申请/专利权人：大连理工大学

申请日：2020-03-17

公开（公告）日：2020-07-24

公开（公告）号：CN111445951A

主分类号：G16B30/00(20190101)

分类号：G16B30/00(20190101);G16B25/20(20190101)

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2022.09.20#授权;2020.08.18#实质审查的生效;2020.07.24#公开

摘要：本发明属于分子生物学领域，涉及一种基于免标记杂交探针竞争法实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其包括包括提出亲和性评价标准，互补短链探针位置的选择，互补短链探针碱基数的优化，以及核酸适配体最优序列的优化等步骤。本发明提供的基于免标记杂交探针竞争法实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法可用于任何类型靶标的核酸适配体优化。本发明针对不同靶标或不同核酸适配体，表征方法简单且成本低廉、通量高。

主权项：1.一种基于免标记杂交探针竞争法实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，其包括以下步骤：步骤1、选取最优互补区及最优互补短链探针：将已获得的长链核酸适配体作为候选核酸适配体，根据全长序列碱基数，规划出n个区，每个区包含20个碱基，每个区设计7-20个碱基的互补短链探针；在室温下将待表征的长链核酸适配体与浓度为0-1000nM的靶标分子在结合溶液中反应5-30分钟后，加入含有SYBRGreenI的各互补短链探针进行反应，实验结果通过四参数方程进行拟合，四参数方程为： 其中，IF为荧光响应值；COTA为靶标分子浓度；Amax表示四参数方程拟合后获得的最大值；Amin表示四参数方程拟合后获得的最小值；IC50表示四参数方程拟合后获得的半抑制值；式中的p为COTA为IC50时拟合曲线的斜率；通过工作曲线的解析获得各互补短链探针Amax-AminIC50值，选取Amax-AminIC50值最大互补短链探针，为最优互补短链探针；步骤2、初步获得较优核酸适配体：步骤1中确定的最优互补短链探针所对应区为核酸适配体的核心识别区，从原核酸适配的两端向核心区每次减少3个碱基，设计一系列新的核酸适配体，通过步骤1的方法获得新核酸适配体的IC50值，选出IC50值最小的为较优核酸适配体。步骤3、获得最短核酸适配体序列：将步骤2获得的较优核酸适配体从核酸适配两端向核心区每次减少一个碱基，设计一系列一碱基截短核酸适配体，采用步骤1的方法，将步骤1中确定的最优互补短链探针、靶标分子和各一碱基截短核酸适配体进行反应，获得各一碱基截短核酸适配体所对应的IC50值，选出IC50值最小的或IC50值较小但结构为尾端互补的为核酸适配体核心序列，即最短核酸适配体序列。步骤4、构造亲和性更高的核酸适配体：将步骤3获得的最短核酸适配体序列，通过结构解析，增加结构稳定性的方法，获得亲和性更高的核酸适配体，即解析序列。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 大连理工大学 一种基于免标记杂交探针竞争法实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法

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