申请/专利权人：贵州医科大学

申请日：2020-08-11

公开（公告）日：2024-03-08

公开（公告）号：CN111899889B

主分类号：G16H50/70

分类号：G16H50/70;G16H50/30;G16B40/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.08#授权;2020.11.24#实质审查的生效;2020.11.06#公开

摘要：本发明属于生物医学和医学信息学技术领域，具体涉及一种基于可变剪接事件的胃癌预后模型的构建方法及应用。申请人通过合理的选取样本，通过单因素Cox回归分析确定与胃癌患者的总生存期显著相关的可变剪接事件，再利用最小绝对收缩和选择算子（LASSO）以及多因素Cox分析来建立预后模型，基于7种类型的可变剪接事件的最终预后模型可以作为胃癌患者的独立预后指标。

主权项：1.一种基于可变剪接事件的胃癌预后模型的构建方法，包括下述步骤：1）从SpliceSeq数据库中下载胃癌样本中发生超过75%的可变剪接事件，同时从TCGA的泛癌图谱数据库中下载胃癌患者相应的临床数据，通过TCGAID确认和匹配可变剪接事件的数据和临床资料，将同时具有临床随访和可变剪接事件数据的胃癌患者的数据作为模型构建样本；2）在生存期相关性分析中，排除总生存期小于30天的患者，同时排除缺失20%以上的可变剪接事件的患者，在排除标准差（SD）0.01的可变剪接事件后，通过单因素Cox回归分析评估每个可变剪接事件与胃癌患者总生存期之间的关系；3）选择存活相关的可变剪接事件进行LASSO和多因素Cox分析，根据AA、AD、AP、AT、ES、ME和RI事件建立预后模型；然后，整合7种可变剪接事件，构建最终的预后模型，同时，绘制受试者工作特征曲线（Receiveroperatingcharacteristiccurve,ROC，评价预后模型的有效性；利用上述方法构建的胃癌预后模型为：[ID_9102的PSI值×-58.33629063]+[ID_9101的PSI值×-59.06067583]+[ID_86515的PSI值×2.418509368]+[ID_78909的PSI值×0.214341929]+[ID_88465的PSI值×2.394363565]+[ID_72984的PSI值×0.385100639]+[ID_73263的PSI值×-2.680279551]+[ID_62286的PSI值×4.971898841]+[ID_941210的PSI值×2.916894855]+[ID_60494的PSI值×0.471701404]+[ID_65103的PSI值×-0.829574889]+[ID_56755的PSI值×-2.096492656]+[ID_23717的PSI值×2.063481875]+[ID_64462的PSI值×1.276668521]+[ID_1263的PSI值×-1.816662854]+[ID_85484的PSI值×0.460283528]+[ID_58637的PSI值×3.559292944]+[ID_11264的PSI值×1.698968372]+[ID_7613的PSI值×-0.119578167]+[ID_22234的PSI值×2.499147893]+[ID_63994的PSI值×1.972464847]+[ID_28109的PSI值×6.990019357]+[ID_62533的PSI值×-0.285798354]+[ID_30319的PSI值×1.293507749]+[ID_47967的PSI值×2.222108866]+[ID_44852的PSI值×0.128062967]+[ID_83730的PSI值×1.540568003]+[ID_42828的PSI值×2.681443495]+[ID_88217的PSI值×0.11292787]+[ID_46490的PSI值×-4.933742758]+[ID_316125的PSI值×-9.064566295]+[ID_46241的PSI值×0.175632836]+[ID_31619的PSI值×-0.636462275]+[ID_40839的PSI值×2.359102963]+[ID_17140的PSI值×-1.476864715]+[ID_73262的PSI值×-0.463635067]+[ID_64990的PSI值×-0.51812321]+[ID_11433的PSI值×0.650197175]+[ID_27757的PSI值×0.886571904]+[ID_42359的PSI值×4.326590479]+[ID_45391的PSI值×1.019907533]+[ID_20977的PSI值×3.199966004]+[ID_848204的PSI值×1.789483579]+[ID_72866的PSI值×0.406382339]+[ID_66544的PSI值×1.553760084]+[ID_53284的PSI值×0.185107874]+[ID_270123的PSI值×14.91405642]+[ID_57559的PSI值×5.126817779]+[ID_70578的PSI值×1.098919204]+[ID_88097的PSI值×-0.351262966]+[ID_61793的PSI值×-0.464734392]+[ID_16799的PSI值×-13.48580022]+[ID_102657的PSI值×15.44672719]+[ID_70553的PSI值×1.27908778]+[ID_42038的PSI值×0.889131445]+[ID_76162的PSI值×4.219617265]+[ID_192的PSI值×8.340260912]+[ID_24873的PSI值×0.811349235]+[ID_64653的PSI值×-1.532502423]+[ID_20883的PSI值×2.672526023]+[ID_67218的PSI值×0.734172981]+[ID_11261的PSI值×0.677052706]+[ID_78606的PSI值×0.882821922]+[ID_42963的PSI值×-0.394049502]+[ID_58052的PSI值×-2.573294323]+[ID_16143的PSI值×0.423452111]+[ID_81887的PSI值×7.429090287]+[ID_68559的PSI值×1.468443575]+[ID_47541的PSI值×0.747472207]+[ID_74570的PSI值×-1.620142652]+[ID_71339的PSI值×0.273680246]+[ID_32161的PSI值×3.924433511]+[ID_33195的PSI值×0.379964981]+[ID_87889的PSI值×-0.024723153]+[ID_62997的PSI值×1.565593971]+[ID_41041的PSI值×6.371995569]+[ID_13459的PSI值×2.948836824]+[ID_16367的PSI值×0.098310547]+[ID_633的PSI值×0.484507071]+[ID_48045的PSI值×0.787234756]+[ID_44280的PSI值×-1.039192896]+[ID_3136的PSI值×6.097063356]+[ID_16083的PSI值×-0.431207842]+[ID_22932的PSI值×3.087985893]+[ID_48542的PSI值×4.213436126]+[ID_11245的PSI值×-3.503272444]+[ID_73776的PSI值×3.710875112]；PSI：percentsplicedin,指拼接百分比；ID：代表可变剪接事件的编号，来源于https:bioinformatics.mdanderson.orgTCGASpliceSeqindex.jsp。

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