申请/专利权人：湖北医药学院

申请日：2024-02-02

公开（公告）日：2024-03-22

公开（公告）号：CN117737248A

主分类号：C12Q1/6886

分类号：C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.04.09#实质审查的生效;2024.03.22#公开

摘要：本发明公开了一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原，特别是癌睾抗原的方法：收集肿瘤组织样本中癌组织和癌旁组织，提取组织样本RNA和DNA；计算每个基因的表达水平；修饰处理DNA以明确甲基化修饰位点，测定每个CpG位点的DNA甲基化水平；比较癌组织和癌旁组织之间FPKM值的差异，筛选差异表达基因，在癌组织中显著上调的基因列为Group1；比较癌组织和癌旁组织之间甲基化的差异，筛选癌组织和癌旁组织启动子甲基化变化显著的基因CpG位点；对所有CpG对应的基因进行注释，将含有至少1个CpG位点甲基化水平在癌组织中显著下调的基因列为Group2；取Group1与Group2交集，记为Group3；在细胞水平中进行暴露于DNA甲基化转移酶抑制剂联合RNA测序实验，根据暴露于DNMT抑制剂的细胞测序分析结果，将能够被DNMT抑制剂显著上调的基因列为Group4；取Group3和Group4的交集，即为最终高通量筛选出的肿瘤特异性抗原基因。

主权项：1.一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原，特别是癌睾抗原的方法，其特征在于高通量筛选“正常组织特异性表达的基因，且在肿瘤或疾病中的异位表达”，过程包括：1收集肿瘤组织样本中癌组织和癌旁组织，提取组织样本RNA和DNA；计算每个基因的表达水平，用标准化后的FPKM值表示；同时，以亚硫酸氢钠BSP修饰处理DNA以明确甲基化修饰位点，并进行DNA甲基化图谱测定，每个CpG位点的DNA甲基化水平使用标准化后的β值；2比较癌组织和癌旁组织之间FPKM值的差异，筛选癌组织和癌旁组织之间表达变化显著的基因，在癌组织中显著上调的基因列为Group1；3比较癌组织和癌旁组织之间β值的差异，筛选癌组织和癌旁组织启动子甲基化变化显著的基因CpG位点；根据IlluminaHumanMethylation450K芯片注释文件对所有CpG对应的基因进行注释，将含有至少1个CpG位点甲基化水平在癌组织中显著下调的基因列为Group2；4取Group1与Group2中基因的交集，记为Group3；5在细胞水平中进行暴露于DNA甲基化转移酶抑制剂联合RNA测序实验，根据暴露于DNMT抑制剂的细胞测序分析结果，将能够被DNMT抑制剂显著上调的基因列为Group4；6取Group3和Group4的交集，即为最终高通量筛选出的肿瘤特异性抗原基因。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 湖北医药学院 一种用于高通量筛选鉴定肿瘤特异性抗原的方法

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