关预后特征在预测效能方面优于该方向的其他模型。具体来说，错配修复相关预后特征的区分度相较于其他模型高，模型评价指标完善从区分度和校准度两方面来评价模型的预测效能，模型泛化能力强。

主权项：1.一种肝细胞癌患者错配修复相关预后模型，其特征在于，肝细胞癌患者错配修复相关预后模型基于八种错配修复相关基因进行构建，所述八种错配修复相关基因为YBX1、PSMD14、NOP58、RUVBL1、HMMR、KPNA2、BSG和IRAK1；所述肝细胞癌患者错配修复相关预后模型的构建方法，包括以下步骤：1.1从癌症基因组图谱和国际癌症基因组联盟中收集构建肝细胞癌患者错配修复相关预后模型的训练集和验证集；1.2从GeneCards数据库搜集相关性分数≥0.3错配修复相关基因进行单因素COX回归和KM分析，对基因集进行初步筛选获得初步hub基因集；1.3基于所选错配修复相关基因的表达水平的线性积分，建立最优的MMR相关风险特征，风险评分计算如下：其中，Expri为错配修复通路相关基因的表达值，Coefi为LASSOCox回归分析中与错配修复通路相关基因相应回归系数；所述肝细胞癌患者错配修复相关预后模型的的验证方法，包括以下内容：2.1利用ROC曲线、风险聚类图和诺莫图校准图评估所述肝细胞癌患者错配修复相关预后模型的预测效能；2.2利用构建的风险系数中位数将患者分为高危组和低危组并比较两组之间的生存差异；2.3利用ICGC数据集进行外部验证，后使用随机生存森林方法拟合模型；2.4利用GSVA软件包中的ssGSEA方法对肝细胞癌患者中免疫细胞成分进行鉴定，通过单个肿瘤样本的基因表达水平来评价免疫细胞在肿瘤微环境中的浓缩程度；2.5利用“ImmuneSubtypeClassifier”R包，根据肿瘤中的免疫细胞基因表达情况进行肿瘤免疫亚型分类，将两个队列中样本分为六种不同免疫亚型；2.6利用CIBERSORT算法应用于TCGA-LIHC队列的转录组，评估了肝癌患者的免疫细胞渗透水平；2.7利用IMvigor210队列来验证模型构建的signature对免疫检查点阻断治疗的临床反应能力，不同抗PD-L1临床应答状态分类结合模型风险分类预测PD-L1免疫疗法可行性。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 苏州卫生职业技术学院 一种肝细胞癌患者错配修复相关预后模型及其构建、验证方法和应用

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