申请/专利权人：柳州市工人医院

申请日：2021-08-19

公开（公告）日：2021-10-22

公开（公告）号：CN113528669A

主分类号：C12Q1/6886(20180101)

分类号：C12Q1/6886(20180101);C12Q1/686(20180101)

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2021.11.09#实质审查的生效;2021.10.22#公开

摘要：本发明公开了一种利用SmallRNA测序技术揭示miRNA对肝癌作用机制的方法，包括如下步骤：步骤S1，提取肝癌组织及其癌旁正常组织总RNA后进行样本RNA数量、纯度和完整性检测；步骤S2，合格RNA逆转录扩增构建cDNA文库，IlluminaSmallRNA高通量测序技术检测样品的SmallRNA序列；步骤S3，对测序结果进行质控处理、序列对比、序列分类和新miRNA预测操作，获得已知miRNA和新miRNA信息；步骤S4，归一化处理miRNA表达量，预测差异表达miRNA靶基因；步骤S5，对差异表达靶基因进行后续基因本体GO生物功能和KEGG通路分析。本发明获得的miRNA及其相关生物学信息对肝癌研究有重要意义，相关miRNA是肝癌诊断和预后潜在生物标记物。

主权项：1.一种利用SmallRNA测序技术揭示miRNA对肝癌作用机制的方法，其特征在于：包括以下步骤：S1、提取肝癌样本总RNA：根据说明书，采用Trizol法提取人源肝癌组织及其癌旁正常肝组织总RNA后进行样本RNA数量、纯度和完整性检测；S2、SmallRNA测序：从合格样品总RNA中分离SmallRNA，逆转录合成单链互补DNA，扩增并构建cDNA文库，最后采用IlluminaSmallRNA高通量测序技术检测样品的SmallRNA序列；S3、测序数据分析：①数据质控：对样品SmallRNA序列质量检测，过滤去除低质量数据、重复数据及非miRNA数据等；②序列比对：运用miRBase22.0数据库和Blast工具将干净序列与参考基因组对比，获得参考基因组信息；③序列分类：将已对比上参考基因组序列与miRBase22.0数据库中已知成熟的miRNA进行比对，发夹结构能定位到成熟miRNA的reads被认为是鉴定到的已知miRNA；④新miRNA预测：根据miRNA前体序列和RNA结构预测准则利用RNAfold软件计算RNA二级结构以判断该序列是否能形成发夹结构；S4、差异miRNA靶基因预测：计算各样本miRNA表达量并进行归一化处理，基于配对T检验方法分析差异表达miRNA，用TargetScan和Miranda工具进行差异表达miRNA靶基因预测；S5、差异miRNA靶基因注释及功能富集分析：对靶基因进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书通路注释，进一步对注释信息富集分析，揭示靶基因所涉及的生物调节过程。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 柳州市工人医院 一种利用Small RNA测序技术揭示miRNA对肝癌作用机制的方法

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