申请/专利权人：中国海洋大学三亚海洋研究院

申请日：2024-03-25

公开（公告）日：2024-05-03

公开（公告）号：CN117976041A

主分类号：G16B20/20

分类号：G16B20/20;G06F18/23;G16B30/10;G16B40/30

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.21#实质审查的生效;2024.05.03#公开

摘要：本发明提供一种整合微观和宏观尺度的比较基因组学分析方法，该方法实现三个主要的功能：微观共线性分析，宏观共线性分析，整合微观宏观共线性分析。该发明不仅包含了现有基因共线分析工具的核心功能，还包含一些全新的分析算法，例如：（i）对鉴定得到的微观共线性基因所在的序列区间进行调控元件的鉴定；（ii）实现祖先到现存物种核型进化的宏观共线性分析；（iii）通过整合微观宏观共线性分析实现对基因组结构的泛进化分析。综上所述，本发明开发出最全面和最先进的整合宏观和微观尺度的比较基因组综合分析软件，不仅可以填补宏观共线性分析工具的空白，还可以实现整合微观共线和宏观共线的基因组共线性的泛进化和调控分析。

主权项：1.一种整合宏观和微观尺度的比较基因组学分析方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：微观共线性分析：鉴定基因组内间的微观共线性，实现对微观共线性基因区域的染色体水平的可视化，鉴定微观共线性基因所在序列区间的保守非编码序列，以及对微观共线性基因集进行功能富集分析；宏观共线性分析：重建祖先基因组，鉴定古老基因家族，计算现存物种核型的保守程度，分析染色体进化推导整个进化树中进化节点处发生的染色体断裂融合事件；微观宏观整合分析：对通过微观共线性分析和宏观共线性分析鉴定得到的微观共线性区块和宏观共线性区块执行一个交叉分析，以从下向上的进化视角和从上向下的进化视角分别对基因共线性进行整合分析，实现对整个宏观演化过程中基因组结构的泛进化分析。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国海洋大学三亚海洋研究院 整合微观和宏观尺度的比较基因组学分析方法

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