申请/专利权人：广州深晓基因科技有限公司;广州市刑事科学技术研究所

申请日：2020-08-13

公开（公告）日：2024-03-22

公开（公告）号：CN112626223B

主分类号：C12Q1/6888

分类号：C12Q1/6888;C12Q1/686;C12Q1/6869;C12Q1/6837

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.22#授权;2021.04.27#实质审查的生效;2021.04.09#公开

摘要：本发明公开了一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法，包括S1.提取待测样品DNA；S2.针对所选取的STR位点设计多重PCR引物并建立关于DNB环化中STR序列交叉互连的评估体系；S3.以步骤S1待测样本DNA为模板，利用步骤S2设计的多重PCR引物进行第一轮PCR扩增反应；S4.将第一轮PCR产物纯化，进行第二轮PCR扩增引入高通量Index；S5.将第二轮PCR扩增回收、纯化；S6.PCR产物进行DNB测序。本发明提供了通过一套适用于DNB测序和环化的STR序列交叉互连一整套评估体系，成功建立了基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法。

主权项：1.一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法，其特征在于，包括如下步骤：S1.待测样品预处理，提取待测样品DNA；S2.针对待测STR基因座设计多重PCR引物并建立关于DNB环化中STR序列交叉互连的评估体系，调整多重PCR引物扩增方向；S3.以步骤S1待测样品DNA为模板，利用步骤S2设计的多重PCR引物进行第一轮PCR扩增反应；S4.将第一轮PCR产物纯化，进行第二轮PCR扩增引入高通量Index；S5.将第二轮PCR扩增回收、纯化；S6.PCR产物进行DNB测序；步骤S2所述评估体系为对任意两条长度分别为m、n的扩增产物序列，在每个可能的碱基配对状态上，逐一移位进行相互比对，计算互连得分，即匹配碱基数和不匹配碱基数的差值；产生（m*n）次碱基比对和（m+n-1）次互连得分，取其中的最高得分作为两条序列的最终互连得分；对于一组包含p条不同序列的集合，自身和两两比较，产生12（p2+p）组比较结果；根据比较结果选择一套使得体系互连反应总得分最低的重复基序类型组合，并据此调整所有引物扩增方向，以保证扩增出的STR序列间不发生严重的交叉互连；所述高通量Index要求根据碱基平衡和激光平衡原则、GC含量30～70%、连续重复碱基小于等于5、本身反向互补不一致、汉明距离大于3、与目前主流平台Index不冲突的严格条件。

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