申请/专利权人：中国科学院微生物研究所

申请日：2024-01-11

公开（公告）日：2024-04-16

公开（公告）号：CN117894379A

主分类号：G16B50/00

分类号：G16B50/00;G16B30/10;G06F16/22;G06F16/21

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.03#实质审查的生效;2024.04.16#公开

摘要：本发明涉及生物信息技术领域，公开一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用，本发明通过将心血管疾病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的心血管疾病相关代谢基因数据库和心血管疾病相关物种数据库，能够辅助研究人员全面、准确、快速地分析人体微生物组中心血管疾病相关代谢产物及其关联物种；在生命健康领域，构建的心血管疾病相关代谢基因数据库可作为心血管疾病早期诊断的生物标记物参考，构建的心血管疾病相关物种数据库则有利于辅助鉴定特定心血管疾病相关的细菌类群，心血管疾病相关代谢基因数据库和心血管疾病相关物种数据库能够为心血管疾病的靶向治疗提供重要的数据支撑，并为生命健康领域相关研究提供数据基础。

主权项：1.一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，包括：从NCBIGenBank数据库获取细菌参考基因组数据，并筛选组装水平符合预设组装要求的细菌参考基因组数据和来自人体肠道的细菌参考基因组数据，整理得到细菌参考基因组完成图和草图数据库；获取TMA参考基因序列数据，通过隐马尔可夫模型在细菌参考基因组完成图中对TMA参考基因序列数据进行序列比对和搜索，构建TMGC数据库；基于TMGC数据库，得到带TMA基因的细菌参考基因组数据，通过kraken2-build模块对带TMA基因的细菌参考基因组数据进行训练，得到本地化的物种数据库；从NCBISRA数据库下载健康者和心血管疾病患者的肠道菌群元基因组数据，所述肠道菌群元基因组数据包括携带有TMA基因的物种数据，并通过TMGC数据库和物种数据库对健康者和心血管疾病患者的肠道菌群元基因组数据进行分析健康者和心血管疾病患者在基因和物种上的差异，以验证心血管疾病与TMA的相关性。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国科学院微生物研究所 心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用

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