申请/专利权人：华南农业大学

申请日：2021-09-23

公开（公告）日：2023-02-03

公开（公告）号：CN113981122B

主分类号：C12Q1/6895

分类号：C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11

优先权：["20210918 CN 2021111128850"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2023.02.03#授权;2022.02.18#实质审查的生效;2022.01.28#公开

摘要：本发明公开了一套具有包容性且精准鉴别、挖掘并克隆稻瘟病Pita抗病基因家族等位基因的技术体系。该技术体系根据该基因家族存在清晰的“功能性单倍型‑抗病等位基因”等两级分化而设置其两级检测标记。该技术体系可用于稻瘟病Pita抗病等位基因家族等位基因的鉴定、挖掘及克隆，具有系统而严谨的包容性及可比较性。可广泛应用于提高禾本科作物包括但不限于水稻种质资源利用的目的性及效率，提高抗病育种工作的目的性及效率，以及提高抗病品种的合理布局并延长其使用寿命。

主权项：1.一套具包容性且精准鉴定、挖掘并克隆稻瘟病Pita抗病基因家族等位基因的方法，其特征在于，该方法由“功能性单倍型-抗病等位基因”两级检测标记组成并逐级推进，供试品种是否携带目标基因由其综合结果而决定；具体地，所述方法包含：1该基因家族之功能性单倍型非功能性单倍型的检测程序：通过家族内功能基因非功能基因的序列比较而界定单倍型分化清晰的基因组区域；设计2个单倍型特异性分子标记并进行基于PCR技术的功能基因非功能基因参考品种的单倍型分析而确认其可靠性；只有同时被判断为功能性基因型的品种方为功能性单倍型品种；在后续的检测中，非功能性品种可被排除；2该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pita-YM的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计1个功能特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pita-YM基因携带者属于Pita抗病基因家族之功能性单倍型，而且该功能特异性分子标记之基因型与Pita-YM参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pita-YM；3该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pita-KT的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计1个特异性分子标记组合；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pita-KT基因携带者属于Pita抗病基因家族之功能性单倍型，而且该功能特异性分子标记组合之基因型与Pita-KT参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pita-KT；4该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pita-9311的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计2个特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pita-9311基因携带者属于Pita抗病基因家族之功能性单倍型，而且2个功能特异性分子标记之基因型都与Pita-9311参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pita-9311；5该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pita-Q15的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计2个特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pita-Q15基因携带者属于Pita抗病基因家族之功能性单倍型，而且2个功能特异性分子标记之基因型都与Pita-Q15参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pita-Q15；6该基因家族之功能性单倍型之抗病等位基因Pita-KSL的检测程序：通过家族内功能基因的序列比较而界定目标基因特异性的SNP，并设计2个特异性分子标记；进行基于PCR技术的功能性单倍型品种之目标基因的特异性基因型分析而确认其可靠性；Pita-KSL基因携带者属于Pita抗病基因家族之功能性单倍型，而且2个功能特异性分子标记之基因型都与Pita-KSL参考品种的基因型相同的品种；反之，任一检测标记不符合本方法的检测结果都不是目标基因Pita-KSL；具体地，上述方法中：1中的单倍型特异性分子标记组合为Pita-FNG444C及Pita-FNA527T；其序列分别为SEQIDNO.1～2和SEQIDNO.3～4所示；其中，标记说明：FN，功能性functional非功能性non-functional；上标G444C，意为位于目标基因#444位置的特异性SNP，如此类推；2中的目标基因Pita-YM特异性分子标记为Pita-YMT3387C；其序列为SEQIDNO.5～6所示；3中的目标基因Pita-KT特异性分子标记组合为上述Pita-YMT3387C以及Pita-KTYMG384C及Pita-KTYMG4217T；其序列为SEQIDNO.5～6,SEQIDNO.7～8,SEQIDNO.9～10所示；4中的目标基因Pita-9311特异性分子标记组合为Pita-9311COG17T及Pita-9311T959C；其序列为SEQIDNO.11～12,SEQIDNO.13～14所示；5中的目标基因Pita-Q15特异性分子标记组合为Pita-Q15A352G及Pita-Q15G4231A；其序列为SEQIDNO.15～16,SEQIDNO.17～18所示；6中的目标基因Pita-KSL特异性分子标记组合为Pita-KSLA984G及Pita-KSLC1991T；其序列为SEQIDNO.19～20,SEQIDNO.21～23所示；特别地，Pita-KSLC1991T之PCR扩增由2条正向及1条反向引物组成。

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