申请/专利权人：自适应噬菌体治疗公司

申请日：2018-09-05

公开（公告）日：2024-04-02

公开（公告）号：CN111052248B

主分类号：G16B20/00

分类号：G16B20/00;G16B40/00

优先权：["20170905 US 62/554,529","20171211 US 62/597,151","20180518 US 62/673,162"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.02#授权;2020.10.02#实质审查的生效;2020.04.21#公开

摘要：用于模式搜索和分析以鉴定和选择可以用于治疗细菌感染或污染的治疗性分子的方法和系统。实例包括用于模式搜索和分析以基于查询细菌和或查询噬菌体株的基因组与细菌菌株和或噬菌体株的治疗性分子‑宿主训练集的比较来鉴定和选择细菌噬菌体的方法和系统，在所述训练集中所述噬菌体株或其它治疗性分子已经被证实具有通过杀死所述训练集中的所述细菌菌株、在所述细菌菌株中复制、裂解所述细菌菌株和或抑制所述细菌菌株的生长而用作抗细菌剂的能力。然后可以将使用本文所述的方法鉴定的包括噬菌体的治疗组合物用于治疗受试者的细菌感染和或环境中的污染。

主权项：1.一种通过训练治疗组合物机器学习模型来选择用于治疗细菌感染或污染的包含至少一种噬菌体的至少一种治疗组合物的方法，其中所述方法包括：a在计算机数据库系统中编译来自多种细菌菌株的数据，其中所述数据包含多种细菌菌株的基因组序列数据以及从多种治疗组合物经实验得出的所述细菌菌株的经实验得出的治疗组合物-宿主敏感性谱，其中每一种治疗组合物包含至少一种噬菌体；b在计算机系统的CPU和存储器单元上至少使用所述多种细菌菌株的基因组序列数据以及所述经实验得出的治疗组合物-宿主敏感性谱来训练机器学习模型，其中训练机器学习模型包括通过以下1和或2使用所述治疗组合物-宿主敏感性谱在所述基因组序列数据上进行特征检测：1鉴定在具有相似或相同的治疗组合物-宿主敏感性谱的细菌菌株之间共有的与宿主对治疗组合物的敏感性相关的共同基因组序列模式；和或2鉴定在具有相似或相同的治疗组合物-宿主敏感性谱的细菌菌株之间共有的与宿主对治疗组合物的抗性相关的共同基因组序列模式；并且其中训练机器学习模型还包括，基于细菌菌株的基因组序列数据与所鉴定的与宿主对治疗组合物的敏感性和或抗性相关的共同基因组序列模式的对应性，产生每一种细菌菌株的治疗组合物-宿主特异性的预测谱；和c存储受过训练的机器学习模型作为治疗组合物机器学习模型，所述治疗组合物机器学习模型被配置成接收查询细菌基因组序列或部分序列，并且使用由所述受过训练的机器学习模型产生的预测谱选择被估计为对所述查询细菌基因组序列或部分序列具有敏感性的至少一种治疗组合物，其中所选择的至少一种治疗组合物被用于治疗细菌感染或污染。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 自适应噬菌体治疗公司 细菌菌株对治疗组合物的敏感性谱的确定方法

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