申请/专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所

申请日：2024-04-16

公开（公告）日：2024-05-17

公开（公告）号：CN118048436A

主分类号：C12Q1/6806

分类号：C12Q1/6806;C40B50/06

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.06.04#实质审查的生效;2024.05.17#公开

摘要：本发明公开了一种用于微量细胞的靶向染色质互作捕获ULI‑eHiChIP建库方法，通过本方法，可以实现微量细胞起始量的靶向染色质互作捕获ULI‑eHiChIP建库，细胞起始量最低可以100个细胞，远低于现有HiChIP技术对细胞样品起始量的要求（现有技术至少需要10‑1500万个细胞）。采用本方法制备文库时细胞需要量少，针对稀有细胞和微量医学检验细胞具有应用潜力，节约收集细胞材料难度和时间，降低细胞培养成本，同时微量的试验试剂操作体系，降低了细胞损失，节约了技术用试剂成本。

主权项：1.用于微量细胞的靶向染色质互作捕获ULI-eHiChIP建库方法，其中，所述微量细胞是指细胞数低于100000个，所述方法包括如下步骤：S1：对目标细胞进行收集；S2：然后将甲醛加至装有收集的细胞的培养皿中进行交联；S3：对交联固定染色质后的细胞进行裂解，采用含有1%PI和0.2%IgepalCA630的透化缓冲液来进行细胞的透化裂解；S4：对透化裂解的细胞采用限制性双内切酶组合进行双酶切，所述限制性双内切酶组合为DpnII与HpyCH4IV、MboI与HpyCh4IV、Sau3AI与HpyCh4IV三种组合中的任意一组；S5：将步骤S4中酶切后的产物进行RE-QC质控：所述RE-QC质控方法为将酶切后产物进行电泳检测，电泳条带在100-12000bp呈弥散状，且12kb无条带，为质控合格；S6：在酶切质控合格后，对酶切后的DNA片段进行末端生物素标记，然后进行邻位连接及超声打断后，得到游离的单分子状态的蛋白因子-DNA互作小体；S7：将步骤S6中蛋白因子-DNA互作小体经抗体免疫沉淀、蛋白A磁珠捕获、润洗后，得到捕获有染色质互作小体的抗体沉淀磁珠；S8：将步骤S7中捕获染色质抗体沉淀DNA的磁珠经溶解、柱纯化后，得到纯化的染色质抗体沉淀DNA；S9：将步骤S8中纯化的DNA用免疫磁珠抓取生物素标记的互作DNA，用Tn5转座酶一步建库法或FEAEnzym酶切片段化法制备ULI-eHiChIP文库：先将互作DNA用Tn5转座酶或FEAEnzym酶打断，打断后进行PCR扩增，对PCR产物进行E-gel胶电泳，最终进行切胶回收制备ULI-eHiChIP文库，所述切胶回收的片段为150-1000bp。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国农业科学院农业基因组研究所 用于微量细胞的靶向染色质互作捕获ULI-eHiChIP建库方法及应用

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