申请/专利权人：东北农业大学

申请日：2020-11-18

公开（公告）日：2024-01-30

公开（公告）号：CN112259169B

主分类号：G16B30/10

分类号：G16B30/10;G16B20/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.01.30#授权;2021.02.09#实质审查的生效;2021.01.22#公开

摘要：本发明涉及一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，属于生物科学技术领域。为解决现有拼接、组装方法无法快速获取植物叶绿体基因组的问题，本发明提供了一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，以近源物种叶绿体基因组序列作为叶绿体参考基因组，使用hisat2软件进行比对、筛选；使用bwa软件再次比对、筛选；使用samtools软件进行重排，最后通过bcftools软件进行一致序列的获取，得到待测植物物种的叶绿体基因组序列。本发明不需要分离纯化叶绿体，而以全转录组数据为模板，利用叶绿体的保守特性，无需进行拼接组装，直接比对就可以筛选出完整的叶绿体基因组，简化了流程，提高了效率和实用性。

主权项：1.一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法，其特征在于，对所获得的待测植物物种的转录组数据进行质控预处理，去除低质量序列得到用于候选分析的预处理数据；以待测植物物种的近源物种叶绿体基因组序列作为叶绿体参考基因组，使用转录组对比软件hisat2对所述预处理数据和叶绿体参考基因组进行比对，筛选能mapping到所述叶绿体参考基因组的reads-1并将其以fastq格式文件进行保存；使用bwa软件对所得reads-1和叶绿体参考基因组进行比对，筛选能mapping到所述叶绿体参考基因组的reads-2并将其以sam格式文件进行保存；使用samtools软件对所得sam格式文件进行重排，最后通过bcftools软件进行一致序列的获取，得到待测植物物种的叶绿体基因组序列。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 东北农业大学 一种从转录组数据中快速获取叶绿体基因组的方法

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。

阅读全文 双屏查看 官方信息 专利公告 收藏专利 下载PDF 下载WORD