申请/专利权人：南昌大学

申请日：2023-12-19

公开（公告）日：2024-03-22

公开（公告）号：CN117746983A

主分类号：G16B20/50

分类号：G16B20/50;G16B15/30;G16B40/30;G16B50/10;G16H50/30;G16H20/10;G06F18/232;G06F18/2431;G06N20/20

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.04.09#实质审查的生效;2024.03.22#公开

摘要：本发明保护一种老年乳腺癌衰老评分模型的构建方法及其应用，属于生物信息学技术领域。本发明使用生物信息学方法筛选出影响老年乳腺癌患者的衰老基因，从癌症基因组图谱TCGA数据库下载美国国家癌症中心收集的老年乳腺癌患者的mRNA转录组测序数据及临床资料，通过无监督聚类分析将老年乳腺癌患者分为两种不同的衰老模式，将mRNA转录组在两种衰老模式下作差异分析，得到差异基因，对差异基因使用随机森林的特征选择筛选出特征基因，通过机器学习算法利用多个特征基因构建老年乳腺癌衰老评分模型，发现衰老评分越高的患者预后越差，该模型为预测老年乳腺癌患者预后以用临床治疗提供用药指导，具有重要的临床应用价值。

主权项：1.一种老年乳腺癌衰老评分模型的构建方法，包括以下步骤：S1两种不同的衰老模式从五个基因集数据库MSigDB,HAGR,GeneCards,PathCards,和Biocarta中下载了与衰老相关的基因，选择了在不同基因集中反复出现的25个关键衰老基因，包括TP53，CDKN1A，CDKN2A，SIRT1，RB1，TERT，CDK4，CDKN2B，MAPK1，MAPK14，MTOR，TERF2，UBC，CDK6，HMGA2，E2F1，CCNA2，MDM2，CXCL8，HSPA8，LMNB1，MAPK3，MAPKAPK5，ATM和CDKN1B；从癌症基因组图谱TCGA数据库下载美国国家癌症中心收集的513位老年乳腺癌患者的mRNA测序数据及临床资料，分析mRNA测序数据，从基因表达的维度上探究老年乳腺癌患者之间存在的模式差异，将老年乳腺癌患者的转录组信息依据25个衰老基因的表达量进行无监督聚类分析，进而把老年乳腺癌患者分为两种不同的衰老模式；S2将老年乳腺癌患者的转录组表达信息根据S1中得到两种不同的衰老模式做差异分析，得到差异基因；S3对S2步骤得到的差异基因通过随机森林的特征选择筛选能够区分S1中两个衰老模式的特征基因；S4通过机器学习算法中的单类逻辑回归OCLR得到区分S1中两个衰老模式的特征基因的权重的模型计算患者特征基因表达与特征基因权重的相关系数；S5衰老评分计算：整合待测患者数据与TCGA数据，去除数据的批次效应，得到以S3所述的特征基因为行，老年乳腺癌患者的编号为列的表达矩阵，将该表达矩阵中每个患者的特征基因表达信息与S4中的特征基因权重计算相关性，从而得到患者衰老评分。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 南昌大学 一种老年乳腺癌衰老评分模型的构建方法及其应用

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