申请/专利权人：吉林大学

申请日：2023-09-28

公开（公告）日：2023-12-29

公开（公告）号：CN117316275A

主分类号：G16B20/30

分类号：G16B20/30;G16B40/00;G16B25/20;C12Q1/6888;C12Q1/6858

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.01.16#实质审查的生效;2023.12.29#公开

摘要：本发明公开了一种基于大林姬鼠基因组序列开发大林姬鼠微卫星位点的方法，通过基因组数据开发大林姬鼠微卫星位点，用于大林姬鼠遗传质量分析,丰富大林姬鼠遗传数据。基于NCBI上大林姬鼠基因组序列信息，使用MISA软件挖掘微卫星标记，根据位点信息使用Primer5.0软件设计引物,最终得到288对微卫星引物，并筛选出30对多态性引物用于群体分型，经基因组DNA提取、PCR扩增、电泳鉴定后进行STR扫描检测,使用GenAlExversion6.501软件对STR扫描结果进行分析。其中30对引物在60个样本中共检测出152个等位基因，平均等位基因数目为5.06667，平均观察杂合度为0.59183，平均香农指数为1.2645，平均多态信息含量为0.59797。

主权项：1.一种基于大林姬鼠基因组序列开发大林姬鼠微卫星位点的方法，其特征在于：包括以下步骤，SA、大林姬鼠DNA样品提取随机挑选60只SPF级大林姬鼠，性别、年龄、体重不限，均来自吉林大学实验动物中心，提取鼠尾与肝脏组织中的DNA样品，并对提取的DNA样品进行基因组DNA质量检测；SB、SSR位点的开发和引物的设计基于NCBI上大林姬鼠基因组序列信息，使用MISA软件挖掘微卫星标记，根据位点信息使用Primer5.0软件设计引物，引物设计原则如下:引物长度18～27bp，Tm设置为50℃～65℃，GC含量为50％～60％，产物长度100～500bp，最终得到288对引物；SC、PCR扩增及SSR检测使用60个大林姬鼠DNA样本对引物进行筛选，选择条带清晰、多态性好的引物用于群体分型，并最终筛选出30对多态性引物；PCR扩增反应体系和条件如下：10μLPCR反应体系:2×TaqPCRMasterMix5μL,DNA1μL，上下游引物各0.5μL，ddH2O3μL；PCR扩增条件：95℃5min，95℃30sec，退火温度62℃-52℃30sec，72℃30sec，10个循环，每个循环下降1℃；72℃，20min；30对多态性引物信息如下， SD、荧光毛细管电泳检测利用超纯水将步骤SC中的PCR产物稀释至1ngμL，取1μLPCR稀释产物加9μL含1％内标甲酰胺溶液变性后上DNA测序仪ABI3730xl进行毛细管荧光电泳检测，使用GeneMarker2.2.0软件对微卫星PCR扩增数据进行判读，使用GenAlExversion6.501等软件进行遗传多样性，具体包括：①遗传多样性分析在GenAlExversion6.501软件中，计算SSR位点和群体的各项遗传多样性指标，包括观察等位基因Na、有效等位基因Ne、香农指数I、多态性信息指数PIC、观察杂合度Ho、期望杂合度He；②群体遗传结构分析利用powermarker软件计算各群体间的遗传距离，利用UPGMA方法进行聚类分析，并绘制环状聚类图，利用STRUCTURE2.3.4对60个样本进行群体结构分析，设置K＝1～20，Burn-in周期为10000，MCMCMarkovChainMonteCarlo设为100000，每个K值运行20次，并利用在线工具STRUCTUREHARVESTER算出最佳△K值，根据最佳K值结果作图，结构分析的结果图用CLUMMP和DISTRUCT软件绘制；③分子方差分析AMOVA和基因流估算根据群体遗传结构分析结果，在GenAlExversion6.501软件中计算各群体间变异、分化并进行显著性检验；计算遗传分化系数Fst和基因流Nm，基因流Nm按Wright1931的公式来计算：Nm＝0.251-FstFst。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 吉林大学 一种基于大林姬鼠基因组序列开发大林姬鼠微卫星位点的方法

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