申请/专利权人：西南大学

申请日：2024-02-01

公开（公告）日：2024-05-03

公开（公告）号：CN117976033A

主分类号：G16B15/30

分类号：G16B15/30;G16B30/10

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.21#实质审查的生效;2024.05.03#公开

摘要：本发明属于生物信息领域，具体涉及一种基于多态式结构化碱基比对方式的microRNAmiRNA靶标预测方法及计算机程序产品TarP。本发明的计算机程序TarP的结构由输入数据、执行程序、输出数据三个部分组成。本发明所述TarP基于miRNA与其靶基因结合的生物学原理，通过利用当下移植性好、应用广泛、开源简洁的python语言，创造性地采用多态式结构化的碱基序列比对方式，打破了过去本地靶标预测软件受Linux或Windows单一系统平台的限制，免除了用户因操作平台不同带来的不便，减轻了用户工作量，实现了科学、高效、精准地获取miRNA靶基因。

主权项：1.一种基于多态式结构化碱基比对方式的microRNA靶标预测方法，其特征在于，包括如下步骤：1将miRNA文件及其潜在靶基因文件分别作为输入单元；2提取步骤1中两个分别来自miRNA文件和靶基因文件的输入单元组成一个预测单元；3设置移动量和跳过数，根据移动量和跳过数并基于多态式碱基组合拆分成多个比对单元，比对并生成输出单元，采用评分系统和能量分数系统计算并分析每个输出单元的评分和能量分数，根据评分和能量分数筛选合适的潜在靶基因，格式化输出；所述多态式碱基组合包括以下几种：其中，0和1表示碱基的匹配状态，0表示不匹配，1表示匹配；1Group1：1+～，其中～代表连续的碱基序列，1+表示当miRNA第一个碱基匹配时，确定比对；2Group2：～+1，其中～的含义同上，+1表示当前面连续的碱基序列匹配时，确定比对；3Group3：11，表示当同时拥有两个连续匹配的碱基时，确定比对；4Group4：0111，表示当连续的四个碱基中满足前一位碱基不匹配且后三位连续的碱基匹配时，确定比对；5Group5：00111，表示当连续的五个碱基中满足前两位连续的碱基不匹配且后三位连续的碱基匹配时，确定比对；6Group6：000111，表示当连续的六个碱基中满足前三位连续的碱基不匹配且后三位连续的碱基匹配时，确定比对；所述输出单元的评分系统为：1权重系数：用于衡量miRNA各碱基位点的重要程度W1：miRNA5’-3’端的第一个碱基；W2：miRNA5’-3’端的第二到八位种子序列；W3：miRNA5’-3’端的第十一到十三位的三个重要碱基；W4：miRNA5’-3’端的其他碱基；2校正系数：W5，用于校正匹配与不匹配碱基评分之间的数量关系3比例系数：Wx，用于调整各权重系数的比例关系，公式如下所示： 4miRNA碱基序列：MirLen：miRNA序列的总碱基数，即总长度；5匹配碱基数值：MatchA：miRNA5’-3’端的第一个碱基是A碱基且匹配的数量；MatchSeed：miRNA5’-3’端的种子序列匹配的数量；Match11to13：miRNA5’-3’端的第十一到十三个碱基匹配的数量；MatchOther：miRNA5’-3’端的其他碱基匹配的数量；公式如下所示： 6不匹配碱基数值：LoopA：miRNA5’-3’端的第一个碱基未匹配的数量；LoopSeed：miRNA5’-3’端的种子序列未匹配的数量；Loop11to13：miRNA5’-3’端的第十一到十三个碱基未匹配的数量；LoopOther：miRNA5’-3’端的其他碱基未匹配的数量；公式如下所示：ScoreLoop＝W1×LoopA+W2×LoopSeed+W3×Loop11to13+W4×LoopOther7缺口碱基数值：GapNum：miRNA5’-3’端形成缺口的碱基数量；公式如下所示：ScoreGap＝GapNum×W58评分公式：如下所示 所述能量分数系统为：1A：T碱基对数值：MatchAT：表示在输出单元中含有A:T碱基对的数量；2C:G碱基对数值：MatchCG：表示在同一个比对单元中含有C:G碱基对的数量；3U:G碱基对数值：MatchUG：表示在同一个比对单元中含有U:G碱基对的数量；4全部碱基对数值：MatchALL：表示在同一个比对单元中所有碱基对的数量；5能量公式：如下所示

全文数据：

权利要求：

百度查询： 西南大学 一种microRNA靶标预测方法及计算机程序产品

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。

阅读全文 双屏查看 官方信息 专利公告 收藏专利 下载PDF 下载WORD