申请/专利权人：浙江洛兮医疗科技有限公司

申请日：2023-06-29

公开（公告）日：2024-04-26

公开（公告）号：CN116864015B

主分类号：G16C10/00

分类号：G16C10/00;G16C20/70;G16C60/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.26#授权;2023.10.27#实质审查的生效;2023.10.10#公开

摘要：本发明公开了一种基于副本交换分子动力学对蛋白质构象变化分析方法，本发明通过副本交换分子动力学对生理状态下的蛋白进行模拟，对蛋白变构行为及构象转变速率进行分析，补充实验对构象的解析结果，与实验计算所得转变速率具有一致性；结果验证了该方法的可行性。该方法能够对疾病中异常表达的蛋白进行分析，相比于传统分子动力学方法，能够大大提供采样效率；并且该方法计算出来的转变效率与实验结果一致，可以降低实验成本；从原子层面对靶向用药的可行性提供机理分析。

主权项：1.基于副本交换分子动力学的蛋白质构象变化分析方法，包括以下步骤：S1：从RCSB数据库中获取蛋白晶体结构，对缺失的晶体结构进行补齐，构建包含溶剂的模拟系统；S2：对模拟系统进行能量最小化、退火模拟、NVT和NPT系综下进行预平衡，解除约束进行常规分子动力学模拟，从模拟轨迹中提取连续结构信息；S3：从常规分子动力学模拟提取稳定构象，作为副本交换分子动力学的初始构象，在NPT系综下进行预平衡，解除约束进行副本交换分子动力学，对模拟轨迹进行采样，将原子间距离作为系统反应坐标，提取反应坐标作为特征向量，进行自由能图绘制；通过对蛋白DSSP进行计算，得到3种蛋白二级结构：H、E和T；通过阿伦尼乌斯方程确定反应速率，并基于反应速率进行模拟轨迹计算、拟合、积分，获取所述H、E和T的预测构象比例，最后与模拟测得的比例计算误差残值，将误差残值最小化后，即可得到蛋白构象转变速率；所述对模拟轨迹进行采样，构建的自由能图的方程为：其中kB表示玻尔兹曼常数，T表示温度，PR1,R2表示采样获得反应坐标对应位置处的概率密度，PMax表示最大概率密度。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 浙江洛兮医疗科技有限公司 一种基于副本交换分子动力学的蛋白质构象变化分析方法

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