申请/专利权人：耶诺姆希斯股份公司

申请日：2017-12-15

公开（公告）日：2020-01-10

公开（公告）号：CN110678929A

主分类号：G16B30/00(20190101)

分类号：G16B30/00(20190101);G16B50/00(20190101);H03M7/30(20060101)

优先权：["20170214 US PCT/US2017/017842","20170711 US PCT/US2017/041579"]

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2020.02.11#实质审查的生效;2020.01.10#公开

摘要：提供了一种用于压缩由基因组测序仪产生的基因组序列数据的方法和设备。通过将序列读段与预先存在或构建的参考序列比对来编码序列读段，编码过程包括将读段分类为数据类，然后根据多个基因组描述符对每个类进行编码。相同类型的基因组描述符被组织成块，这些块通过应用连续的转换阶段、二值化和熵编码来压缩。特定的源模型和熵编码器用于每个数据类和每个相关描述符。

主权项：1.一种编码基因组序列数据的方法，所述基因组序列数据包括核苷酸序列的读段，其特征在于，所述方法包括以下步骤：将所述读段与一个或多个参考序列比对，从而创建比对读段，根据所述一个或多个参考序列的指定匹配规则对所述比对读段进行分类，从而创建比对读段的类，将分类的比对读段编码为多个语法元素块，用报头信息构造所述语法元素块，从而创建连续的访问单元，其中，所述编码还包括二值化和熵编码基因组描述符。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 耶诺姆希斯股份公司 用于高效压缩基因组序列读段的方法和系统

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