申请/专利权人：上海交通大学

申请日：2022-10-31

公开（公告）日：2024-04-30

公开（公告）号：CN117947172A

主分类号：C12Q1/6888

分类号：C12Q1/6888;C12Q1/6869;C12N15/11

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.04.30#公开

摘要：本发明涉及一种骆驼SSR分子标记及其应用，属于基因检测技术领域。该引物用于骆驼遗传多样性检测与亲缘关系分析，包括如下步骤1通过骆驼全基因组序列分析，得到249,615个可能的SSR分子标记；通过高通量测序分析得到37,799个可能的SSR分子标记；在其中选择一系列高置信度骆驼SSR引物；2对待测骆驼采集其耳样并提取基因组DNA；3根据上述筛选得到的SSR引物，针对上述骆驼个体基因组DNA进行PCR扩增。4将上述所有PCR产物混合后纯化得到扩增子文库，之后对其进行Novaseq高通量测序，并对下机数据使用AdapterRemoval进行拆分，得到待测区序列；5使用MISA分析上述待测区序列，得到骆驼个体SSR模体序列及其重复数遗传多样性。

主权项：1.一种基于SSR和扩增子测序的双峰驼亲子鉴定方法，其特征在于所述鉴定方法为高通量扩增子测序方法，包括如下步骤：1骆驼SSR引物的获得：通过骆驼全基因组序列分析，得到249,615个可能的SSR分子标记；通过高通量测序分析得到37,799个可能的SSR分子标记；在其中选择一系列高置信度骆驼SSR引物；2组织基因组DNA提取：对待测骆驼采集其耳样并提取基因组DNA；3SSR引物扩增：根据上述步骤1得到的SSR引物，针对上述骆驼个体基因组DNA进行PCR扩增；4SSR扩增产物高通量测序：将上述所有PCR产物混合后纯化得到扩增子文库，然后对其进行Novaseq高通量测序，并对下机数据使用AdapterRemoval进行拆分，得到待测区序列；5骆驼SSR分子标记亲缘分析：使用MISA分析上述待测区序列，得到骆驼个体SSR模体序列及其重复数遗传多样性；根据得到的SSR模体序列及其重复数，使用Cervus和UPGMA分析得到各测试个体间的遗传距离，生成其亲缘关系网络。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 上海交通大学 一种基于SSR和扩增子测序的双峰驼亲子鉴定方法

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