申请/专利权人：内江师范学院

申请日：2023-10-19

公开（公告）日：2024-01-23

公开（公告）号：CN117431299A

主分类号：C12Q1/6809

分类号：C12Q1/6809;G16B30/10;G16B50/00;G16B20/30;G16B20/20

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.02.09#实质审查的生效;2024.01.23#公开

摘要：本发明公开了一种筛选石爬鮡海拔适应相关候选基因的方法，涉及生物信息学分析与动物遗传进化领域，解决现有在鱼类中还没有详细的筛选物种分化和海拔适应候选基因报道的问题，包括样本采集；对样本基因组DNA提取与质检；文库构建与简化基因组测序；使用Stacks对原始图像数据过滤；对RADtag进行数目统计和SNP标记基因分型；得到二者共有的两两水系间差异SNP所在的RAD‑tag；用BLAST2.2.6回帖到黑斑原鮡基因组；瞄定与石爬鮡物种分化和海拔适应相关的候选基因；本发明为进一步研究石爬鮡海拔适应的分子机制提供参考，同时筛选出的物种分化和海拔适应相关候选基因可为石爬鮡的人工繁殖与选育提供参考资料。

主权项：1.一种筛选石爬鮡海拔适应相关候选基因的方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1、不同水系石爬鮡样本采集；步骤2、对石爬鮡样本进行基因组DNA提取与质检；步骤3、文库构建与简化基因组测序；步骤4、使用Stacks对原始数据过滤；步骤5、对RADtag进行数目统计和SNP标记基因分型；步骤6、首先利用LOSITAN对受选择的位点进行确定，再用ARLEQUIN进行离群分析，得到二者共有的两两水系间差异SNP所在的RAD-tag；步骤7、用BLAST2.2.6回帖到黑斑原鮡基因组，把比对分数最高的RAD-tag抽取出来，基于NR,UniProt,GO,KEGG,EggNOG五个数据库进行功能注释；步骤8、通过Perl脚本把能map到注释信息的RAD-tag抽取出来，通过GeneOntology富集，瞄定与石爬鮡物种分化和海拔适应相关的候选基因。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 内江师范学院 一种筛选石爬鮡海拔适应相关候选基因的方法

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