申请/专利权人：生物辐射实验室股份有限公司;哈佛学院董事及会员团体

申请日：2022-10-07

公开（公告）日：2024-05-17

公开（公告）号：CN118056018A

主分类号：C12Q1/6834

分类号：C12Q1/6834;C12N15/10;C12N15/90;C12Q1/6837;C12Q1/6841;C12Q1/6874;C12Q1/6876

优先权：["20211008 US 63/253,977"]

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.05.17#公开

摘要：提供了用于使用确定9bp序列的存在来确定两种条形码编码寡核苷酸例如，在单个分区中或在组织切片上邻近的接近度的方法和组合物，所述9bp序列由连接到不同条形码编码寡核苷酸的不同核酸片段中的酶切加标产生。

主权项：1.一种对来自分区的测序读段进行去卷积的方法，所述方法包括：对混合物中的透化细胞中的核酸进行酶切加标tagmentation，由此在来自所述细胞中的一个细胞的靶核酸中形成至少一个切割位点以形成第一核酸片段和第二核酸片段，其中所述第一核酸片段和所述第二核酸片段在所述切割位点处具有单链含9个核苷酸的序列，所述单链含9个核苷酸的序列彼此互补、连接到通过酶切加标转座酶递送的转座酶寡核苷酸，其中所述转座酶寡核苷酸具有双链部分和包括通用序列的单链5′部分；由所述混合物以及多个珠粒和所述透化细胞形成多个分区，其中所述分区中的一个分区包括所述第一核酸片段和所述第二核酸片段以及至少两个珠粒，其中所述珠粒连接到多个克隆条形码编码寡核苷酸的5′端，所述条形码编码寡核苷酸包括5′PCR柄序列、3′捕获序列和条形码寡核苷酸连接到的所述珠粒所独有的条形码序列，其中所述3′捕获序列包括所述通用序列的拷贝；对所述转座酶寡核苷酸的所述单链5′部分进行间隙填充以形成所述5′部分的反向补体，并且对所述含9个核苷酸的序列进行间隙填充，其中所述间隙填充包括使用聚合酶以使用所述单链序列作为模板插入核苷酸；将来自不同珠粒的不同条形码编码寡核苷酸的所述3′捕获序列与所述第一核酸片段和所述第二核酸片段上的所述5′部分的所述反向补体杂交，并且用聚合酶以模板依赖性方式延伸所述不同条形码编码寡核苷酸的所述3′捕获序列，以形成经条形码编码的第一核酸片段和第二核酸片段；任选地将所述分区合并到散装溶液中；用与所述PCR柄序列杂交的引物扩增所述经条形码编码的第一核酸片段和第二核酸片段；从经扩增的经条形码编码的第一核酸片段和第二核酸片段生成测序读段，其中所述测序读段包含所述条形码序列、所述含9个核苷酸的序列和来自所述细胞的所述核酸片段的至少一部分；在序列读段中鉴定相对于所述核酸片段的基因组位置和所述含9个核苷酸的序列的序列同一性；以及如果具有来自经扩增的经条形码编码的第一条形码编码寡核苷酸和第二条形码编码寡核苷酸的条形码的测序读段中的所述含9个核苷酸的序列是反向互补序列并且所述测序读段中的所述含9个核苷酸的序列位于邻近基因组位置的5′，则确定所述测序读段来自同一分区。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 生物辐射实验室股份有限公司;哈佛学院董事及会员团体 基于珠粒的ATACseq处理（BAP）

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